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- PDB-4eru: Crystal Structure of Putative Cytoplasmic Protein, YciF Bacterial... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eru
タイトルCrystal Structure of Putative Cytoplasmic Protein, YciF Bacterial Stress Response Protein from Salmonella enterica
要素YciF Bacterial Stress Response Protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP / helix-bundle / ferritin-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Protein of unknown function DUF892, YciF-like / Domain of unknown function (DUF892) / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / Putative cytoplasmic protein / Putative cytoplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kim, Y. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Cytoplasmic Protein, YciF Bacterial Stress Response Protein from Salmonella enterica
著者: Kim, Y. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YciF Bacterial Stress Response Protein
B: YciF Bacterial Stress Response Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5488
ポリマ－38,1822
非ポリマー3656
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.138, 107.138, 59.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 YciF Bacterial Stress Response Protein


分子量: 19091.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: 14028S / 遺伝子: yciF, STM14_2092 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: D0ZIZ7, UniProt: A0A0F6B221*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis Tris Propane pH 7.0, 2.4 M D/L Malic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月5日 / 詳細: mittors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 23043 / Num. obs: 23043 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 39.56 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1152 / Rsym value: 0.634 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_920)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→36.686 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.81 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1182 5.14 %random
Rwork0.173 ---
all0.175 22997 --
obs0.175 22997 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.545 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.0748 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.0748 Å20 Å2
3----14.1495 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2473 0 22 120 2615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3713661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8751059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006488
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.1004-2.1960.2581610.211427022863
2.196-2.31170.26031390.187426952834
2.3117-2.45650.21541520.182927102862
2.4565-2.64620.22381410.172527082849
2.6462-2.91230.25461700.192127082878
2.9123-3.33350.24821470.178327352882
3.3335-4.19890.19931360.157427542890
4.1989-36.69160.20451360.168628032939
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.44972.02281.08882.50781.4364.6110.0371-0.45470.5610.0437-0.31820.3683-0.4922-0.29870.17790.3962-0.0084-0.00390.4476-0.02770.3966-28.704666.8034.3152
22.93790.99181.02852.5413-0.22524.44520.0603-0.15660.04250.0831-0.19470.0521-0.0449-0.45570.10210.348-0.00830.01640.4665-0.02830.4382-31.403658.9471-2.6501
31.92421.19260.59941.91-0.03755.33850.0142-0.1757-0.12020.1884-0.2033-0.11180.05140.11240.06490.31620.0046-0.00080.37190.01410.3817-22.185262.3523-4.3252
42.11170.03430.09582.94470.61415.74110.1031-0.202-0.33930.1754-0.1379-0.40660.70980.42270.05780.38370.0029-0.01780.4210.0910.5159-18.983555.0132-1.776
50.8631.41851.08494.37912.03844.0097-0.1323-0.08250.3009-0.4659-0.27460.5684-0.3302-0.58490.27190.42420.0221-0.03260.4368-0.01460.4007-22.55673.9775-18.3421
62.50961.0106-0.02763.19421.50443.6621-0.1292-0.05380.067-0.1814-0.03620.0614-0.4413-0.17250.16370.4810.0008-0.05250.38490.03820.4697-15.879578.4694-11.6571
71.21410.90790.33842.77880.99644.2307-0.0057-0.1622-0.08720.0323-0.2133-0.1242-0.00460.02470.07770.2887-0.017-0.01520.38720.01530.3887-16.720669.3191-8.4977
82.04851.37511.01463.23810.61025.49930.0519-0.1162-0.37460.03110.0265-0.6892-0.09710.59130.02740.37780.0205-0.00250.45640.02410.5474-8.657467.58-11.2053
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:34)A0 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 35:95)A35 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 96:127)A96 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 128:158)A128 - 158
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 1:34)B1 - 34
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 35:95)B35 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 96:127)B96 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 128:158)B128 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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