PDB-4ewt: The crystal structure of a putative aminohydrolase from methicill...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ewt

タイトル

The crystal structure of a putative aminohydrolase from methicillin resistant Staphylococcus aureus

要素

Peptidase, M20/M25/M40 family

キーワード

HYDROLASE / Peptidase / M20/M25/M40 family / Mn/Zn binding

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Girish, T.S. / Vivek, B. / Colaco, M. / Misquith, S. / Gopal, B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of an amidohydrolase, SACOL0085, from methicillin-resistant Staphylococcus aureus COL
著者: Girish, T.S. / Vivek, B. / Colaco, M. / Misquith, S. / Gopal, B.

履歴

登録	2012年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ewt.cif.gz	600.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ewt.ent.gz	498.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ewt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ewt_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ewt_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4ewt_validation.xml.gz	61.8 KB	表示
CIF形式データ	4ewt_validation.cif.gz	86.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ysjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lq8-d 4f37-d 4isk-d 3zjc-d 4o87-3 7dna-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Peptidase, M20/M25/M40 family

C: Peptidase, M20/M25/M40 family

D: Peptidase, M20/M25/M40 family

B: Peptidase, M20/M25/M40 family

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.620, 120.110, 132.410
Angle α, β, γ (deg.)	115.40, 94.64, 96.55
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Peptidase, M20/M25/M40 family 分子量: 43152.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: SACOL0085 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q5HJR7, UniProt: A0A0H2WZV8*PLUS, N-acyl-aliphatic-L-amino acid amidohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PE7 / 1-DEOXY-1-THIO-HEPTAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサ-20-メルカプトイコサン-1-オ-ル分子量: 342.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₇S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 30.0% PEG 400, Microbatch under oil, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40.09 Å / Num. obs: 133741 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / R_sym value: 0.253 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YSJ

1ysj

解像度: 2.1→39.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 8.865 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	6731	5 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.2	127008	93.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.361 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	1.38 Å²	0.74 Å²
2-	-	1.95 Å²	1.88 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11751	0	81	475	12307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	12057
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.205	1.968	16321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.752	5	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.907	24.587	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.687	15	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.905	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9104
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.454	1.5	7650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.88	2	12275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.606	3	4407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.699	4.5	4041
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	476	-
R_work	0.241	8867	-
obs	-	-	88.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7134	0.1134	-0.3375	2.0349	-3.3163	6.7022	0.0359	-0.1982	-0.0149	0.3687	0.1528	0.1808	-0.472	-0.167	-0.1887	0.1928	0.06	0.0788	0.2651	0.1182	0.0713	11.9608	-49.0418	31.9203
2	0.7776	-0.2817	0.0312	1.0816	-0.5185	1.484	-0.106	-0.2208	-0.0309	0.1785	0.0324	-0.0522	0.057	0.0551	0.0736	0.1039	-0.0154	-0.0031	0.1707	-0.0124	0.1145	16.8943	-35.5933	3.0354
3	1.127	0.4323	-0.5237	2.2316	-2.6721	8.2039	-0.0262	-0.0943	-0.1027	-0.3323	0.2361	0.1731	0.7069	-0.4673	-0.2099	0.197	-0.0013	0.0368	0.2109	0.1364	0.1051	12.386	-54.2229	20.3993
4	2.3172	0.1511	-1.0268	1.824	-1.0526	6.7873	0.0165	0.2443	-0.1777	-0.3249	-0.1894	-0.068	0.1814	0.1719	0.1729	0.0833	0.0397	0.0166	0.2414	0.0805	0.0624	-15.103	12.264	-13.894
5	0.7101	-0.5974	0.2806	1.1592	-0.8182	1.4715	0.043	0.2093	0.0525	-0.0735	-0.1035	-0.0884	-0.0942	0.0116	0.0605	0.0729	-0.019	0.0033	0.1696	0.004	0.1349	-1.96	-17.853	-16.106
6	2.0336	-0.1807	-0.482	2.223	-1.0441	6.7355	0.0357	0.2264	-0.1767	-0.0914	-0.0091	0.244	-0.0338	-0.6191	-0.0266	0.0586	0.0394	-0.0082	0.2767	0.0642	0.1206	-6.169	7.349	-20.355
7	1.7732	0.0282	-0.5686	2.3388	0.3854	2.9075	-0.0726	0.2676	-0.1647	-0.1564	0.038	0.0313	0.5057	0.0525	0.0346	0.2816	0.0039	-0.0314	0.0611	-0.0874	0.3248	29.5027	-77.3584	-15.4311
8	0.9951	-0.8122	0.3619	1.6563	-0.5289	0.8201	0.0019	0.0572	-0.2402	-0.0859	0.0501	0.1032	0.1541	-0.0182	-0.052	0.1106	-0.0304	-0.0095	0.0939	-0.0673	0.2004	13.2446	-49.0146	-14.9401
9	2.4615	0.205	-0.2419	3.6942	-0.0203	2.953	-0.1177	-0.0086	-0.0666	0.0354	0.0526	-0.1026	0.2272	0.1493	0.0651	0.1485	0.0144	-0.0343	0.0157	-0.041	0.2587	29.0843	-68.4845	-6.1691
10	5.74	-3.6824	-0.2878	8.573	-0.0307	3.214	-0.0503	-0.3613	0.108	0.6386	-0.1597	0.1348	-0.5133	0.0959	0.2101	0.3393	-0.0248	-0.0392	0.0795	-0.1066	0.3021	19.684	-5.949	-58.185
11	1.2644	-0.6291	-0.1409	1.417	-0.2657	1.39	0.0853	0.0565	0.1338	0.0083	0.0002	0.0975	-0.2313	-0.0898	-0.0855	0.0776	-0.012	0.0032	0.124	-0.0124	0.1529	18.389	-19.126	-27.635
12	6.8499	-6.1049	-0.454	12.2275	0.3774	2.3087	0.4676	0.1896	0.7875	-0.3337	-0.5182	-1.1981	-0.3802	0.1265	0.0506	0.21	-0.0169	0.0698	0.0317	0.0496	0.2998	9.787	-5.134	-49.711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 322
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	323 - 389
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 169
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	170 - 319
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	325 - 386
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 169
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	170 - 322
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	323 - 389
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 165
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	177 - 322
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	323 - 389

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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