ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MxCuBE | | データ収集 | AMoRE | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.7.3_928)精密化 | MOSFLM | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 467D 解像度: 1.6→19.305 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2487 | 341 | 4.68 % | random |
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Rwork | 0.2163 | - | - | - |
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obs | 0.2179 | 7293 | 98.96 % | - |
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all | - | 7370 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.689 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.2975 Å2 | 0 Å2 | 0.7075 Å2 |
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2- | - | 2.9387 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -2.6412 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.305 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 408 | 1 | 91 | 500 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 458 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.259 | 704 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d35.274 | 192 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.063 | 78 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.007 | 20 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 99 % 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork |
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1.6-2.0155 | 0.2949 | 174 | 0.2577 | 3422 | 2.0155-19.306 | 0.2331 | 167 | 0.2041 | 3530 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.3578 | 0.1676 | -0.1179 | 0.1779 | -0.2581 | 0.4328 | 0.0272 | -0.0112 | -0.0084 | -0.0962 | -0.1133 | -0.1115 | 0.1039 | 0.1144 | -0.0786 | 0.1195 | 0.0328 | 0.0204 | 0.1358 | -0.0002 | 0.161 | -0.3361 | -0.2429 | 15.9588 | 2 | 0.2196 | 0.3188 | -0.2214 | 0.4888 | -0.4073 | 0.8414 | -0.3077 | -0.2364 | 0.0192 | 0.0461 | 0.2097 | -0.0316 | 0.17 | 0.0486 | -0.4713 | 0.0991 | 0.0583 | -0.0216 | 0.1977 | -0.0153 | 0.1134 | -4.2635 | 0.2924 | 8.5986 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | CHAIN A AND (RESSEQ 1:10)2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | CHAIN B AND (RESSEQ 11:20) | |
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