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- PDB-4eza: Crystal structure of the atypical phosphoinositide (aPI) binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eza
タイトルCrystal structure of the atypical phosphoinositide (aPI) binding domain of IQGAP2
要素Ras GTPase-activating-like protein IQGAP2
キーワードSIGNALING PROTEIN / gap / structural genomics consortium / sgc
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / thrombin-activated receptor signaling pathway / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Arp2/3 complex binding / GTPase inhibitor activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / microvillus / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs ...mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / thrombin-activated receptor signaling pathway / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Arp2/3 complex binding / GTPase inhibitor activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / microvillus / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / secretory granule membrane / filopodium / regulation of actin cytoskeleton organization / small GTPase binding / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / actin binding / cell cortex / microtubule / calmodulin binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RasGAP protein, C-terminal / RasGAP C-terminus / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / IQ calmodulin-binding motif / Calponin homology domain ...RasGAP protein, C-terminal / RasGAP C-terminus / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / IQ calmodulin-binding motif / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Rho GTPase activation protein / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / IQ motif profile. / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW/rsp5/WWP domain profile. / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras GTPase-activating-like protein IQGAP2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Van Aalten, D.M.F. / Dixon, M.J. / Gray, A. / Schenning, M. / Agacan, M. / Leslie, N.R. / Downes, C.P. / Batty, I.H. / Nedyalkova, L. / Tempel, W. ...Van Aalten, D.M.F. / Dixon, M.J. / Gray, A. / Schenning, M. / Agacan, M. / Leslie, N.R. / Downes, C.P. / Batty, I.H. / Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Zhong, N. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: IQGAP Proteins Reveal an Atypical Phosphoinositide (aPI) Binding Domain with a Pseudo C2 Domain Fold.
著者: Dixon, M.J. / Gray, A. / Schenning, M. / Agacan, M. / Tempel, W. / Tong, Y. / Nedyalkova, L. / Park, H.W. / Leslie, N.R. / van Aalten, D.M. / Downes, C.P. / Batty, I.H.
履歴
登録2012年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP2
B: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4652
ポリマ－26,4652
非ポリマー00
水2,810156
1
A: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2321
ポリマ－13,2321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2321
ポリマ－13,2321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.067, 47.234, 46.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Ras GTPase-activating-like protein IQGAP2


分子量: 13232.346 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1476-1571 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQGAP2 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q13576
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG-MME, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES, 1:100 (w/w) chymotrypsin, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B10.97946
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.07205
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 300 mm plate1IMAGE PLATE2009年6月20日
MAR scanner 300 mm plate2IMAGE PLATE2009年6月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979461
21.072051
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 31375 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 1.5→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.248 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23932 461 1.5 %RANDOM
Rwork0.20977 ---
obs0.21024 30080 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.828 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-0.41 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 0 0 156 1674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.9792066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1395186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.62926.85770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97815314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.281152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7861.5932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53221516
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.693604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4014.5550
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 29 -
Rwork0.262 1829 -
obs--80.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4742-0.42460.30191.42150.23620.8985-0.0265-0.0130.01650.03320.0568-0.0603-0.03190.0163-0.03020.05950.00320.00110.0572-0.00630.065620.3838.86139.448
21.46590.43081.35991.81160.25461.9560.02230.0204-0.02010.00180.04390.08390.02980.0133-0.06620.0979-0.00910.01190.09470.00410.11284.7129.04421.146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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