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- PDB-4f0l: Crystal structure of Amidohydrolase from Brucella melitensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f0l
タイトルCrystal structure of Amidohydrolase from Brucella melitensis
要素Amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Formiminoglutamate deiminase / : / Formimidoylglutamate deiminase HutF, N-terminal domain / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases ...Formiminoglutamate deiminase / : / Formimidoylglutamate deiminase HutF, N-terminal domain / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FORMIC ACID / Amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Amidohydrolase from Brucella melitensis
著者: Gardberg, A.S. / Abendroth, J. / Staker, B. / Stewart, L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2012年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidohydrolase
B: Amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1276
ポリマ－98,9232
非ポリマー2044
水11,151619
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area30580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.592, 62.192, 68.926
Angle α, β, γ (deg.)92.750, 95.490, 112.320
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Amidohydrolase


分子量: 49461.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0307 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YIL4
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Internal tracking number 226312A8 (JCSG A8). Crystallant: 20% PEG3350, 200 mM ammonium formate. Protein: BrabA.17379.a.A1 PS01212 at 36.85 mg/ml in a buffer consisting of 25 mM Hepes pH 7.0, ...詳細: Internal tracking number 226312A8 (JCSG A8). Crystallant: 20% PEG3350, 200 mM ammonium formate. Protein: BrabA.17379.a.A1 PS01212 at 36.85 mg/ml in a buffer consisting of 25 mM Hepes pH 7.0, 500 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.025% sodium azide, and 5% glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月18日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 49766 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.092.20.2113.824560.76596.5
2.09-2.122.20.18724590.77697.8
2.12-2.162.20.17524760.80196.8
2.16-2.212.20.16425200.86397.8
2.21-2.262.20.15224490.93697.5
2.26-2.312.20.1524760.95997
2.31-2.372.20.13124790.9998.2
2.37-2.432.20.12524841.04497.8
2.43-2.52.20.12624741.20597.4
2.5-2.582.20.11525031.16597.6
2.58-2.682.20.10325211.1898.3
2.68-2.782.20.09924691.29598.2
2.78-2.912.20.09124811.24597.7
2.91-3.062.20.08725061.18498
3.06-3.252.20.08124801.2897.8
3.25-3.512.20.07624791.16798.1
3.51-3.862.10.06925111.24598
3.86-4.422.10.06725041.27598.6
4.42-5.562.20.06425251.21599.1
5.56-502.20.06425141.19699.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.2 Å
Translation2.5 Å49.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MDU

3mdu


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.586 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 2531 5.1 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.15 49766 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.18 Å20.08 Å2
2---0.48 Å2-0.28 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6762 0 8 619 7389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.9389425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.119311131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1075905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.31823.252329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.328151058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3831559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028055
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021516
LS精密化 シェル解像度: 2.053→2.107 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 187 -
Rwork0.154 3348 -
all-3535 -
obs-2489 93.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5003-0.49640.40231.117-0.20320.95130.0006-0.0132-0.0176-0.08620.0584-0.00540.0143-0.0688-0.0590.0192-0.0130.01570.06370.01310.057616.95371.767-14.0614
20.6283-0.495-0.25651.39850.07210.32150.01750.0432-0.0343-0.0539-0.0198-0.05950.03970.00470.00240.04090.00760.0060.0503-0.02010.036627.2262-19.1672-18.7101
31.6086-0.29490.07160.69320.07560.320.00730.01720.0752-0.03040.0298-0.17660.01680.0539-0.0370.00730.00190.02160.0466-0.0060.110339.2132-3.6991-14.071
40.6014-0.07730.0640.89710.51741.3791-0.01750.03370.0337-0.05180.0509-0.0751-0.10890.0812-0.03340.03450.00250.00550.03270.02440.047723.61019.6038-11.7313
50.8482-0.333-0.03982.2459-0.69921.2513-0.0188-0.02340.00990.15380.07960.21220.0412-0.1366-0.06070.0192-0.0080.01470.056-0.00970.04159.0999-9.2358-9.0401
60.57280.3522-0.46530.6607-0.20191.2865-0.0112-0.04210.00080.0913-0.0261-0.01750.0484-0.06090.03730.037-0.0022-0.01510.02790.00060.01416.23420.268316.1924
70.86060.40910.24081.46490.23910.75130.0406-0.06590.10930.0466-0.0527-0.0348-0.2043-0.01040.01210.1311-0.01560.00970.0197-0.01280.022324.448322.610720.5219
81.50480.25320.02981.26230.14490.60930.0273-0.0645-0.00710.0970.0206-0.2365-0.04050.1139-0.04790.0275-0.0108-0.03970.0669-0.00970.085238.03468.371216.7463
90.73660.1318-0.68990.7270.73932.21350.0054-0.017-0.08530.17870.0147-0.11630.20840.0244-0.02010.0620.0103-0.02840.03520.02130.043823.7936-6.323614.0125
100.76120.4980.27593.7162-0.30652.08770.0157-0.0119-0.0019-0.2780.07850.3359-0.1224-0.4253-0.09420.07710.043-0.01090.11740.00220.067.791410.835310.7492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 237
3X-RAY DIFFRACTION3A238 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4A340 - 417
5X-RAY DIFFRACTION5A418 - 454
6X-RAY DIFFRACTION6B6 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7B87 - 237
8X-RAY DIFFRACTION8B238 - 339
9X-RAY DIFFRACTION9B340 - 417
10X-RAY DIFFRACTION10B418 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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