PDB-4ey3: Crystal structure of solute binding protein of ABC transporter in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ey3

タイトル

Crystal structure of solute binding protein of ABC transporter in complex with p-hydroxybenzoic acid

要素

Twin-arginine translocation pathway signal

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / PSI-BIOLOGY / MCSG / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS /

transporter (運搬体タンパク質) / lignin degradation product

機能・相同性

機能・相同性情報

Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein /

Response regulator / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. /

Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like I /

ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Chang, C. / Mack, J. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Characterization of transport proteins for aromatic compounds derived from lignin: benzoate derivative binding proteins.
著者: Michalska, K. / Chang, C. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R.

履歴

登録	2012年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2012年5月30日	ID: 3T0N
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月12日	Group: Database references
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ey3.cif.gz	153.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ey3.ent.gz	127.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ey3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4ey3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4ey3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4evqC 4evrC 4evsC 4eygC 4eykC 4f06C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eyg-2 4eyk-d 4eyg-1 1el7-2 3bhf-1 3ukj-d 3qse-1 3m13-2 2gf3-1 1zov-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102213

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Twin-arginine translocation pathway signal

ヘテロ分子

40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.816, 132.625, 130.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Twin-arginine translocation pathway signal 分子量: 39983.023 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-392 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: BisB5 / 遺伝子: RPD_1586 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q13AR6
#2: 化合物	ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸 / 4-ヒドロキシ安息香酸分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M SODIUM CITRATE, 20% ISO-PROPANOL,20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 20231 / Num. obs: 19925 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.22 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.541 / Num. unique all: 488 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.22→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.418 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.209
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2341	1025	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1816	-	-	-
all	0.1842	19857	-	-
obs	0.1842	19857	96.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.15 Å² / B_iso mean: 50.547 Å² / B_iso min: 28.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2737	0	10	112	2859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.983	1.974	3796
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.055	5	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.557	25.091	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.946	15	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.085	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.519	3	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	37.637	5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	25.955	5	2806

LS精密化シェル

解像度: 2.223→2.281 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	50	-
R_work	0.238	978	-
all	-	1028	-
obs	-	1028	72.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.001	0.0002	0	0.0005	-0.0004	0.0003	0.0011	0.0019	0.0057	0.0035	-0.0019	0.0012	-0.0028	0.0024	0.0009	0.0331	0.0028	-0.0011	0.1058	-0.0004	0.0354	16.6187	10.4178	83.7217
2	0.085	0.0441	-0.1003	0.0271	-0.0516	0.1202	0.0112	-0.0035	-0.0012	0.0164	-0.0065	0.0046	-0.0099	0.0019	-0.0047	0.0343	0.0008	0.0017	0.0866	-0.0048	0.0265	26.0442	38.4874	82.6649
3	0.3403	-0.0131	0.4301	0.1961	-0.0001	0.5459	0.0027	0.01	0.0071	0.0033	-0.0145	0.0452	0.0055	0.0191	0.0118	0.0263	0.0064	-0.0045	0.0772	-0.0009	0.0267	21.2704	21.3805	65.4467
4	0.0431	-0.039	-0.0738	0.2561	0.1095	0.201	-0.0092	0.0266	-0.0109	0.0346	-0.0079	-0.0155	0.0372	0.0282	0.0171	0.0354	0.0053	0.0011	0.0953	-0.0066	0.0263	28.7063	7.7387	77.6018
5	0.4549	-0.2061	0.288	0.4178	-0.3541	0.3369	-0.0048	0.0166	0.012	0.0209	-0.0125	-0.0237	-0.0188	0.0139	0.0173	0.0341	0.0034	0.0017	0.0886	-0.0055	0.0256	31.7985	28.7077	71.8261

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	147 - 276
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	277 - 304
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	305 - 359
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	360 - 390

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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