PDB-4esy: Crystal Structure of the CBS Domain of CBS Domain Containing Memb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4esy

タイトル

Crystal Structure of the CBS Domain of CBS Domain Containing Membrane Protein from Sphaerobacter thermophilus

要素

(CBS domain containing membrane protein) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Structural Genomics / PSI-BIOLOGY / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / CBS domainmembrane / membrane bound

機能・相同性

機能・相同性情報

Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.011 Å

データ登録者

Kim, Y. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the CBS Domain of CBS Domain Containing Membrane Protein from Sphaerobacter thermophilus
著者: Kim, Y. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2012年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4esy.cif.gz	146.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4esy.ent.gz	123.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4esy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6qva-d 5js7-d 6qv7-d 1kzu-d 2zwi-2 6o12-d 5a3l-2 6ne6-d 5qtb-d 3e0s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100706

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CBS domain containing membrane protein

B: CBS domain containing membrane protein

ヘテロ分子

38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.090, 74.118, 50.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CBS domain containing membrane protein 分子量: 18856.166 Da / 分子数: 1 / 断片: The C-terminal CBS domain (UNP residues 296-465) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア) 株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_3453 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: D1CAK9
#2: タンパク質	CBS domain containing membrane protein 分子量: 18872.166 Da / 分子数: 1 / 断片: The C-terminal CBS domain (UNP residues 296-465) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア) 株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_3453 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: D1CAK9
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M MES pH 7.5, 10 %(w/v) PEG 8000, 8 %(v/v) Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 24825 / Num. obs: 24825 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.08 Å² / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1128 / R_sym value: 0.709 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_920)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.011→38.845 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	1968	8.63 %	random
R_work	0.18	-	-	-
all	0.184	22792	-	-
obs	0.184	22792	91.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.898 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.116 Å²	-0 Å²	0.9729 Å²
2-	-	-2.4616 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.3456 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.011→38.845 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2523	0	11	191	2725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2732
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.419	3735
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.055	1058
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.0111-2.0614	0.2953	70	0.2177	753	823	46
2.0614-2.1172	0.2698	99	0.2204	1059	1158	66
2.1172-2.1795	0.2656	127	0.2046	1313	1440	81
2.1795-2.2498	0.2628	141	0.2014	1475	1616	90
2.2498-2.3302	0.26	149	0.1816	1575	1724	97
2.3302-2.4235	0.2275	156	0.1885	1603	1759	98
2.4235-2.5338	0.2188	148	0.19	1594	1742	99
2.5338-2.6673	0.2308	151	0.185	1605	1756	99
2.6673-2.8344	0.2591	154	0.1955	1643	1797	100
2.8344-3.0532	0.2477	155	0.2075	1595	1750	100
3.0532-3.3603	0.2188	154	0.1826	1643	1797	100
3.3603-3.8461	0.2328	154	0.1726	1640	1794	100
3.8461-4.8442	0.2002	154	0.1482	1649	1803	100
4.8442-38.8521	0.1932	156	0.1728	1677	1833	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4301	-2.2028	0.5919	1.4822	1.1932	5.8165	-0.0011	0.9014	0.4734	-0.6291	0.1948	-0.4266	-0.9399	0.3753	-0.6097	0.653	-0.2002	0.118	0.4111	-0.1018	0.0605	26.0567	44.5992	20.505
2	3.8828	-0.5862	-4.5109	0.2778	0.2368	7.716	-0.0051	-0.3204	0.0788	-0.1821	0.1534	0.0206	0.0635	0.5446	-0.1668	0.2637	-0.0283	0.0244	0.2275	-0.0265	0.2914	13.2209	36.9257	47.1671
3	6.1552	2.0607	-3.3633	5.2844	-0.3053	6.532	-0.0266	0.2436	0.8929	0.0476	0.3019	-0.2487	-0.236	-0.0177	-0.2947	0.2201	0.0579	-0.0522	0.1966	-0.0532	0.3352	6.9086	46.4211	58.9781
4	1.6739	-1.2431	0.2643	5.6812	0.7611	1.8647	-0.1073	-0.0995	0.0187	0.3244	0.0854	0.1927	-0.1416	-0.202	0.0244	0.1786	-0.0147	0.0025	0.2145	0.023	0.1997	-0.2811	48.7226	56.4131
5	6.3793	-2.759	-4.9317	1.2275	2.1721	5.7754	-0.2502	0.9488	-0.8283	-0.3816	-0.2273	0.5365	0.1752	-0.8028	0.2531	0.4031	-0.0668	-0.017	0.3687	-0.055	0.2938	6.5923	34.4472	39.771
6	4.0887	-1.8571	-3.0383	8.4176	1.3098	5.4796	0.1936	0.6629	0.5119	-0.5371	0.4024	0.7407	-0.2188	-1.4588	-0.4173	0.4303	-0.0894	-0.0483	0.5869	0.1261	0.2726	8.7702	39.2779	30.4566
7	4.2977	2.5108	-2.0798	5.8826	-2.8855	6.6234	-0.0317	0.3422	0.1171	0.0054	0.2992	0.4304	-0.105	-0.5777	-0.298	0.203	0.0027	0.0218	0.2306	-0.0122	0.1358	11.9166	41.3012	38.2261
8	5.1842	-2.1569	-0.3581	0.9543	0.8319	8.1507	-0.0009	0.3198	-0.6126	-0.0292	0.343	0.5574	0.6444	-1.2241	-0.1926	0.1057	0.0295	-0.0695	0.4307	0.1659	0.5769	-13.4941	59.665	54.0749
9	8.4253	-0.2276	-3.3005	0.1419	0.3605	2.4317	-0.1053	-0.8162	-0.0508	-0.0756	0.0888	0.1638	-0.0181	0.3223	-0.0205	0.2266	0.0002	0.0375	0.2569	0.0207	0.228	14.9933	67.375	45.6448
10	3.4966	-0.5724	-0.2255	5.1954	0.0192	2.3083	-0.2307	0.0171	-0.3045	0.6217	0.3048	-0.1058	0.2824	-0.0586	-0.0952	0.2826	0.0197	-0.0189	0.2037	-0.0159	0.1293	24.5057	63.5734	40.5024
11	1.8315	-1.7356	-0.2705	8.946	1.8748	1.1781	0.2094	0.3788	-0.1074	-0.2872	-0.4062	0.3793	0.0952	-0.4203	0.0645	0.1995	-0.0247	-0.0124	0.2218	0.0237	0.1113	19.0696	59.5981	32.868
12	2.0924	-0.7732	0.2284	6.7253	-0.0951	1.4583	0.0462	0.1216	-0.1182	-0.2135	0.1259	-0.7327	0.1718	0.2188	-0.1503	0.2761	0.0014	0.0235	0.2752	-0.04	0.2486	30.4661	49.9245	31.9924
13	5.4815	-1.3487	-4.5372	0.708	1.9461	5.621	0.6874	0.8288	0.3717	-0.5915	-0.2107	0.1978	-0.9104	-0.6746	-0.2427	0.329	0.0573	-0.0351	0.3262	0.0619	0.3648	9.1136	69.7243	37.2042
14	6.0919	-1.488	-3.8239	7.1853	2.316	3.4798	-0.2287	1.4021	-0.5865	-0.7408	0.1986	0.8158	0.3055	-0.3342	0.0796	0.2563	-0.0227	-0.0505	0.6404	0.0847	0.3572	-0.8566	64.9242	38.7803
15	6.7811	3.9837	-1.1619	7.0613	-1.5906	4.1981	-0.3004	0.5806	0.0078	-0.6824	0.2605	0.0336	-0.0386	-0.1453	0.0559	0.1878	0.0176	0.0101	0.23	0.0166	0.1797	6.3478	63.0369	42.9922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 296:311)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 312:331)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 332:342)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 343:405)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 406:418)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 419:429)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 430:458)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 296:311)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 312:331)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 332:355)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 356:368)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 369:405)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 406:418)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 419:429)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 430:458)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)