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- PDB-4erl: Crystal structure of the lysine riboswitch bound to a lysine-glyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4erl
タイトルCrystal structure of the lysine riboswitch bound to a lysine-glycine dipeptide
要素Lysine riboswitch RNA
キーワードTRANSCRIPTION / Riboswitch aptamer domain / regulatory mRNA
機能・相同性GLYCINE / LYSINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Thermotoga Maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Garst, A.D. / Porter, E. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Insights into the regulatory landscape of the lysine riboswitch.
著者: Garst, A.D. / Porter, E.B. / Batey, R.T.
履歴
登録2012年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine riboswitch RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6883
ポリマ－52,4651
非ポリマー2222
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.878, 119.878, 58.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: RNA鎖 Lysine riboswitch RNA


分子量: 52465.289 Da / 分子数: 1 / 断片: Lysine riboswitch aptamer domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga Maritima (バクテリア)
遺伝子: asd
#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.52 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 mM Na-HEPES pH 7.0, 2 M Li2SO4, and 5 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.62 Å / Num. all: 18847 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1.97 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.92 % / Biso Wilson estimate: 47.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1853 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D0U)

3d0u


解像度: 3→19.62 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 965 5.16 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1974 18687 99.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 11.901 Å2 / ksol: 0.254 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5935 Å20 Å20 Å2
2--2.5935 Å2-0 Å2
3---10.4317 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3479 14 10 3503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9336101
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8481941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.15820.37251360.31912537X-RAY DIFFRACTION98
3.1582-3.35510.2911180.26342508X-RAY DIFFRACTION99
3.3551-3.61270.30931590.2332532X-RAY DIFFRACTION99
3.6127-3.97350.26021300.20792517X-RAY DIFFRACTION99
3.9735-4.54230.22281290.17422564X-RAY DIFFRACTION100
4.5423-5.69940.18991580.15762512X-RAY DIFFRACTION100
5.6994-19.62010.16431350.14052552X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.1393 Å / Origin y: 45.4269 Å / Origin z: 1264.8736 Å
111213212223313233
T0.0362 Å2-0.0029 Å2-0.1095 Å2-0.0814 Å20.0996 Å2--0.073 Å2
L0.545 °2-0.1584 °20.2187 °2-0.2064 °2-0.1208 °2--0.3659 °2
S0.0491 Å °-0.044 Å °-0.0035 Å °0.0085 Å °0.0701 Å °0.0342 Å °-0.0629 Å °0.1073 Å °0.0133 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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