PDB-4evm: 1.5 Angstrom crystal structure of soluble domain of membrane-anch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4evm

タイトル

1.5 Angstrom crystal structure of soluble domain of membrane-anchored thioredoxin family protein from Streptococcus pneumoniae strain Canada MDR_19A

要素

Thioredoxin family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha/beta protein / thioredoxin fold / thioredoxin-like superfamily / TlpA-like family / Glutathione peroxidase-like family

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.506 Å

データ登録者

Wawrzak, Z. / Stogios, P.J. / Minasov, G. / Kudritska, M. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.5 Angstrom crystal structure of soluble domain of membrane-anchored thioredoxin family protein from Streptococcus pneumoniae strain Canada MDR_19A
著者: Wawrzak, Z. / Stogios, P.J. / Minasov, G. / Kudritska, M. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4evm.cif.gz	77.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4evm.ent.gz	58.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4evm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/4evm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/4evm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h30S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ym2-2 5cbl-2 4ym2-1 4ym1-2 4ym2-3 3wlu-4 3wlu-2 1r2h-d 4ym3-3 4ym0-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91959

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thioredoxin family protein

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.247, 63.247, 89.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Thioredoxin family protein 分子量: 15523.678 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-188 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: MDR_19A / 遺伝子: SpneCM_010100000757, SP_0659 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q97RX4, UniProt: A0A0H2UP26*PLUS, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% w/v PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-Cl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日
放射	モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 29395 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 40.22
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / R_sym value: 0.579 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H30

2h30

解像度: 1.506→29.831 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1984	1419	4.97 %	RANDOM
R_work	0.1689	-	-	-
obs	0.1703	29395	99.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.263 Å² / k_sol: 0.358 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0971 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.0971 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.1942 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.506→29.831 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1094	0	0	207	1301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1244
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.436	1709
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.819	487
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	189
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	220

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.506-1.5332	0.248	133	0.2323	2565	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5332-1.5627	0.2577	146	0.217	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5627-1.5946	0.2227	144	0.2061	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5946-1.6293	0.216	143	0.1957	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6293-1.6672	0.2435	145	0.205	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6672-1.7089	0.2668	143	0.1981	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7089-1.7551	0.23	144	0.185	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7551-1.8067	0.1924	143	0.176	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8067-1.865	0.2306	142	0.1709	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.865-1.9317	0.224	144	0.1705	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9317-2.009	0.2246	141	0.1723	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.009-2.1004	0.192	145	0.1754	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1004-2.2111	0.2079	147	0.1686	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2111-2.3496	0.1781	148	0.1617	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3496-2.5309	0.178	149	0.1645	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5309-2.7855	0.1932	143	0.1629	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7855-3.1881	0.2299	144	0.1666	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1881-4.0151	0.1753	147	0.158	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0151-29.8365	0.1805	134	0.1627	2688	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.3699	2.3923	-1.4378	2.7442	-0.3636	4.3874	0.189	-0.7872	-0.3362	0.527	-0.4275	-0.3773	0.4796	0.1258	0.1752	0.3272	-0.0573	0.0136	0.2207	0.0018	0.1437	22.4441	53.2607	48.7657
2	3.6728	1.2857	-1.0156	2.9394	-0.7093	3.6356	0.0423	-0.0061	0.2111	0.2171	-0.0701	0.3062	0.0171	-0.1938	0.0158	0.1316	0.0053	0.0432	0.0982	-0.03	0.1361	19.201	54.2011	34.722
3	5.4628	1.9654	-0.2022	3.7081	0.316	2.1926	0.1001	-0.2036	-0.3527	0.2605	-0.1484	0.0387	0.3799	-0.1436	0.0614	0.2183	-0.0046	0.0203	0.115	0.0087	0.1013	18.1256	44.0369	38.2443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 51:70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 71:135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 136:188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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