PDB-4esf: Crystal structure of PadR-like transcriptional regulator (BCE3449...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4esf

タイトル

Crystal structure of PadR-like transcriptional regulator (BCE3449) from Bacillus cereus strain ATCC 10987

要素

PadR-like transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / PadR family / transcriptional regulator / DNA binding protein / winged-HTH fold

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Fibriansah, G. / Kovacs, A.T. / Kuipers, O.P. / Thunnissen, A.M.W.H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Two Transcriptional Regulators from Bacillus cereus Define the Conserved Structural Features of a PadR Subfamily.
著者: Fibriansah, G. / Kovacs, A.T. / Pool, T.J. / Boonstra, M. / Kuipers, O.P. / Thunnissen, A.M.

履歴

登録	2012年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4esf.cif.gz	55.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4esf.ent.gz	40.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4esf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4esf_validation.pdf.gz	409.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4esf_full_validation.pdf.gz	410.4 KB	表示
XML形式データ	4esf_validation.xml.gz	5.8 KB	表示
CIF形式データ	4esf_validation.cif.gz	6.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4esbC 3hhhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e8t-d 2rfa-d 5j7c-1 4qrm-6 5fid-d 7csz-d 3vww-d 3e8w-d 4gba-2 4p29-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PadR-like transcriptional regulator

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PadR-like transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.945, 43.945, 120.074
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	PadR-like transcriptional regulator 分子量: 13761.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_3449 / プラスミド: pNSC8048 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): subsp. cremoris NZ9000 / 参照: UniProt: Q734F6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M imidazole, 9% (w/v) PEG 8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日 / 詳細: Toroidal mirror

放射

モノクロメーター: Diamond (111) and Ge (220) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→43.94 Å / Num. obs: 6500 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 27.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.32	7.1	0.511	3.3	884	1	98.1
2.32-2.46	8.1	0.27	6.3	859	1	100
2.46-2.63	8.1	0.186	9.3	815	1	100
2.63-2.84	8	0.121	14.1	770	1	100
2.84-3.11	8	0.067	24.3	725	1	100
3.11-3.48	7.9	0.041	37.6	650	1	100
3.48-4.02	7.7	0.029	54.4	591	1	100
4.02-4.92	7.6	0.022	69.6	509	1	100
4.92-6.96	7.1	0.023	65.6	408	1	100
6.96-43.94	5.9	0.024	67.6	257	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3hhh

3hhh

解像度: 2.2→41.268 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	631	9.81 %
R_work	0.2176	-	-
obs	0.2233	6431	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.418 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.7843 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.7843 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.5686 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.268 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	825	0	0	10	835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	838
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01	1123
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.088	322
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	127
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	137

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.3703	0.3929	117	0.2531	1093	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3703-2.6088	0.3418	130	0.2404	1129	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6088-2.9862	0.3065	127	0.237	1141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9862-3.7619	0.2762	134	0.2096	1163	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7619-41.2753	0.2452	123	0.2095	1274	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8414	-1.4427	-1.1599	4.2877	1.7684	9.1348	0.2651	0.5337	-0.4169	-0.185	-0.1418	0.518	-0.0452	-0.8739	-0.1333	0.3919	-0.0755	-0.0511	0.3799	0.0939	0.3297	-1.1006	19.0679	-9.0211
2	1.5964	0.5844	2.0688	2.4167	-1.6199	2.5483	0.3312	-0.7374	0.591	0.1005	-0.0389	-0.5913	-0.0797	-0.1427	-0.2818	0.5214	-0.0743	-0.0048	0.2964	-0.0205	0.33	10.7319	19.9321	4.6297

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 3:77)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 78:107)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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