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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f4n | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of 2-se-thymidine derivatized dna 8mer | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / 2-SE-THYMIDINE DNA / Structural Genomics | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Zhang, W. / Sheng, J. / Huang, Z. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of 2-se-thymidine derivatized dna 8mer 著者: Zhang, W. / Sheng, J. / Huang, Z. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 18.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2489.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: THE 2-SE-THYMIDINE RESIDUE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED AND INCORPORATED INTO DNA OLIGONUCLEOTIDE THROUGH SOLID PHASE SYNTHESIS 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→18.22 Å / Num. all: 193605 / Num. obs: 10889 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0110 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.491 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→18.22 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.302→1.335 Å / Total num. of bins used: 20
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