PDB-4f4f: X-Ray crystal structure of PLP bound Threonine synthase from Bruc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f4f

タイトル

X-Ray crystal structure of PLP bound Threonine synthase from Brucella melitensis

要素

Threonine synthase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / synthase / pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

threonine synthase / threonine synthase activity / threonine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-Ray crystal structure of PLP bound Threonine synthase from Brucella melitensis
著者: Christensen, J.S. / Fairman, J.W. / Staker, B.L. / Stewart, L.

履歴

登録	2012年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f4f.cif.gz	359.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f4f.ent.gz	294.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f4f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v7nS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1kv7-d 6djd-2 5b7m-1 4fbg-2 4kdy-d 4ef3-d 3ee2-d 3qmn-4 4igj-d 4ggo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BrmeA.00545.aA1 TargetTrack: BrmeA.00545.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Threonine synthase

B: Threonine synthase

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Threonine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Threonine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.990, 100.010, 92.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Threonine synthase 分子量: 50574.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌) 株: 16M / 遺伝子: BMEI1450, BAWG_0773 / Plasmid details: 562 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YFS0, threonine synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM sodium formate, 20% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 74213 / Num. obs: 74120 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 26.861 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 26.39

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.9-1.95		0.481	3.13	21987	5439	99
1.95-2		0.361	4.89	29581	5357	99.9
2-2.06		0.289	6.84	33194	5155	100
2.06-2.12		0.242	8.97	36102	5028	99.9
2.12-2.19		0.195	11.74	39090	4873	100
2.19-2.27		0.169	13.67	40306	4735	100
2.27-2.36		0.14	16.65	41890	4560	99.9
2.36-2.45		0.128	19.53	45879	4349	100
2.45-2.56		0.11	22.86	47010	4243	100
2.56-2.69		0.093	25.91	44952	4013	100
2.69-2.83		0.078	29.36	42997	3825	100
2.83-3		0.064	34.44	40700	3616	100
3-3.21		0.052	41.14	38337	3427	100
3.21-3.47		0.043	49.91	35930	3182	100
3.47-3.8		0.037	60.44	32821	2914	100
3.8-4.25		0.033	65.35	29895	2663	99.9
4.25-4.91		0.03	70.06	26220	2334	99.9
4.91-6.01		0.032	64.15	22469	1989	100
6.01-8.5		0.032	64.75	17449	1558	100
	8.5	0.022	80.86	9111	860	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3v7n

3v7n

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.7 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2058	3733	5 %	RANDOM
R_work	0.1751	-	-	-
all	0.1767	74213	-	-
obs	0.1767	74095	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.9 Å² / B_iso mean: 22.183 Å² / B_iso min: 4.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6972	0	30	569	7571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	7142
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.963	9704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.952	3	11456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.161	5	926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.057	23.506	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.031	15	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.337	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1502

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	268	-
R_work	0.263	5059	-
all	-	5327	-
obs	-	-	98.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5353	0.1765	1.0021	1.4388	1.2127	4.112	-0.0437	-0.2039	0.0164	0.0194	-0.0139	0.2208	-0.1043	-0.3086	0.0576	0.0232	0.007	-0.0001	0.0754	0.0029	0.0447	21.896	24.89	2.981
2	0.5064	0.0451	-0.4706	0.4424	-0.0497	1.3104	0.0436	0.0436	0.0243	-0.0216	-0.0319	0.1117	-0.0198	-0.1069	-0.0116	0.0398	-0.0108	-0.0182	0.0907	-0.0158	0.066	19.158	33.591	-15.48
3	0.9955	1.0694	0.3307	3.6477	1.3234	2.644	0.0375	0.0152	-0.0661	0.1144	-0.0608	-0.0168	0.0052	0.0121	0.0233	0.0376	0.0135	-0.0014	0.0249	-0.0087	0.0723	18.192	50.62	1.786
4	0.3195	0.0102	-0.0354	0.5079	-0.2837	1.0262	0.0137	-0.0183	0.0609	0.0556	-0.0212	-0.0461	-0.1375	0.171	0.0075	0.0628	-0.0296	-0.0044	0.1055	-0.0178	0.078	37.296	36.641	-8.741
5	0.4658	-0.0658	-0.1941	4.801	1.3297	2.5142	0.0881	0.0179	0.0354	-0.1025	-0.1874	0.4371	-0.3459	-0.1702	0.0994	0.0881	0.0004	-0.008	0.0729	-0.0305	0.112	14.486	57.827	2.405
6	2.3191	0.2115	1.3954	1.0957	-1.145	5.628	-0.0811	0.2126	-0.106	-0.0551	0.0702	-0.0957	-0.0871	0.5485	0.0109	0.0514	0.0116	0.0042	0.1383	-0.0214	0.0252	40.683	26.147	30.838
7	0.9636	-0.0624	-0.6216	0.3976	-0.1066	1.6276	0.0626	-0.0131	0.0381	0.034	-0.0633	-0.0887	-0.0139	0.3118	0.0006	0.0232	-0.0026	-0.0133	0.1426	-0.0032	0.0445	42.496	35.446	49.093
8	2.109	-1.7807	0.9321	3.8417	-2.7175	6.2946	0.4491	0.0451	0.0074	-0.0252	-0.1087	0.2389	-0.3932	-0.1601	-0.3403	0.1712	0.0236	0.0468	0.0645	0.0198	0.0879	40.276	52.313	31.622
9	0.5329	0.0318	-0.0911	0.561	0.1963	1.4245	0.0159	0.0394	0.0662	-0.0655	0.0027	0.0686	-0.0901	-0.073	-0.0185	0.0579	0.0109	-0.0026	0.0736	0.0136	0.0609	23.976	35.649	42.72
10	2.2719	-1.5013	0.4285	3.7541	-0.2095	8.9846	0.1315	0.1964	0.3948	0.2213	-0.2558	-0.3434	-1.3648	0.2558	0.1242	0.2767	-0.0287	0.0378	0.0334	0.058	0.1401	43.107	60.017	30.943

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	133 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	220 - 433
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	434 - 462
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 38
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	39 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	133 - 219
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	220 - 433
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	434 - 462

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関連情報:EMDBヘッダ

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