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万見
- PDB-4err: 1.55 Angstrom Crystal Structure of the Four Helical Bundle Membra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4err
タイトル1.55 Angstrom Crystal Structure of the Four Helical Bundle Membrane Localization Domain (4HBM) of the Vibrio vulnificus MARTX Effector Domain DUF5
要素Autotransporter adhesin
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / four helical bundle membrane localization domain
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / peptidase activity / transferase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / : / RtxA repeat / Pasteurella multocida toxin, C2 domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1190 / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain ...: / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / : / RtxA repeat / Pasteurella multocida toxin, C2 domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1190 / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / Serine aminopeptidase, S33 / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serine aminopeptidase, S33 / Peptidase C80 family / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Autotransporter adhesin / Autotransporter adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Geissler, B. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Satchell, K.J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.55 Angstrom Crystal Structure of the Four Helical Bundle Membrane Localization Domain (4HBM) of the Vibrio vulnificus MARTX Effector Domain DUF5.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Geissler, B. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Satchell, K.J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autotransporter adhesin
B: Autotransporter adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5346
ポリマ－20,3032
非ポリマー2314
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.896, 49.874, 72.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Autotransporter adhesin


分子量: 10151.451 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector Domain DUF5 (UNP residues 3591-3669) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: VV2_0479 / プラスミド: pYCpet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8D6P9, UniProt: A0A3Q0KY79*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 13mG/mL, 0.1M Sodium chloride, TRIS-HCl pH 7.0, 6.9 mM Phosphatidylserine (PS); Screen: JCSG+ (G10), 0.15M Potassium bromide, 30% w/v PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月20日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. all: 24039 / Num. obs: 24039 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1175 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EBF

2ebf


解像度: 1.55→29.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.576 / SU ML: 0.059
Isotropic thermal model: Thermal Factors Anisotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 1223 5.1 %RANDOM
Rwork0.16717 ---
all0.16983 22766 --
obs0.16983 22766 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.373 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å2-0 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1285 0 4 239 1528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.9682098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85232651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6715211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.11426.43873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2615310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.595156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.971.5963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8281.5386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.26821573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.423575
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5324.5525
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.06312603
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 75 -
Rwork0.297 1607 -
obs-1607 96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93670.1398-0.75130.19170.1991.0218-0.04930.3136-0.0751-0.02010.04020.0058-0.0039-0.12770.00920.021-0.0110.00640.0868-0.01170.030319.346130.775425.3372
20.5429-0.0219-0.38010.0825-0.11890.69480.020.03590.02410.0070.00970.007-0.0152-0.0376-0.02980.0208-0.0010.00180.0425-0.00010.030115.866133.166535.3124
30.02490.03-0.13440.0725-0.0411.21420.0206-0.00320.00680.0205-0.0070.0157-0.0706-0.0022-0.01360.0358-0.00320.00320.0392-0.0010.033414.797733.727859.8278
40.16310.1175-0.41340.1421-0.16051.3848-0.0045-0.00180.0022-0.0003-0.00350.00460.0374-0.00830.00790.0237-0.0018-0.00290.0413-0.00080.032414.095424.81163.3124
50.97440.58850.18650.36630.19230.6985-0.03180.1192-0.1815-0.02440.0866-0.1128-0.01480.0479-0.05480.02-0.0070.00980.0558-0.02370.061921.147822.916432.2725
61.23490.7123-1.08310.4625-0.63890.9540.2092-0.3280.06390.0729-0.15040.0558-0.1680.2784-0.05880.079-0.0772-0.00510.1368-0.01450.030725.625431.821165.6468
71.7910.2357-1.34350.107-0.38431.57570.1434-0.1730.14540.0329-0.0370.0203-0.14980.1806-0.10650.0503-0.02930.00870.0612-0.01330.045528.884434.2155.5102
80.56330.0479-0.13930.0348-0.15450.7546-0.00550.021-0.02360.00610.0004-0.0078-0.01790.03270.00510.0236-0.00430.00160.04120.00040.033929.992932.969931.3467
90.515-0.2007-0.67830.22980.1371.7761-0.08240.0871-0.09550.0149-0.06620.00690.1126-0.06020.14870.0195-0.00560.010.0486-0.01120.051330.867823.976928.5455
102.2294-0.1723-0.68940.01370.00557.2676-0.0055-0.204-0.1863-0.00250.01640.01530.27510.0318-0.01090.0229-0.0084-0.00510.04920.01150.050323.724523.562759.9677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3590 - 3595
2X-RAY DIFFRACTION2A3596 - 3606
3X-RAY DIFFRACTION3A3607 - 3627
4X-RAY DIFFRACTION4A3628 - 3650
5X-RAY DIFFRACTION5A3651 - 3671
6X-RAY DIFFRACTION6B3590 - 3595
7X-RAY DIFFRACTION7B3596 - 3606
8X-RAY DIFFRACTION8B3607 - 3627
9X-RAY DIFFRACTION9B3628 - 3650
10X-RAY DIFFRACTION10B3651 - 3672

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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