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万見
- PDB-4f42: Neurotrophin p75NTR intracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f42
タイトルNeurotrophin p75NTR intracellular domain
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
キーワードSIGNALING PROTEIN / death domain / signalling transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulated proteolysis of p75NTR / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / NRIF signals cell death from the nucleus / NF-kB is activated and signals survival / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / p75NTR recruits signalling complexes ...Regulated proteolysis of p75NTR / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / NRIF signals cell death from the nucleus / NF-kB is activated and signals survival / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / p75NTR recruits signalling complexes / death receptor activity / preprotein binding / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of hair follicle development / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of dendritic spine development / neurotrophin binding / positive regulation of myelination / nerve development / clathrin-coated endocytic vesicle / nerve growth factor binding / neurotrophin TRKA receptor binding / positive regulation of neural precursor cell proliferation / negative regulation of mitochondrial depolarization / regulation of reactive oxygen species metabolic process / hair follicle morphogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / skin development / neuronal cell body membrane / odontogenesis of dentin-containing tooth / intracellular glucose homeostasis / skeletal muscle cell differentiation / Rho protein signal transduction / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / hair follicle development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / dendrite membrane / positive regulation of neuron differentiation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of cell migration / axon guidance / central nervous system development / intracellular protein transport / positive regulation of apoptotic signaling pathway / circadian regulation of gene expression / neuromuscular junction / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of neuron projection development / small GTPase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / circadian rhythm / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of fibroblast proliferation / cell-cell junction / negative regulation of neuron projection development / nuclear envelope / glucose homeostasis / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / cellular response to oxidative stress / growth cone / fibroblast proliferation / regulation of gene expression / spermatogenesis / perikaryon / neuron apoptotic process / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / postsynaptic density / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. ...Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Qu, Q. / Jiang, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural insights into the allosteric activation mechanism of p75NTR
著者: Qu, Q. / Jiang, T.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0303
ポリマ－10,6321
非ポリマー3982
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.440, 53.440, 78.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16 / Gp80-LNGFR / Low affinity neurotrophin receptor p75NTR / Low-affinity nerve growth factor receptor ...Gp80-LNGFR / Low affinity neurotrophin receptor p75NTR / Low-affinity nerve growth factor receptor / NGF receptor / p75 ICD


分子量: 10631.906 Da / 分子数: 1 / 断片: death domain, UNP RESIDUES 334-418 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ngfr, NM_012610, Tnfrsf16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07174
#2: 化合物 ChemComp-MNB / 5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID


分子量: 199.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0, 1.2M sodium citrate tribasic dehydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月10日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 4678 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.38→2.48 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NGR

1ngr


解像度: 2.38→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25969 229 4.7 %RANDOM
Rwork0.21862 ---
obs0.22053 4678 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.05 Å-
Luzzati d res low-20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数653 0 26 21 700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0472.006939
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.167583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95623.54831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5915111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.685156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4761.5417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9542663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3843274
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3874.5276
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.381→2.442 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 15 -
Rwork0.314 338 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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