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- PDB-4evr: Crystal structure of ABC transporter from R. palustris - solute b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4evr
タイトルCrystal structure of ABC transporter from R. palustris - solute binding protein (RPA0668) in complex with benzoate
要素Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABC transporter / solute binding protein / benzoate-derivatives binding
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Michalska, K. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Characterization of transport proteins for aromatic compounds derived from lignin: benzoate derivative binding proteins.
著者: Michalska, K. / Chang, C. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3642
ポリマ－39,2421
非ポリマー1221
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.306, 57.778, 133.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative ABC transporter subunit, substrate-binding component


分子量: 39241.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: hbaE, RPA0668 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Magic / 参照: UniProt: G3XCQ4
#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M sodium acetate, 25% PEG4000, 8% 2-propanol, 5 mM sodium benzoate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→40 Å / Num. all: 29016 / Num. obs: 28325 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 24.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 1383 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
BUSTER2.10.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→22.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9545 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9424 / SU R Cruickshank DPI: 0.187 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: hydrogen atoms have been added at riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 1428 5.05 %RANDOM
Rwork0.1501 ---
all0.1518 28268 --
obs0.1518 28268 96.57 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7266 Å20 Å20 Å2
2--0.026 Å20 Å2
3----5.7525 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.201 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→22.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2633 0 9 174 2816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0155380HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.239777HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1485SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes784HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5380HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion355SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5893SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.91 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 121 4.61 %
Rwork0.1766 2506 -
all0.1785 2627 -
obs-2627 96.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58510.0868-0.61231.20660.15911.8273-0.12680.0844-0.5144-0.0601-0.0980.05140.41270.00570.22480.0155-0.0060.0551-0.1058-0.01340.012628.892727.18434.5292
20.03322.39691.07092.8756-0.07190-0.0639-0.1583-0.52270.0799-0.12240.09240.2719-0.41660.18630.0234-0.11710.1476-0.11430.01940.105415.821224.295814.3606
32.5479-0.2326-0.46490.45520.00862.3925-0.1377-0.4876-0.54420.2054-0.04210.08820.54420.06950.17990.0317-0.00270.0722-0.08870.1134-0.035127.204426.334219.8909
40.8962-1.1761-0.34311.6664-0.25213.24310.0042-0.54270.30660.2955-0.0242-0.1069-0.33960.29160.02010.0082-0.10710.02550.0824-0.152-0.078630.614754.162328.0121
51.9080.0207-0.75060.7719-0.1691.610.1026-0.54420.32050.2463-0.07240.1666-0.1844-0.0334-0.0302-0.0282-0.04650.06190.0383-0.1149-0.069419.471850.357326.1253
62.08260.1569-0.57170.77570.10981.02380.1123-0.23170.34470.0592-0.07430.0571-0.17260.1261-0.038-0.0239-0.0290.0157-0.0623-0.0338-0.009628.743350.782613.1026
71.9750.1086-0.46560.5175-0.27652.7643-0.0909-0.2051-0.48450.0668-0.0839-0.0050.47280.36540.1748-0.02780.05630.0344-0.08290.0655-0.017538.480328.51411.3153
82.7885-1.13360.34285.4751-2.81972.32120.0606-0.52190.0310.413-0.1629-0.151-0.13750.44140.1023-0.0685-0.0442-0.00160.0382-0.0186-0.13538.017743.955820.4809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|32 - A|79}A32 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2{A|80 - A|95}A80 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3{A|96 - A|155}A96 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4{A|156 - A|174}A156 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5{A|175 - A|224}A175 - 224
6X-RAY DIFFRACTION6{A|225 - A|292}A225 - 292
7X-RAY DIFFRACTION7{A|293 - A|358}A293 - 358
8X-RAY DIFFRACTION8{A|359 - A|391}A359 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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