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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4esa | ||||||
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タイトル | X-ray structure of carbonmonoxy hemoglobin of Eleginops maclovinus | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN TRANSPORT / haemoglobin / ligand-binding properties / Root effect / quaternary structure / structure/function relationship / oxygen transporter / O2 / blood | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Eleginops maclovinus (ロバロ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Merlino, A. / Vitagliano, L. / Mazzarella, L. / Vergara, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2012 タイトル: ATP regulation of the ligand-binding properties in temperate and cold-adapted haemoglobins. X-ray structure and ligand-binding kinetics in the sub-Antarctic fish Eleginops maclovinus. 著者: Coppola, D. / Abbruzzetti, S. / Nicoletti, F. / Merlino, A. / Gambacurta, A. / Giordano, D. / Howes, B.D. / De Sanctis, G. / Vitagliano, L. / Bruno, S. / di Prisco, G. / Mazzarella, L. / ...著者: Coppola, D. / Abbruzzetti, S. / Nicoletti, F. / Merlino, A. / Gambacurta, A. / Giordano, D. / Howes, B.D. / De Sanctis, G. / Vitagliano, L. / Bruno, S. / di Prisco, G. / Mazzarella, L. / Smulevich, G. / Coletta, M. / Viappiani, C. / Vergara, A. / Verde, C. #1: ジャーナル: Biopolymers / 年: 2009 タイトル: Combined crystallographic and spectroscopic analysis of Trematomus bernacchii hemoglobin highlights analogies and differences in the peculiar oxidation pathway of Antarctic fish hemoglobins. 著者: Merlino, A. / Vitagliano, L. / Howes, B.D. / Verde, C. / di Prisco, G. / Smulevich, G. / Sica, F. / Vergara, A. #2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008 タイトル: Spectroscopic and crystallographic characterization of a tetrameric hemoglobin oxidation reveals structural features of the functional intermediate relaxed/tense state. 著者: Vitagliano, L. / Vergara, A. / Bonomi, G. / Merlino, A. / Verde, C. / di Prisco, G. / Howes, B.D. / Smulevich, G. / Mazzarella, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4esa.cif.gz | 138.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4esa.ent.gz | 107.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4esa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4esa_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4esa_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4esa_validation.xml.gz | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4esa_validation.cif.gz | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3gkvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 15686.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Eleginops maclovinus (ロバロ) / 参照: UniProt: K7N5M5*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 16153.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Eleginops maclovinus (ロバロ) / 参照: UniProt: K7N5M6*PLUS |
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-非ポリマー , 4種, 417分子
#3: 化合物 | ChemComp-CMO / #4: 化合物 | ChemComp-HEM / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 8 詳細: 10 ml protein solution at 20 mg/ml 1 in 100 mM Tris HCl buffer and 2 mM sodium dithionite was dialyzed against a 25 ml reservoir containing 2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, 2 mM sodium ...詳細: 10 ml protein solution at 20 mg/ml 1 in 100 mM Tris HCl buffer and 2 mM sodium dithionite was dialyzed against a 25 ml reservoir containing 2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, 2 mM sodium dithionite, pH 8.0, MICRODIALYSIS, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 109738 / Num. obs: 109671 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 37.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 90.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3gkv 解像度: 1.45→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: THE AUTHORS USED ALL REFLECTIONS FOR THE LAST REFINEMENT. THE RFREE SET HAS BEEN REINTRODUCED FOR DEPOSITION PURPOSES. | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→50 Å
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拘束条件 |
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