PDB-4ewv: Crystal structure of GH3.12 in complex with AMPCPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ewv

タイトル

Crystal structure of GH3.12 in complex with AMPCPP

要素

4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

キーワード

LIGASE / firefly luciferase family / adenylation / amino acid conjugation

機能・相同性

機能・相同性情報

N-(4-aminobenzoyl)-L-glutamate synthetase activity / N-benzoyl-L-glutamate synthetase activity / N-vanillate-L-glutamate synthetase activity / N-(4-hydroxybenzoyl)-L-glutamate synthetase activity / positive regulation of plant-type hypersensitive response / benzoate metabolic process / salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of systemic acquired resistance / detection of fungus / plant-type hypersensitive response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.897 Å

データ登録者

Zubieta, C. / Nanao, M. / Jez, J.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural basis for prereceptor modulation of plant hormones by GH3 proteins.
著者: Westfall, C.S. / Zubieta, C. / Herrmann, J. / Kapp, U. / Nanao, M.H. / Jez, J.M.

履歴

登録	2012年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ewv.cif.gz	384 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ewv.ent.gz	312.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ewv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ewv_validation.pdf.gz	999.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ewv_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4ewv_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	4ewv_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eplC 4epmC 4eq4C 4eqlSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6avh-2 5mqp-2 4olh-1 4olh-2 5i7h-1 6j1g-d 6j1h-1 4msu-1 5mqp-4 5tj7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

B: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.348, 116.348, 94.663
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12 / Auxin-responsive GH3-like protein 12 / AtGH3-12 / Protein GH3-LIKE DEFENSE GENE 1 / Protein ...Auxin-responsive GH3-like protein 12 / AtGH3-12 / Protein GH3-LIKE DEFENSE GENE 1 / Protein GRETCHEN HAGEN 3.12 / Protein HOPW1-1-INTERACTING 3 / Protein avrPPHB SUSCEPTIBLE 3 分子量: 65762.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GH3.12, GDG1, PBS3, WIN3, At5g13320, T22N19.5, T31B5.140 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9LYU4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 1.8M sodium/potassium phosphate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.502
反射	解像度: 2.9→52 Å / Num. all: 28232 / Num. obs: 27316 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.021 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EQL

4eql

解像度: 2.897→52.032 Å / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.57 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2859	1368	5.01 %
R_work	0.2434	-	-
obs	0.2457	27316	96.76 %
all	-	28232	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 121.767 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0077 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.0077 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.0155 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.897→52.032 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7098	0	63	0	7161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.849	9970
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.717	2451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1178
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9003-3.0037	0.3748	145	0.2958	2649	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0037-3.1238	0.3449	126	0.29	2654	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1238-3.2656	0.3302	131	0.2792	2674	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2656-3.4374	0.3078	117	0.2771	2673	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4374-3.6521	0.3114	134	0.2608	2364	X-RAY DIFFRACTION	84
3.6521-3.933	0.304	112	0.2546	2142	X-RAY DIFFRACTION	77
3.933-4.3268	0.2693	156	0.2422	2665	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3268-4.9484	0.2412	150	0.2219	2646	X-RAY DIFFRACTION	94
4.9484-6.2175	0.3221	154	0.242	2669	X-RAY DIFFRACTION	95
6.2175-24.4772	0.2418	142	0.2038	2719	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9026	0.2009	-2.3391	0.0385	-0.2403	2.8777	-0.08	0.6649	-0.4038	-0.0909	0.117	0.1788	0.1841	-0.3155	0.0154	0.6834	-0.0575	0.1725	1.0244	-0.4986	1.3963	7.6165	-37.5579	-0.518
2	3.8699	-0.7375	2.3599	2.1684	-0.6898	2.4323	-0.3661	-0.6754	0.5162	0.4743	0.012	-0.5928	-0.2304	0.5121	0.3749	0.2855	0.1344	-0.1649	0.4724	0.0183	0.4777	11.1872	-30.9372	-12.2343
3	0.8913	-0.4302	-0.7086	0.3836	0.1605	0.7337	0.1554	0.0268	0.2962	-0.0931	0.0404	-0.0441	-0.3272	-0.0508	-0.0234	0.2997	0.0557	-0.0904	0.0308	-0.0151	0.234	33.3613	-25.4584	-3.8669
4	0.3971	-0.3559	-0.6183	2.704	-1.5134	3.0493	0.207	-0.2133	-0.2834	0.5366	-0.5576	-1.3342	0.5629	0.8404	0.4446	0.2957	0.0079	-0.0872	0.2671	0.1923	0.5977	50.9948	-19.4501	-8.364
5	2.4613	-1.0429	0.484	0.4524	-0.167	0.2431	-0.0761	-0.1396	0.3717	0.1198	0.0876	-0.139	-0.1057	-0.0206	0.0013	0.3876	0.3185	-0.0083	0.2716	-0.0032	0.1968	33.8227	-35.4099	6.7981
6	8.0215	-4.1043	0.696	3.9376	-1.2117	3.2839	-0.1834	-0.1346	0.7389	0.0843	0.0673	-0.5333	0.0081	0.3048	0.0565	0.3155	0.1358	0.1729	0.3438	0.1752	0.9404	17.3315	-45.7517	6.0027
7	3.0345	-0.353	-0.6908	3.3939	-0.5873	1.9637	-0.0216	0.1565	-0.2372	-0.1407	0.0829	-0.0632	0.1681	-0.0725	0.0319	-0.0624	0.0156	-0.0915	-0.1549	-0.0326	0.0797	43.2494	-57.3983	-1.3399
8	0.1838	-0.1411	0.1501	0.7832	-0.142	0.3207	0.0452	-0.0758	0.0144	-0.0253	0.0078	0.0472	0.0754	-0.105	-0.0608	-0.0424	-0.2659	-0.0116	-0.049	0.055	0.102	40.8965	-54.2284	-9.4137
9	0.3457	0.1969	0.2002	0.3259	0.0303	0.1487	-0.0658	-0.1401	0.107	0.235	0.1228	0.0832	-0.1168	-0.1484	-0.076	0.4564	0.1655	0.231	0.2814	-0.054	0.6532	20.1358	-52.1001	-48.2583
10	0.2963	0.2324	0.0415	1.0365	-0.4648	0.2961	-0.0313	-0.0145	-0.3447	-0.0017	0.0071	0.0403	0.2806	-0.0536	0.0512	0.4514	0.0663	0.0115	0.0954	-0.0313	0.4825	25.642	-48.7508	-38.0586
11	1.7764	0.3331	0.2965	1.8692	-1.1787	0.9815	0.0034	0.2084	-0.1369	-0.0574	-0.0731	-0.1855	0.068	0.1561	0.0468	0.1815	0.2557	-0.0363	0.268	0.0551	0.1767	32.9922	-24.2195	-46.288
12	2.6703	1.5161	-1.7053	1.6661	-1.2048	2.096	0.0402	-0.532	-0.6371	0.0328	-0.3726	-0.5347	0.1295	0.7041	0.3348	0.2519	-0.1699	0.1414	0.5192	0.0181	0.5641	38.7902	-7.1391	-40.9356
13	5.9818	0.4308	-2.6246	1.5378	-0.1416	3.4582	0.3985	0.2636	0.6034	-0.2717	-0.3123	-0.3212	-0.2736	0.2718	-0.0066	0.1822	0.193	0.0804	0.3741	0.1577	0.209	23.8375	-19.3337	-54.999
14	0.4103	0.1526	0.0439	1.3967	-0.3775	0.5075	-0.0098	-0.1022	-0.2335	0.1632	0.0219	-0.0917	0.1579	0.1006	-0.0163	0.2079	0.1711	-0.0268	0.1207	0.06	0.3083	15.5109	-38.4468	-57.3436
15	0.3443	-0.0054	-0.4797	1.4005	-0.5754	1.9443	0.0594	-0.0321	0.0563	-0.0523	-0.1196	-0.5806	-0.1273	0.2887	0.0746	0.0471	0.0024	-0.0612	0.0241	0.0703	0.3538	0.9144	-15.8859	-47.9494
16	2.9355	1.3548	0.0093	4.4889	1.2661	4.2276	-0.0157	-0.3082	-0.3424	0.1468	-0.0694	-0.1125	0.5421	0.2207	-0.0145	0.264	-0.0329	-0.0342	0.063	0.1144	0.2742	3.333	-17.2371	-39.8101

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 8:79)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 80:115)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 116:233)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 234:283)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 284:353)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 354:419)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 420:506)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 507:601)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 8:79)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 80:115)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 116:234)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 235:283)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 284:330)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 331:416)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 417:506)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 507:601)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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