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- PDB-4ewf: The crystal structure of beta-lactamase from Sphaerobacter thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ewf
タイトルThe crystal structure of beta-lactamase from Sphaerobacter thermophilus DSM 20745
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / ABA-sandwich / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / PSI-Biology / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of beta-lactamase from Sphaerobacter thermophilus DSM 20745
著者: Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,90410
ポリマ－116,3634
非ポリマー5406
水7,314406
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2833
ポリマ－29,0911
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1872
ポリマ－29,0911
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2473
ポリマ－29,0911
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1872
ポリマ－29,0911
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.500, 215.551, 83.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-462-

HOH

詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 29090.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
株: DSM 20745 / 遺伝子: Sthe_2032 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 MAGIC / 参照: UniProt: D1C5R0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-Tris Propane, NaOH pH 7.0 1.5 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 84422 / Num. obs: 84422 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / Rsym value: 0.682 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→45.328 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 4041 4.98 %
Rwork0.181 --
obs0.1824 81065 94.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.521 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7800 0 29 406 8235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08610923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7962894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.01180.2403610.2047989X-RAY DIFFRACTION36
2.0118-2.03640.2535840.20451766X-RAY DIFFRACTION63
2.0364-2.06220.2221160.21382425X-RAY DIFFRACTION87
2.0622-2.08930.25221220.20712557X-RAY DIFFRACTION93
2.0893-2.11790.22351390.20162634X-RAY DIFFRACTION95
2.1179-2.14820.23581230.19772733X-RAY DIFFRACTION97
2.1482-2.18020.24461350.19922707X-RAY DIFFRACTION98
2.1802-2.21430.23741560.19012734X-RAY DIFFRACTION98
2.2143-2.25060.23421490.1872753X-RAY DIFFRACTION99
2.2506-2.28940.26631420.18982753X-RAY DIFFRACTION99
2.2894-2.3310.23581200.1922803X-RAY DIFFRACTION99
2.331-2.37590.24251440.19112751X-RAY DIFFRACTION99
2.3759-2.42440.22191360.18232782X-RAY DIFFRACTION99
2.4244-2.47710.22971430.18462750X-RAY DIFFRACTION99
2.4771-2.53470.23531550.20572766X-RAY DIFFRACTION99
2.5347-2.59810.26321680.212750X-RAY DIFFRACTION99
2.5981-2.66830.25281360.19972782X-RAY DIFFRACTION100
2.6683-2.74680.24111640.19922758X-RAY DIFFRACTION99
2.7468-2.83550.23441580.20372793X-RAY DIFFRACTION100
2.8355-2.93680.22941550.2052788X-RAY DIFFRACTION100
2.9368-3.05430.2351580.20672810X-RAY DIFFRACTION100
3.0543-3.19330.26251550.2082784X-RAY DIFFRACTION100
3.1933-3.36160.22821330.19582820X-RAY DIFFRACTION100
3.3616-3.57220.21931350.17922813X-RAY DIFFRACTION99
3.5722-3.84780.18081340.15952827X-RAY DIFFRACTION99
3.8478-4.23480.16321720.13672785X-RAY DIFFRACTION99
4.2348-4.8470.13841510.13632813X-RAY DIFFRACTION99
4.847-6.10430.19211520.16792858X-RAY DIFFRACTION99
6.1043-45.33950.16841450.17742740X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3592-0.96720.01991.8279-0.11941.18890.18340.2724-0.0948-0.2475-0.1521-0.0569-0.0082-0.1206-0.02240.12260.03160.03820.1071-0.00190.014928.841110.521527.1073
22.28460.2730.4441.80670.45071.60760.14730.00120.65090.1362-0.1005-0.1743-0.3560.0115-0.02450.30770.04620.10550.1630.02010.290427.712140.061531.4889
30.9727-0.44850.23681.5062-0.29421.782-0.11790.0257-0.01270.0441-0.02380.08670.0876-0.15180.10590.1408-0.05890.08940.216-0.0612-0.0003-4.717427.744748.8223
41.1075-0.3668-0.13872.93470.5221.0022-0.01150.21140.0185-0.22490.056-0.12910.12950.0416-0.03490.1915-0.015-0.0650.2369-0.01120.17495.804578.933749.0208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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