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- PDB-4eyz: Crystal structure of an uncommon cellulosome-related protein modu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eyz
タイトルCrystal structure of an uncommon cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases
要素Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases
キーワードHYDROLASE / Putative protease
機能・相同性Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases
機能・相同性情報
生物種Ruminococcus flavefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.383 Å
データ登録者Frolow, F. / Voronov-Goldman, M. / Bayer, E. / Lamed, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of an Uncommon Cellulosome-Related Protein Module from Ruminococcus flavefaciens That Resembles Papain-Like Cysteine Peptidases.
著者: Levy-Assaraf, M. / Voronov-Goldman, M. / Rozman Grinberg, I. / Weiserman, G. / Shimon, L.J. / Jindou, S. / Borovok, I. / White, B.A. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.
履歴
登録2012年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases
B: Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0555
ポリマ－54,8692
非ポリマー1863
水12,971720
1
A: Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4962
ポリマ－27,4341
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5583
ポリマ－27,4341
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.811, 60.605, 66.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases


分子量: 27434.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens (バクテリア)
株: FD-1 / 遺伝子: NlpC/P60_2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: M9MMP4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS and 25% w/v polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月20日
放射プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.3 % / Av σ(I) over netI: 37.5 / 数: 715274 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.94 / D res high: 1.38 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 97755 / % possible obs: 95.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.755096.110.0260.7417.2
2.973.7596.610.031.0157.1
2.62.9798.610.0371.1357.3
2.362.698.410.0431.2027.5
2.192.3697.810.0431.147.5
2.062.1997.910.0471.1067.5
1.962.0697.510.0531.0497.5
1.871.9697.110.0641.0127.6
1.81.8796.910.0760.9427.6
1.741.896.910.0940.97.6
1.681.7496.310.1160.8637.6
1.641.6896.210.1420.8487.6
1.591.649610.1710.8547.6
1.551.5995.910.2080.8397.6
1.521.5595.410.2460.8537.6
1.491.5295.310.2980.8517.4
1.461.4995.110.340.8437.2
1.431.4695.210.3940.8366.9
1.41.4394.610.4150.8366.5
1.381.483.510.4490.8385.6
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 182049 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.38-1.45.60.449183.5
1.4-1.436.50.415194.6
1.43-1.466.90.394195.2
1.46-1.497.20.34195.1
1.49-1.527.40.298195.3
1.52-1.557.60.246195.4
1.55-1.597.60.208195.9
1.59-1.647.60.171196
1.64-1.687.60.142196.2
1.68-1.747.60.116196.3
1.74-1.87.60.094196.9
1.8-1.877.60.076196.9
1.87-1.967.60.064197.1
1.96-2.067.50.053197.5
2.06-2.197.50.047197.9
2.19-2.367.50.043197.8
2.36-2.67.50.043198.4
2.6-2.977.30.037198.6
2.97-3.757.10.03196.6
3.75-507.20.026196.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIXdev_1180精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
DENZOデータ削減
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.383→38.935 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1524 2002 2.1 %
Rwork0.1265 --
obs0.1271 182049 91.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.123 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.383→38.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3808 0 12 720 4540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1955626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7031427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3825-1.40.1779910.15693907X-RAY DIFFRACTION54
1.4-1.41850.2105850.15084881X-RAY DIFFRACTION68
1.4185-1.43790.16491090.15455372X-RAY DIFFRACTION74
1.4379-1.45840.1961290.15465745X-RAY DIFFRACTION80
1.4584-1.48020.19061260.14696108X-RAY DIFFRACTION84
1.4802-1.50330.18621450.1436289X-RAY DIFFRACTION87
1.5033-1.5280.14771520.13756501X-RAY DIFFRACTION90
1.528-1.55430.17431420.13386604X-RAY DIFFRACTION92
1.5543-1.58260.17241510.13316759X-RAY DIFFRACTION93
1.5826-1.6130.15631490.13066815X-RAY DIFFRACTION95
1.613-1.6460.18281470.12766905X-RAY DIFFRACTION95
1.646-1.68180.14661550.12776892X-RAY DIFFRACTION96
1.6818-1.72090.16221410.12216975X-RAY DIFFRACTION96
1.7209-1.76390.15731500.12226920X-RAY DIFFRACTION97
1.7639-1.81160.13831550.11726971X-RAY DIFFRACTION97
1.8116-1.86490.15731550.1137132X-RAY DIFFRACTION97
1.8649-1.92510.13781440.1126920X-RAY DIFFRACTION97
1.9251-1.99390.12961580.11037117X-RAY DIFFRACTION97
1.9939-2.07370.16581440.11147019X-RAY DIFFRACTION98
2.0737-2.16810.1381520.11197087X-RAY DIFFRACTION98
2.1681-2.28240.15731500.11277078X-RAY DIFFRACTION98
2.2824-2.42540.13251580.11587163X-RAY DIFFRACTION99
2.4254-2.61260.13311400.12727061X-RAY DIFFRACTION98
2.6126-2.87550.15021620.12897130X-RAY DIFFRACTION98
2.8755-3.29140.161490.12597074X-RAY DIFFRACTION98
3.2914-4.1460.13991420.11826905X-RAY DIFFRACTION96
4.146-38.950.16541440.15846894X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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