PDB-4f41: Protelomerase TelA mutant R255A complexed with CTTG hairpin DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f41

タイトル

Protelomerase TelA mutant R255A complexed with CTTG hairpin DNA

要素

DNA hairpin
Protelomerase

キーワード

RECOMBINATION/DNA / RECOMBINATION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Helix Hairpins - #1780 / Telomere resolvase / Telomere resolvase ResT / Telomere resolvase ResT superfamily / Telomere resolvase ResT/TelK catalytic domain / hpI Integrase; Chain A / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Linear Chromosome-generating System of Agrobacterium tumefaciens C58: PROTELOMERASE GENERATES AND PROTECTS HAIRPIN ENDS.
著者: Huang, W.M. / Dagloria, J. / Fox, H. / Ruan, Q. / Tillou, J. / Shi, K. / Aihara, H. / Aron, J. / Casjens, S.

履歴

登録	2012年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f41.cif.gz	180 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f41.ent.gz	140.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f41	HTTPS FTP

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登録構造単位

A: Protelomerase

C: DNA hairpin

45.9 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.322, 119.690, 58.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protelomerase 分子量: 36070.121 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 102-421 / 変異: R255A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: C58/ATCC 33970 / 遺伝子: telA, Atu2523 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CWV1
#2: DNA鎖	DNA hairpin 分子量: 9827.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 5% (w/v) PEG 4000, 10mM Tris-HCl, 300mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月24日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 22125 / Num. obs: 22125 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / % possible all: 34.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→37.77 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	946	5.04 %
R_work	0.225	-	-
obs	0.225	18780	72.3 %
all	-	18780	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.74 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5253 Å²	-0 Å²	3.2065 Å²
2-	-	-4.6631 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-15.5525 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2527	649	0	151	3327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3364
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.73	4698
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.057	1293
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	486

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.633	0.3098	22	0.3455	476	X-RAY DIFFRACTION	13
2.633-2.7979	0.3922	73	0.3239	1362	X-RAY DIFFRACTION	39
2.7979-3.0139	0.4196	130	0.3195	2369	X-RAY DIFFRACTION	68
3.0139-3.317	0.3519	146	0.2895	3203	X-RAY DIFFRACTION	90
3.317-3.7966	0.2865	195	0.2235	3429	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7966-4.7818	0.2278	200	0.1753	3457	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7818-37.767	0.2238	180	0.1914	3538	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9939	-0.717	0.5246	6.6283	2.3626	6.2866	0.2979	0.1285	-0.2664	0.0515	-0.0184	-0.16	0.1105	0.3987	-0.3058	0.2656	0.0595	0.0972	0.2624	-0.0313	0.9108	33.7106	-30.5919	0.9495
2	1.0346	-0.6498	-0.1308	1.6168	-0.0537	0.61	-0.1931	-0.1223	-0.6362	0.2896	0.0023	-0.3445	0.1312	0.0429	-0.2	0.1438	0.1526	-0.0636	-0.0977	0.1153	0.721	21.2122	-33.01	6.1334
3	1.2208	0.0425	0.3745	1.7974	-0.0463	1.5838	0.1119	-0.1731	-0.197	0.2677	0.0804	0.0704	0.0682	0.1192	0.3769	0.0605	0.0772	-0.0099	0.1822	0.1146	-0.0237	4.7635	-14.1939	10.2301
4	1.117	-0.6703	0.2621	1.096	0.2261	0.2463	-0.1457	0.3388	0.919	-0.1956	0.0599	-0.9095	-0.2689	0.5529	-0.0533	-0.4244	-0.5526	0.2203	-1.014	0.1837	0.1308	20.2227	0.7177	-2.9561
5	-0.0001	0.0002	-0.0003	0.0086	-0.0128	0.0209	0.048	-0.1657	0.3757	0.2155	-0.2737	0.9976	-0.1015	-0.3587	0.2203	0.2421	-0.0003	0.0586	0.2522	-0.2415	0.9127	1.747	15.1069	8.3349
6	0.1137	0.5763	0.4705	6.1052	2.3627	1.9478	0.0253	0.0234	0.0132	-0.5237	0.0326	-0.3884	0.1158	0.2192	0.0039	0.2747	0.0113	0.0429	0.4306	-0.2195	0.3095	10.133	-15.2961	-4.876
7	1.2643	0.3751	0.5655	2.0565	1.4407	1.086	-0.1769	-0.0228	-0.1341	0.0308	0.0549	0.0646	0.2712	-0.0262	0.1702	0.5081	0.0841	0.0844	0.4079	-0.2246	0.3527	6.7043	-18.3034	-5.6429
8	1.7023	1.0432	1.6316	6.4336	-4.7521	7.2734	-0.1141	0.0158	0.1796	0.1629	0.1676	0.0999	-0.1593	-0.1608	-0.0469	0.3877	-0.1052	-0.123	0.4994	0.0744	1.3068	3.0373	-21.6795	-3.2221
9	0.4933	-0.3103	-0.6138	1.894	1.0829	1.0495	0.1913	-0.4177	-0.3841	0.1348	-0.2385	0.1927	0.1661	-0.3053	0.0172	0.3755	-0.1216	-0.1111	0.9598	0.5089	0.8652	6.0179	-24.0447	0.5033
10	3.1253	-2.9368	-0.5294	3.6642	0.9379	2.4317	0.1723	0.0327	-0.36	0.1524	-0.3813	0.6442	0.4558	-0.3629	0.2163	0.4411	-0.1794	-0.1832	0.3842	-0.0524	0.5421	10.7073	-23.8989	1.609
11	1.2775	1.3721	1.3004	3.4799	-0.2834	2.731	0.2369	0.104	0.0447	-0.4419	-0.1051	0.0725	-0.1481	-0.1592	-0.0487	0.2267	0.0102	0.0407	0.114	0.0214	0.4586	15.2909	-21.7673	0.3725
12	5.0395	1.3639	0.4597	4.3224	-2.9259	5.6719	0.0263	0.007	-0.0401	-0.0458	-0.0535	0.0204	0.0077	-0.0523	0.0401	0.2422	-0.0521	-0.0436	0.1941	-0.11	0.1568	18.5973	-17.9013	-0.4718
13	2.2154	-1.1216	2.1899	0.7581	-0.7825	2.7227	-0.045	-0.2073	0.1121	-0.0356	0.1134	0.1062	0.0068	-0.2724	-0.0667	0.1427	-0.0492	-0.1334	0.3286	0.0559	0.571	20.9075	-14.0218	0.479
14	0.0031	-0.0028	-0.0241	0.11	-0.0089	0.1982	0.032	-0.1085	0.0299	-0.0012	-0.0068	0.0074	0.0217	-0.052	0.0313	0.1629	-0.0567	-0.1994	0.2291	-0.0575	0.4883	21.871	-10.3443	4.2336
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26	5.1798	3.7289	-2.791	4.3239	-1.946	1.5063	0.1049	-0.8813	1.3042	0.5136	-0.1269	-0.1995	-1.1202	0.4339	0.0338	0.9691	-0.053	-0.4056	1.3344	-0.071	1.4087	40.8206	-8.6321	23.5714
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36	2.0446	0.9202	0.132	4.8848	1.9669	1.3316	0.1012	-0.0703	-0.0036	0.3576	-0.0705	-0.0842	0.2242	0.0002	-0.0078	0.3921	0.0613	-0.1633	0.3394	-0.1142	0.2429	12.6938	-10.8613	3.6116
37	2.2148	1.4455	-0.9058	3.1821	-2.9438	4.1531	0.0931	-0.3999	0.0572	0.2255	-0.1473	0.1569	0.1391	0.194	0.0147	0.3027	-0.0174	0.0427	0.1583	-0.0419	0.071	11.2752	-13.1276	-1.0392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 103:122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 124:195
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 197:219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 220:409
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 410:421
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and resid 15:15
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and resid 16:16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and resid 17:17
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 18:18
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain C and resid 19:19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain C and resid 20:20
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain C and resid 21:21
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain C and resid 22:22
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain C and resid 23:23
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain C and resid 24:24
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain C and resid 25:25
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain C and resid 26:26
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain C and resid 28:28
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain C and resid 29:29
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain C and resid 30:30
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain C and resid 31:31
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain C and resid 32:32
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain C and resid 1:1
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain C and resid 3:3
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain C and resid 4:4
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain C and resid 5:5
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain C and resid 6:6
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33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain C and resid 10:10
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain C and resid 11:11
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain C and resid 12:12
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain C and resid 13:13
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain C and resid 14:14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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