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万見
- PDB-4ewj: structure of the enloase from Streptococcus suis serotype 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ewj
タイトルstructure of the enloase from Streptococcus suis serotype 2
要素Enolase 2
キーワードLYASE / two-domain enzyme / glycolytic pathway involved enzyme / plasminogen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Lu, Q. / Lu, H. / Qi, J. / Lu, G. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2012
タイトル: An octamer of enolase from Streptococcus suis.
著者: Lu, Q. / Lu, H. / Qi, J. / Lu, G. / Gao, G.F.
履歴
登録2012年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase 2
B: Enolase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4262
ポリマ－96,4262
非ポリマー00
水4,216234
1
A: Enolase 2
B: Enolase 2

A: Enolase 2
B: Enolase 2

A: Enolase 2
B: Enolase 2

A: Enolase 2
B: Enolase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,7038
ポリマ－385,7038
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area22870 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area106980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.016, 168.016, 77.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Enolase 2 / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase 2 / 2-phosphoglycerate dehydratase 2


分子量: 48212.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 株: 05ZYH33 / 遺伝子: eno, eno2, enolase, SSUST3_1361 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: F4EGM3, UniProt: K7N5M7*PLUS, phosphopyruvate hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES (pH 6.5), 10% (w/v) PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月22日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 41877 / Num. obs: 41166 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 46.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1W6T

1w6t


解像度: 2.403→36.028 Å / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 17.66 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1623 2073 5.05 %random
Rwork0.1394 ---
all0.1405 41038 --
obs0.1405 41038 97.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.4 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6306 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6306 Å2-0 Å2
3---2.8611 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→36.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6517 0 0 234 6751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.528951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7792367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021180
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.4031-2.44450.2389900.19911760
2.4445-2.4890.2505970.19021928
2.489-2.53680.19831030.19081869
2.5368-2.58860.2243830.18241956
2.5886-2.64490.20581020.18071913
2.6449-2.70640.22191060.17111925
2.7064-2.77410.20411100.16761914
2.7741-2.8490.20261070.17031930
2.849-2.93280.1603840.16541958
2.9328-3.02740.1836930.16141968
3.0274-3.13560.17731000.15941964
3.1356-3.26110.16761060.14951953
3.2611-3.40940.16831000.14611967
3.4094-3.5890.17741220.13691965
3.589-3.81360.15881150.12481965
3.8136-4.10770.13121080.11251972
4.1077-4.52030.12491080.10121990
4.5203-5.17280.12191250.10621992
5.1728-6.51090.1909950.14752018
6.5109-36.03180.13331120.12722065

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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