PDB-4eyz: Crystal structure of an uncommon cellulosome-related protein modu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eyz

タイトル

Crystal structure of an uncommon cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases

要素

Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases

キーワード

HYDROLASE / Putative protease

機能・相同性

Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases

機能・相同性情報

生物種

Ruminococcus flavefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.383 Å

データ登録者

Frolow, F. / Voronov-Goldman, M. / Bayer, E. / Lamed, R.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of an Uncommon Cellulosome-Related Protein Module from Ruminococcus flavefaciens That Resembles Papain-Like Cysteine Peptidases.
著者: Levy-Assaraf, M. / Voronov-Goldman, M. / Rozman Grinberg, I. / Weiserman, G. / Shimon, L.J. / Jindou, S. / Borovok, I. / White, B.A. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.

履歴

登録	2012年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eyz.cif.gz	319.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eyz.ent.gz	268.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eyz_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eyz_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	4eyz_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	4eyz_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4eyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4eyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2vek-1 3w94-1 4pc8-d 2prk-d 5ms3-d 4gaw-5 2pbl-3 2vek-2 5t5o-6 2rdl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases

B: Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases

ヘテロ分子

55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.811, 60.605, 66.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases 分子量: 27434.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens (バクテリア) 株: FD-1 / 遺伝子: NlpC/P60_2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: M9MMP4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS and 25% w/v polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月20日

放射

プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.3 % / Av σ(I) over netI: 37.5 / 数: 715274 / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 0.94 / D res high: 1.38 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 97755 / % possible obs: 95.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.75	50	96.1	1	0.026	0.741	7.2
2.97	3.75	96.6	1	0.03	1.015	7.1
2.6	2.97	98.6	1	0.037	1.135	7.3
2.36	2.6	98.4	1	0.043	1.202	7.5
2.19	2.36	97.8	1	0.043	1.14	7.5
2.06	2.19	97.9	1	0.047	1.106	7.5
1.96	2.06	97.5	1	0.053	1.049	7.5
1.87	1.96	97.1	1	0.064	1.012	7.6
1.8	1.87	96.9	1	0.076	0.942	7.6
1.74	1.8	96.9	1	0.094	0.9	7.6
1.68	1.74	96.3	1	0.116	0.863	7.6
1.64	1.68	96.2	1	0.142	0.848	7.6
1.59	1.64	96	1	0.171	0.854	7.6
1.55	1.59	95.9	1	0.208	0.839	7.6
1.52	1.55	95.4	1	0.246	0.853	7.6
1.49	1.52	95.3	1	0.298	0.851	7.4
1.46	1.49	95.1	1	0.34	0.843	7.2
1.43	1.46	95.2	1	0.394	0.836	6.9
1.4	1.43	94.6	1	0.415	0.836	6.5
1.38	1.4	83.5	1	0.449	0.838	5.6

反射

解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 182049 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 15.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.38-1.4	5.6	0.449	1	83.5
1.4-1.43	6.5	0.415	1	94.6
1.43-1.46	6.9	0.394	1	95.2
1.46-1.49	7.2	0.34	1	95.1
1.49-1.52	7.4	0.298	1	95.3
1.52-1.55	7.6	0.246	1	95.4
1.55-1.59	7.6	0.208	1	95.9
1.59-1.64	7.6	0.171	1	96
1.64-1.68	7.6	0.142	1	96.2
1.68-1.74	7.6	0.116	1	96.3
1.74-1.8	7.6	0.094	1	96.9
1.8-1.87	7.6	0.076	1	96.9
1.87-1.96	7.6	0.064	1	97.1
1.96-2.06	7.5	0.053	1	97.5
2.06-2.19	7.5	0.047	1	97.9
2.19-2.36	7.5	0.043	1	97.8
2.36-2.6	7.5	0.043	1	98.4
2.6-2.97	7.3	0.037	1	98.6
2.97-3.75	7.1	0.03	1	96.6
3.75-50	7.2	0.026	1	96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX	dev_1180	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集
DENZO		データ削減
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.383→38.935 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1524	2002	2.1 %
R_work	0.1265	-	-
obs	0.1271	182049	91.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.123 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.383→38.935 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3808	0	12	720	4540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4119
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.195	5626
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.703	1427
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	729

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3825-1.4	0.1779	91	0.1569	3907	X-RAY DIFFRACTION	54
1.4-1.4185	0.2105	85	0.1508	4881	X-RAY DIFFRACTION	68
1.4185-1.4379	0.1649	109	0.1545	5372	X-RAY DIFFRACTION	74
1.4379-1.4584	0.196	129	0.1546	5745	X-RAY DIFFRACTION	80
1.4584-1.4802	0.1906	126	0.1469	6108	X-RAY DIFFRACTION	84
1.4802-1.5033	0.1862	145	0.143	6289	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5033-1.528	0.1477	152	0.1375	6501	X-RAY DIFFRACTION	90
1.528-1.5543	0.1743	142	0.1338	6604	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5543-1.5826	0.1724	151	0.1331	6759	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5826-1.613	0.1563	149	0.1306	6815	X-RAY DIFFRACTION	95
1.613-1.646	0.1828	147	0.1276	6905	X-RAY DIFFRACTION	95
1.646-1.6818	0.1466	155	0.1277	6892	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6818-1.7209	0.1622	141	0.1221	6975	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7209-1.7639	0.1573	150	0.1222	6920	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7639-1.8116	0.1383	155	0.1172	6971	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8116-1.8649	0.1573	155	0.113	7132	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8649-1.9251	0.1378	144	0.112	6920	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9251-1.9939	0.1296	158	0.1103	7117	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9939-2.0737	0.1658	144	0.1114	7019	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0737-2.1681	0.138	152	0.1119	7087	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1681-2.2824	0.1573	150	0.1127	7078	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2824-2.4254	0.1325	158	0.1158	7163	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4254-2.6126	0.1331	140	0.1272	7061	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6126-2.8755	0.1502	162	0.1289	7130	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8755-3.2914	0.16	149	0.1259	7074	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2914-4.146	0.1399	142	0.1182	6905	X-RAY DIFFRACTION	96
4.146-38.95	0.1654	144	0.1584	6894	X-RAY DIFFRACTION	95

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