PDB-4f4n: Crystal structure of 2-se-thymidine derivatized dna 8mer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f4n

タイトル

Crystal structure of 2-se-thymidine derivatized dna 8mer

要素

5'-D(*GP*TP*GP*(US3)P*AP*CP*AP*C)-3'

キーワード

DNA / 2-SE-THYMIDINE DNA / Structural Genomics

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Zhang, W. / Sheng, J. / Huang, Z.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of 2-se-thymidine derivatized dna 8mer
著者: Zhang, W. / Sheng, J. / Huang, Z.

履歴

登録	2012年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f4n.cif.gz	18.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f4n.ent.gz	12.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f4n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f4n_validation.pdf.gz	372.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f4n_full_validation.pdf.gz	375.4 KB	表示
XML形式データ	4f4n_validation.xml.gz	4.2 KB	表示
CIF形式データ	4f4n_validation.cif.gz	5.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f4n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5tgp-d 2pl4-d 1d79-1 409d-1 5hnq-6 398d-2 1d78-1 372d-1 2h05-1 2g3s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*GP*TP*GP*(US3)P*AP*CP*AP*C)-3'

C: 5'-D(*GP*TP*GP*(US3)P*AP*CP*AP*C)-3'

4.98 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.635, 44.635, 41.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: DNA鎖	5'-D(GPTPGP(US3)PAPCPAPC)-3' 分子量: 2489.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: THE 2-SE-THYMIDINE RESIDUE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED AND INCORPORATED INTO DNA OLIGONUCLEOTIDE THROUGH SOLID PHASE SYNTHESIS 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.82 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→18.22 Å / Num. all: 193605 / Num. obs: 10889

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0110 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→18.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 0.004 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18111	514	4.7 %	RANDOM
R_work	0.15416	-	-	-
obs	0.15543	10318	93.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.491 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→18.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	322	0	74	396

LS精密化シェル

解像度: 1.302→1.335 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	26	-
R_work	0.285	476	-
obs	-	-	59.98 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)