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- PDB-4eva: Crystal Structure of Mouse Catenin beta-59 in 5.6M urea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eva
タイトルCrystal Structure of Mouse Catenin beta-59 in 5.6M urea
要素Catenin beta-1
キーワードCELL ADHESION / mouse beta catenin / Urea
機能・相同性
機能・相同性情報


lung cell differentiation / epicardium-derived cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / mesenchyme morphogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / Regulation of CDH11 function / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Beta-catenin phosphorylation cascade / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane ...lung cell differentiation / epicardium-derived cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / mesenchyme morphogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / Regulation of CDH11 function / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Beta-catenin phosphorylation cascade / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / hair cycle process / TCF dependent signaling in response to WNT / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / endoderm formation / mesenchyme development / trachea morphogenesis / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / positive regulation of epithelial cell differentiation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / animal organ development / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / VEGFR2 mediated vascular permeability / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / central nervous system vasculogenesis / regulation of epithelial cell differentiation / regulation of centriole-centriole cohesion / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Adherens junctions interactions / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / embryonic axis specification / Ca2+ pathway / RHO GTPases activate IQGAPs / morphogenesis of embryonic epithelium / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / beta-catenin-TCF complex / endodermal cell fate commitment / acinar cell differentiation / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / endothelial tube morphogenesis / ventricular compact myocardium morphogenesis / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dorsal/ventral axis specification / sympathetic ganglion development / fungiform papilla formation / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of endothelial cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / mesenchymal to epithelial transition / hindbrain development / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of skeletal muscle tissue development / lung epithelial cell differentiation / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / cellular response to indole-3-methanol / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of odontoblast differentiation / regulation of osteoclast differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / positive regulation of myoblast proliferation / histone methyltransferase binding / mesenchymal cell proliferation / alpha-catenin binding / regulation of calcium ion import / regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell projection membrane / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / establishment of blood-retinal barrier / flotillin complex / apicolateral plasma membrane / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / cranial skeletal system development
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
UREA / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Wang, C. / Zhang, G.Y.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Mouse Catenin beta-59 in 5.6M urea
著者: Wang, C. / Zhang, G.Y.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1
C: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,01274
ポリマ－117,6882
非ポリマー4,32472
水12,250680
1
A: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,12639
ポリマ－58,8441
非ポリマー2,28238
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,88635
ポリマ－58,8441
非ポリマー2,04234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.271, 102.719, 187.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

HOH

21C-802-

HOH

31C-930-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 58844.117 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 134-671 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ctnnb1, Catnb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02248
#2: 化合物...
ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.6~3.2 M Urea, 200mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射モノクロメーター: 0.99 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.6 Å / Num. all: 81765 / Num. obs: 70231 / % possible obs: 85.89 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / Rsym value: 0.655 / % possible all: 75.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.003→28.609 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 3542 5.04 %
Rwork0.2001 --
obs0.2015 70231 85.8 %
all-81765 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.48 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0054 Å2-0 Å2-1.5644 Å2
2--7.4942 Å2-0 Å2
3----5.4888 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→28.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7455 0 288 680 8423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70310471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.312807
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.003-2.03050.3161960.25662297X-RAY DIFFRACTION73
2.0305-2.05950.30131120.22222362X-RAY DIFFRACTION76
2.0595-2.09020.21221130.20892291X-RAY DIFFRACTION73
2.0902-2.12280.27671320.2092308X-RAY DIFFRACTION77
2.1228-2.15760.26571140.21992369X-RAY DIFFRACTION74
2.1576-2.19480.30061380.26652324X-RAY DIFFRACTION76
2.1948-2.23470.2741170.24442391X-RAY DIFFRACTION76
2.2347-2.27770.32011470.28342351X-RAY DIFFRACTION78
2.2777-2.32420.32911250.25952399X-RAY DIFFRACTION76
2.3242-2.37470.29011460.21632444X-RAY DIFFRACTION79
2.3747-2.42990.2291350.19992490X-RAY DIFFRACTION81
2.4299-2.49060.26631170.2012583X-RAY DIFFRACTION83
2.4906-2.55790.23521400.20322663X-RAY DIFFRACTION86
2.5579-2.63310.23131550.1992750X-RAY DIFFRACTION89
2.6331-2.71810.26751490.20582830X-RAY DIFFRACTION91
2.7181-2.81510.25431640.20232851X-RAY DIFFRACTION93
2.8151-2.92770.22931570.20132940X-RAY DIFFRACTION94
2.9277-3.06080.23541550.2033018X-RAY DIFFRACTION97
3.0608-3.2220.22371490.2013033X-RAY DIFFRACTION97
3.222-3.42360.22521580.20293027X-RAY DIFFRACTION98
3.4236-3.68740.20041430.19132577X-RAY DIFFRACTION84
3.6874-4.05750.16221600.17223029X-RAY DIFFRACTION96
4.0575-4.64250.18731710.16933104X-RAY DIFFRACTION99
4.6425-5.84090.22411820.2053091X-RAY DIFFRACTION100
5.8409-28.61220.22081670.18613167X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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