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- PDB-4f0s: Crystal structure of an adenosine deaminase homolog from Chromoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f0s
タイトルCrystal structure of an adenosine deaminase homolog from Chromobacterium violaceum (target NYSGRC-019589) with bound inosine.
要素5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine deaminase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-BIOLOGY / Protein Structure Initiative / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / ZN
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylhomocysteine deaminase / S-adenosylhomocysteine deaminase activity / S-methyl-5'-thioadenosine deaminase / 5'-methylthioadenosine deaminase activity / adenosine deaminase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Deaminase MtaD/DadD / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Deaminase MtaD/DadD / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINE / 5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Kim, J. / Vetting, M.W. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Raushel, F.M. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an adenosine deaminase homolog from Chromobacterium violaceum (target NYSGRC-019589) with bound inosine.
著者: Kim, J. / Vetting, M.W. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Raushel, F.M. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9735
ポリマ－49,2061
非ポリマー7664
水5,386299
1
A: 5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine deaminase
ヘテロ分子

A: 5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,94510
ポリマ－98,4132
非ポリマー1,5328
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.048, 101.048, 88.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

CL

21A-761-

HOH

31A-803-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine deaminase / MTA/SAH deaminase


分子量: 49206.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: ATCC 12472 / 遺伝子: mtaD, CV_1032 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7NZ90, S-adenosylhomocysteine deaminase, S-methyl-5'-thioadenosine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン


分子量: 268.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O5
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2% dioxane, 0.1M bicine PH 9.0, 10% PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 39235 / 冗長度: 11.4 % / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.873 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.851→40.343 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1849 1950 5 %
Rwork0.1565 --
obs0.158 39008 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.018 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.155 Å20 Å2-0 Å2
2--0.155 Å2-0 Å2
3----0.3099 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.851→40.343 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 52 299 3627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0824677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7381241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8509-1.89720.19181270.16232511X-RAY DIFFRACTION95
1.8972-1.94850.19171210.15872580X-RAY DIFFRACTION97
1.9485-2.00590.17561120.15612580X-RAY DIFFRACTION98
2.0059-2.07060.1911310.15232623X-RAY DIFFRACTION99
2.0706-2.14460.18021390.14772602X-RAY DIFFRACTION99
2.1446-2.23050.1681320.1472627X-RAY DIFFRACTION100
2.2305-2.3320.19511520.15292619X-RAY DIFFRACTION99
2.332-2.45490.19951450.15512631X-RAY DIFFRACTION100
2.4549-2.60870.17871660.15662633X-RAY DIFFRACTION100
2.6087-2.810.1981550.15442647X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.09270.19881310.16552684X-RAY DIFFRACTION100
3.0927-3.540.18941460.15932707X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.45920.17221470.14222735X-RAY DIFFRACTION100
4.4592-40.35250.17831460.17212879X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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