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- PDB-4eup: The complex between TCR JKF6 and human Class I MHC HLA-A2 present... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eup
タイトルThe complex between TCR JKF6 and human Class I MHC HLA-A2 presenting the MART-1(27-35)(A27L) peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • JKF6 alpha chain
  • JKF6 beta chain
  • Melanoma antigen recognized by T-cells 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / nonapeptide / MHC Class I / cross-reactivity / melanoma / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


melanosome membrane / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...melanosome membrane / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / trans-Golgi network / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / melanosome / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Protein melan-A / Protein melan-A / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Protein melan-A / Protein melan-A / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Melanoma antigen recognized by T-cells 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Hossain, M. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural description of how different MART-1 antigenic peptides influence JKF6 T cell receptor recognition
著者: Hossain, M. / Baker, B.M.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Melanoma antigen recognized by T-cells 1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Melanoma antigen recognized by T-cells 1
G: JKF6 alpha chain
I: JKF6 alpha chain
H: JKF6 beta chain
J: JKF6 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,67910
ポリマ－189,67910
非ポリマー00
水1,54986
1
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Melanoma antigen recognized by T-cells 1
G: JKF6 alpha chain
H: JKF6 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8395
ポリマ－94,8395
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Melanoma antigen recognized by T-cells 1
I: JKF6 alpha chain
J: JKF6 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8395
ポリマ－94,8395
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.655, 53.700, 150.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 DAEBGIHJ

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / HLA-A*0201 heavy chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 JKF6 alpha chain


分子量: 22472.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 JKF6 beta chain


分子量: 27777.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 88分子 FC

#3: タンパク質・ペプチド Melanoma antigen recognized by T-cells 1 / MART-1 / Antigen LB39-AA / Antigen SK29-AA / Protein Melan-A


分子量: 856.062 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-35 / Mutation: A28L / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16655
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 16% PEG10000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→20 Å / Num. all: 40105 / Num. obs: 37988 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.88→2.96 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2028 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4EUR AND 2GTZ

4eur
PDB 未公開エントリ

2gtz


解像度: 2.88→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 45.048 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.522 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29488 2007 5 %RANDOM
Rwork0.23499 ---
obs0.23806 37988 92.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.23 Å20 Å20.67 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3----3.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13081 0 0 86 13167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02213398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5821.93518177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10151621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03923.673667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.196152186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0641596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0271.58130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.681213103
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59535268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7854.55074
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.956 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 133 -
Rwork0.325 2408 -
obs-2408 81.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15240.1123-0.35250.4165-0.23030.9702-0.0222-0.0612-0.0608-0.001-0.0834-0.01810.05390.06810.10560.02020.0156-0.01520.06890.0260.074564.6583.42923.927
20.41050.0329-1.0482.4447-0.59392.8351-0.003-0.0125-0.0334-0.0807-0.11110.04910.0180.03840.11410.0153-0.0029-0.02410.0730.01070.058666.84419.69512.778
31.80021.1907-1.78241.3037-0.7242.1774-0.06880.0649-0.03460.0046-0.0320.01510.1328-0.08230.10080.33010.03790.01330.2996-0.00930.357329.815-28.40750.953
40.70890.2138-0.46061.1142-0.30480.9836-0.03680.1210.0822-0.09610.01380.05790.0696-0.13610.02290.24730.0216-0.03160.3182-0.00970.290519.802-11.87554.417
50.4115-0.2393-0.33060.7156-0.03430.55630.00620.0073-0.0819-0.0782-0.00940.04840.035-0.03350.00320.0489-0.0042-0.02930.0609-0.00560.0554-30.309-20.78245.471
60.4197-0.1503-1.06942.369-0.01662.82290.0101-0.0024-0.02910.0215-0.1315-0.0123-0.04610.01130.12140.026-0.0143-0.03390.0524-0.01440.0723-31.85-4.70956.633
72.674-0.8453-2.4431.37360.22413.0403-0.2126-0.133-0.2005-0.1201-0.0634-0.01770.32880.18720.2760.30910.00560.01490.23330.03560.30415.537-52.65618.9
80.963-0.5332-1.39731.39230.8283.12520.0294-0.15710.0753-0.0174-0.0811-0.1031-0.08530.36950.05170.2146-0.0682-0.0350.28470.06320.279515.259-35.74315.39
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2E0 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3G3 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4H3 - 243
5X-RAY DIFFRACTION5A1 - 274
6X-RAY DIFFRACTION6B0 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7I1 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8J3 - 242

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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