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万見
- PDB-4eu4: Succinyl-CoA: acetate CoA-transferase (AarCH6) in complex with Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eu4
タイトルSuccinyl-CoA: acetate CoA-transferase (AarCH6) in complex with CoA (hexagonal lattice)
要素Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Succinate CoA transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, N-terminal / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, C-terminal domain superfamily / Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / NagB/RpiA transferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter aceti (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Mullins, E.A. / Kappock, T.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Acetobacter aceti Succinyl-Coenzyme A (CoA):Acetate CoA-Transferase Reveal Specificity Determinants and Illustrate the Mechanism Used by Class I CoA-Transferases.
著者: Mullins, E.A. / Kappock, T.J.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: A specialized citric acid cycle requiring succinyl-coenzyme A (CoA):acetate CoA-transferase (AarC) confers acetic acid resistance on the acidophile Acetobacter aceti
著者: Mullins, E.A. / Francois, J.A. / Kappock, T.J.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase
B: Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,69128
ポリマ－112,0932
非ポリマー3,59826
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13010 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.180, 150.180, 290.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 2 - 505 / Label seq-ID: 2 - 505

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and (resseq 2:505 )AA
2chain B and (resseq 2:505 )BB

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要素

#1: タンパク質 Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase


分子量: 56046.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: aarC / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: B3EY95, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M sodium chloride, 25 mM 2-mercaptoethanol, and 2 mM CoA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 46836 / Num. obs: 46836 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Χ2: 1.596 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
2.8-2.8512.50.7183.921730.7181.04692.2
2.85-2.9140.5865.121910.5861.08493.2
2.9-2.9615.30.5665.522490.5661.195.1
2.96-3.0216.90.5146.722710.5141.06995.7
3.02-3.0817.60.4757.722460.4751.09695.5
3.08-3.1517.80.3929.222540.3921.0995.5
3.15-3.2317.90.29812.722750.2981.21295.8
3.23-3.3217.90.25415.522470.2541.23494.7
3.32-3.4217.90.2261822830.2261.32894.5
3.42-3.5317.70.19122.922610.1911.59196.4
3.53-3.6517.60.1622722900.1621.67795.4
3.65-3.817.50.1363323330.1361.86197.7
3.8-3.9717.30.11937.123950.1191.93399.2
3.97-4.1817.60.09845.124090.0981.88599.9
4.18-4.4418.30.0815923960.0812.084100
4.44-4.7919.10.07865.424280.0782.235100
4.79-5.2720.50.0766924490.0762.302100
5.27-6.0322.10.07171.624740.0711.865100
6.03-7.5922.90.05286.225130.0521.624100
7.59-5020.50.036101.526990.0361.68399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.3_473精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.802→41.541 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2231 2273 5.06 %RANDOM
Rwork0.1779 ---
obs0.1801 44896 92.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.666 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.43 Å2 / Biso mean: 49.7383 Å2 / Biso min: 17.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1712 Å20 Å2-0 Å2
2--2.1712 Å20 Å2
3----4.3423 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→41.541 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7684 0 200 295 8179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20110866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6063034
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3842X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
12B3842X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.802-2.90210.35922010.286636223823382381
2.9021-3.01830.31352140.251239314145414587
3.0183-3.15560.31792110.255340234234423489
3.1556-3.32190.30862210.227140984319431991
3.3219-3.530.23992200.200141564376437692
3.53-3.80230.21542300.173242714501450194
3.8023-4.18470.20612370.157544864723472398
4.1847-4.78940.17422410.132645734814481499
4.7894-6.03120.19242470.1533466149084908100
6.0312-41.54560.1832510.160148025053505397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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