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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4es5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the cap-binding domain of polymerase basic protein 2 from influenza virus A/Bar-headed Gs/Qinghai/15c/2005 (h5n1) with bound m7GTP | ||||||
![]() | Polymerase basic subunit 2 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / cap-binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() virion component => GO:0044423 / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Meng, G. / Liu, Y. / Zheng, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional characterization of K339T substitution identified in the PB2 subunit cap-binding pocket of influenza A virus 著者: Liu, Y. / Qin, K. / Meng, G. / Zhang, J. / Zhou, J. / Zhao, G. / Luo, M. / Zheng, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 293.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 238.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19174.193 Da / 分子数: 4 / 断片: CAP-BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 317-482 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 05(H5N1) / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MGT / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Ammonium sulfate, 0.01M Magnesium chloride, 0.05M MES pH5.6, 22% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→14.91 Å / Num. all: 63747 / Num. obs: 63747 / % possible obs: 99.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2VQZ 解像度: 1.8→14.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 6.609 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.436 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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