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- PDB-4ev1: Anabaena Tic22 (protein transport) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ev1
タイトルAnabaena Tic22 (protein transport)
要素Anabena Tic22
キーワードCHAPERONE / Tic22 fold / chaperon / protein transport / Tic22-like family / Thylakoids
機能・相同性Tic22-like / Tic22-like family / protein transport / Alr0114 protein
機能・相同性情報
生物種Anabaena sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Koenig, P. / Schleiff, E. / Sinning, I. / Tews, I.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Functional conservation of Tic22 in cyanobacterial outer membrane protein assembly and chloroplast translocation.
著者: Tripp, J. / Hahn, A. / Koenig, P. / Flinner, N. / Bublak, D. / Ertel, F. / Mirus, O. / Sinning, I. / Tews, I. / Schleiff, E.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anabena Tic22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8377
ポリマ－28,1401
非ポリマー6976
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Anabena Tic22
ヘテロ分子

A: Anabena Tic22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,67414
ポリマ－56,2802
非ポリマー1,39412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area28010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.168, 111.190, 44.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

HOH

21A-459-

HOH

31A-499-

HOH

41A-529-

HOH

51A-543-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Anabena Tic22


分子量: 28140.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 株: PCC7120 / 遺伝子: alr0114 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Z0I2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3948.52
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2921蒸気拡散法, シッティングドロップ法9.51 M sodium citrate, 0.1 M CHES , pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.0K
2922蒸気拡散法, シッティングドロップ法9.51 M sodium citrate, 0.15mM MgCl2 0.1 M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.933
シンクロトロンESRF ID23-120.9798, 0.9801, 0.9760
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2009年6月14日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2009年9月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
20.97981
30.98011
40.9761
反射解像度: 1.95→36.01 Å / Num. all: 19667 / Num. obs: 19161 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3.7 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rsym value: 5.6 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 38.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→36.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.695 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -4 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24897 977 5.1 %RANDOM
Rwork0.19697 ---
all0.1997 19161 --
obs0.1997 18184 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.657 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å2-1.88 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----1.27 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→36.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 0 43 150 1960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5142.0182548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11533316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1055231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56626.14583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.67215337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.774159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.51156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1741.5453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7921886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.523725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.214.5661
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 70 -
Rwork0.317 1363 -
obs--99.51 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.9573 Å / Origin y: 53.3106 Å / Origin z: 1.948 Å
111213212223313233
T0.0206 Å2-0.0245 Å20.0019 Å2-0.0372 Å2-0.0112 Å2--0.0134 Å2
L0.8377 °2-0.2378 °2-0.0686 °2-1.1042 °20.3238 °2--0.6721 °2
S-0.077 Å °0.1081 Å °-0.0585 Å °-0.0223 Å °0.0632 Å °-0.0448 Å °0.0125 Å °-0.0519 Å °0.0138 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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