ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC5.6.0117精密化 Show PDB_EXTRACT3.11 データ抽出 Show SBC-Collectデータ収集 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング HKL-3000位相決定 MLPHARE位相決定 直接法位相決定 SHELXDE位相決定 RESOLVE位相決定 ARP/wARPモデル構築 Cootモデル構築
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 2.22→50 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.962 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.938 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.5 / SU B : 15.418 / SU ML : 0.167 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R Free : 0.209 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2341 1025 5.2 % RANDOM Rwork 0.1816 - - - all 0.1842 19857 - - obs 0.1842 19857 96.53 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 108.15 Å2 / Biso mean : 50.547 Å2 / Biso min : 28.8 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 4.63 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -3.76 Å2 0 Å2 3- - - -0.87 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.22→50 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2737 0 10 112 2859
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.005 0.02 2811 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg0.983 1.974 3796 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.055 5 365 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.557 25.091 110 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.946 15 490 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg9.085 15 11 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.068 0.2 423 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.003 0.021 2105 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.519 3 2811 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free37.637 5 64 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded25.955 5 2806
LS精密化 シェル 解像度 : 2.223→2.281 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.268 50 - Rwork 0.238 978 - all - 1028 - obs - 1028 72.96 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 5) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.001 0.0002 0 0.0005 -0.0004 0.0003 0.0011 0.0019 0.0057 0.0035 -0.0019 0.0012 -0.0028 0.0024 0.0009 0.0331 0.0028 -0.0011 0.1058 -0.0004 0.0354 16.6187 10.4178 83.7217 2 0.085 0.0441 -0.1003 0.0271 -0.0516 0.1202 0.0112 -0.0035 -0.0012 0.0164 -0.0065 0.0046 -0.0099 0.0019 -0.0047 0.0343 0.0008 0.0017 0.0866 -0.0048 0.0265 26.0442 38.4874 82.6649 3 0.3403 -0.0131 0.4301 0.1961 -0.0001 0.5459 0.0027 0.01 0.0071 0.0033 -0.0145 0.0452 0.0055 0.0191 0.0118 0.0263 0.0064 -0.0045 0.0772 -0.0009 0.0267 21.2704 21.3805 65.4467 4 0.0431 -0.039 -0.0738 0.2561 0.1095 0.201 -0.0092 0.0266 -0.0109 0.0346 -0.0079 -0.0155 0.0372 0.0282 0.0171 0.0354 0.0053 0.0011 0.0953 -0.0066 0.0263 28.7063 7.7387 77.6018 5 0.4549 -0.2061 0.288 0.4178 -0.3541 0.3369 -0.0048 0.0166 0.012 0.0209 -0.0125 -0.0237 -0.0188 0.0139 0.0173 0.0341 0.0034 0.0017 0.0886 -0.0055 0.0256 31.7985 28.7077 71.8261
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A27 - 146 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A147 - 276 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A277 - 304 4 X-RAY DIFFRACTION 4 A305 - 359 5 X-RAY DIFFRACTION 5 A360 - 390