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万見
- PDB-4ez9: Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment Complex 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ez9
タイトルBacillus DNA Polymerase I Large Fragment Complex 2
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
  • DNA polymerase
キーワードTransferase/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex / closed form / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Wang, W. / Beese, L.S.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Structures of a High-fidelity DNA Polymerase
著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis.
著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
履歴
登録2012年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Other
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
D: DNA polymerase
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,09010
ポリマ－148,3136
非ポリマー7764
水24,5541363
1
A: DNA polymerase
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3715
ポリマ－74,1573
非ポリマー2142
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27490 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7195
ポリマ－74,1573
非ポリマー5622
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area27070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.920, 108.960, 149.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 67490.289 Da / 分子数: 2
断片: Bacillus Fragment (analogous to E. coli Klenow Fragment, unp residues 287-878)
変異: D598A, F710Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
遺伝子: polA, GK2730 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')


分子量: 2650.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Primer Strand
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4015.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Template Strand

-
非ポリマー , 4種, 1367分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-D3T / 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddTTP


タイプ: DNA OH 3 prime terminus / 分子量: 466.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O13P3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS NOT AVAILABLE IN THE UNIPROT DATABASE. IT DIFFERS FROM UNP Q5KWC1 BY THIS SINGLE RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 48%-53% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MgSO4, 100mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 171000 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 28.337 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.64-1.740.4963.85199.9
1.74-1.860.3016.25199.9
1.86-20.1819.35159.9
2-2.190.09617.5199.9
2.19-2.450.06124.54176.1
2.45-2.830.04233.96199.7
2.83-3.460.02845.53199.2
3.46-4.880.02257.21197.9
4.88-500.01868.78192.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1026精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2HVI WITH INSERTION SITE BASE PAIR, METAL IONS, AND PROTEIN RESIDUES 681-721 DELETED

2hvi


解像度: 1.64→43.125 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.07 / SU ML: 0.14 / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1909 7358 4.55 %
Rwork0.168 --
obs0.1691 161679 86.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→43.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9280 828 46 1363 11517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34814360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3274058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.65860.23292690.21385124X-RAY DIFFRACTION86
1.6586-1.67820.25912710.21015144X-RAY DIFFRACTION88
1.6782-1.69860.2442740.20315200X-RAY DIFFRACTION89
1.6986-1.72010.25022770.19925270X-RAY DIFFRACTION90
1.7201-1.74280.2352820.18975349X-RAY DIFFRACTION91
1.7428-1.76660.21062790.18295300X-RAY DIFFRACTION91
1.7666-1.79190.22062840.1785394X-RAY DIFFRACTION92
1.7919-1.81860.2162860.17615449X-RAY DIFFRACTION92
1.8186-1.8470.20612850.17675415X-RAY DIFFRACTION92
1.847-1.87730.22332760.17275241X-RAY DIFFRACTION89
1.8773-1.90970.23011150.1782181X-RAY DIFFRACTION77
1.9097-1.94440.103510.13398X-RAY DIFFRACTION19
1.9444-1.98180.22262630.18125003X-RAY DIFFRACTION85
1.9818-2.02230.19022190.17055762X-RAY DIFFRACTION96
2.0223-2.06620.18432110.16385796X-RAY DIFFRACTION97
2.0662-2.11430.18772330.16235854X-RAY DIFFRACTION98
2.1143-2.16720.18812280.16185829X-RAY DIFFRACTION98
2.1672-2.22580.21042620.16885270X-RAY DIFFRACTION89
2.2258-2.29130.2276390.17371107X-RAY DIFFRACTION81
2.2913-2.36520.18332240.15655775X-RAY DIFFRACTION96
2.3652-2.44970.19352340.15735877X-RAY DIFFRACTION98
2.4497-2.54780.16832450.15725886X-RAY DIFFRACTION98
2.5478-2.66370.17322510.16335896X-RAY DIFFRACTION98
2.6637-2.80420.18352560.17075880X-RAY DIFFRACTION98
2.8042-2.97980.19782780.16985873X-RAY DIFFRACTION98
2.9798-3.20980.19062920.17215943X-RAY DIFFRACTION99
3.2098-3.53270.17313120.16115875X-RAY DIFFRACTION98
3.5327-4.04360.18662990.16455855X-RAY DIFFRACTION97
4.0436-5.09320.16273090.1395944X-RAY DIFFRACTION98
5.0932-43.14020.19643040.19615821X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39880.6739-0.19812.3232-0.15321.4717-0.14160.2101-0.3923-0.41920.0706-0.25080.36110.05160.07960.4090.05370.10680.2248-0.02010.2782119.9829-59.560225.4924
20.711-0.331-0.28441.46690.24241.4911-0.0447-0.00530.0035-0.00820.0019-0.0175-0.01970.21740.05220.1704-0.0474-0.02050.16880.02460.1269115.7149-35.344939.9055
35.38720.1957-0.04722.76370.33552.3732-0.212-1.54910.44260.01290.3421-0.7467-1.08450.4324-0.11860.62090.02110.00330.7159-0.17850.5099129.8458-9.368140.2717
40.9350.3875-0.65971.1785-0.07432.71710.004-0.18530.0333-0.0247-0.1042-0.4265-0.10970.8690.09850.1832-0.04970.01380.45310.00530.2544132.0972-32.572934.6155
50.408-0.06490.11280.9722-0.19290.69670.01840.0655-0.0001-0.15490.0179-0.04130.02620.0495-0.0370.0923-0.00380.01680.1035-0.02950.0909131.2374-35.2537-19.0391
60.93360.0238-0.10621.11480.47681.10060.04840.11390.1541-0.0817-0.04910.0889-0.1228-0.08870.00220.06530.01770.0080.11340.02020.1243118.4814-18.0668-8.5447
74.1885-0.5219-0.26070.9643-0.05942.6795-0.16370.0313-0.113-0.55660.08240.2612-0.1172-0.14620.09250.3086-0.0662-0.07630.1259-0.02610.2121108.8756-28.014440.0605
82.26560.2311-0.54682.24350.10132.06970.09130.08770.2832-0.2753-0.06290.3753-0.3321-0.0108-0.00280.22310.0028-0.03010.15580.01250.1821109.9828-27.952437.8676
92.30030.8812-0.83690.8458-0.92494.3319-0.04770.3019-0.0198-0.06020.0666-0.34330.05610.0203-0.05860.16250.02410.03720.1058-0.01870.2315129.9347-18.5852-26.9085
100.6608-0.4925-0.27140.8594-0.04071.79350.1060.16510.1443-0.42250.1413-0.3992-0.27010.2394-0.21330.1656-0.02940.09320.1671-00.1803131.4037-17.4703-23.8326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 298:409)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 410:676)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 677:743)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 744:875)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resseq 298:604)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resseq 605:876)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 21:29)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 2:12)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resseq 21:29)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resseq 1:12)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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