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- PDB-4evh: Crystal structure of calcium-bound alpha-1 giardin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4evh
タイトルCrystal structure of calcium-bound alpha-1 giardin
要素Giardin subunit alpha-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Annexin / Calcium-binding protein / membrane-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / cytoskeleton organization / microtubule / calcium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha giardin / Annexin E1, fourth repeat / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Giardin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Weeratunga, S. / Hofmann, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Alpha-1 giardin is an annexin with highly unusual calcium-regulated mechanisms
著者: Weeratunga, S.K. / Osman, A. / Hu, N.-J. / Wang, C.K. / Mason, L. / Svard, S. / Hope, G. / Jones, M.K. / Hofmann, A.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Giardin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0223
ポリマ－33,9421
非ポリマー802
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.309, 58.363, 98.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Giardin subunit alpha-1 / alpha-1 giardin


分子量: 33941.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
プラスミド: pRSET_6c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17063
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 % / 解説: THE STRUCTURAL FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15mM CaCl2, 20% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.37764 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 19352 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rsym value: 0.09
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.6 % / Num. unique all: 1360 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EVF

4evf


解像度: 2.6→24.83 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 29.74 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3038 831 4.75 %
Rwork0.2133 --
obs0.2177 17513 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.958 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 61.45 Å2 / Biso mean: 26.2828 Å2 / Biso min: 10.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.967 Å2-0 Å20 Å2
2---5.4842 Å2-0 Å2
3---7.4513 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2367 0 2 103 2472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2023251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.21913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003419
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6003-2.76310.36841490.2644276399
2.7631-2.97610.42041360.2652785100
2.9761-3.2750.32971150.24972822100
3.275-3.74750.3261310.2328277499
3.7475-4.71610.2531540.1656275899
4.7161-24.83160.25541460.17672780100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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