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- PDB-4eqq: Structure of Ltp, a superinfection exclusion protein from the Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eqq
タイトルStructure of Ltp, a superinfection exclusion protein from the Streptococcus thermophilus temperate phage TP-J34
要素Putative host cell surface-exposed lipoprotein
キーワードPROTEIN BINDING / HTH fold / superinfection exclusion / lipoprotein ektodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative host cell surface-exposed lipoprotein Ltp-like, HTH region / Host cell surface-exposed lipoprotein / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Putative host cell surface-exposed lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus phage TP-J34 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Bebeacua, C. / Lorenzo, C. / Blangy, S. / Spinelli, S. / Heller, K. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: X-ray structure of a superinfection exclusion lipoprotein from phage TP-J34 and identification of the tape measure protein as its target.
著者: Bebeacua, C. / Lorenzo Fajardo, J.C. / Blangy, S. / Spinelli, S. / Bollmann, S. / Neve, H. / Cambillau, C. / Heller, K.J.
履歴
登録2012年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative host cell surface-exposed lipoprotein
B: Putative host cell surface-exposed lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,28314
ポリマ－24,1372
非ポリマー1,14612
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.770, 82.770, 100.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Putative host cell surface-exposed lipoprotein


分子量: 12068.291 Da / 分子数: 2
断片: Ltp from the Streptococcus thermophilus temperate phage TP-J34, ektodomain (unp residues 44-142)
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST cleaved, leaving a 8 residues cloning artefact
由来: (組換発現) Streptococcus phage TP-J34 (ファージ)
遺伝子: Ltp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O48388
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: The perecipitant liquor contained Ammonium sulfate 1.50M in tri-Sodium citrate 00.15M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月3日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 22479 / Num. obs: 22479 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 33.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1635 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→22.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9592 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9538 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1787 1122 5 %RANDOM
Rwork0.1628 ---
all0.1636 22457 --
obs0.1636 22457 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.316 Å20 Å20 Å2
2--1.316 Å20 Å2
3----2.632 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.199 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→22.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1605 0 60 321 1986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091679HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.942265HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0592SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes055HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0227HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it01679HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.2
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0210SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact02255SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 146 4.98 %
Rwork0.1805 2786 -
all0.1817 2932 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14150.00010.02640.064-0.06250.11470-0.001-0.00170.0005-0.0010.00260.0016-0.00250.00110.03610.0003-0.01160.02120.00370.028610.222863.02546.8339
200.1823-0.04710.00980.02510.0732-0.00020.0070.00510.0009-0.0033-0.0040.0036-0.00040.00350.017-0.0502-0.0112-0.00160.0016-0.020515.564155.27777.6427
300.0457-0.00550.04890.18220.03490.0001-0.0007-0.0027-0.0018-0.00040.0018-0.0032-0.00070.00030.003-0.0043-0.0085-0.0013-0.04660.00048.087742.053110.482
40.05940.2187-0.04780.135-0.08870.0598-0.00370.00130.00090.015-0.0014-0.0133-0.01770.01220.00510.0692-0.0296-0.0293-0.043-0.0024-0.028613.308849.032416.6696
50.08920.01240.03720.0134-0.21150.01370.00040.0083-0.0026-0.0042-0.00180.0024-0.0135-0.00780.0014-0.01280.02980.00450.02240.0014-0.0101-1.359939.217.1149
60.0002-0.04210.06450.02360.02720.04590.0012-0.0048-0.00820.00650.00440.0088-0.0015-0.0079-0.00570.00880.0210.02990.0005-0.003-0.0144-2.817731.958626.0988
70.0855-0.1233-0.13270.12970.21890.03360.00060.0029-0.01210.0151-0.00090.0088-0.0194-0.01910.00030.01350.05080.0304-0.0015-0.0224-0.0159-3.132640.679824.2888
800.0360.01810.00440.05880.0013-0.00020-0.0034-0.0017-0.00020.00020.0046-0.00260.0004-0.00280.0203-0.01-0.0039-0.02170.0025-0.122514.27120.7851
90.03140.064-0.02670.0001-0.03540.00660.00080.0013-0.0015-0.0023-0.00010.0009-0.00050.0026-0.0007-0.00670.02190.00150.00640.00810.00056.578926.84218.2555
100.170.10750.27380.0669-0.00310.07660.0040.0131-0.01180.01460.01250.00050.0191-0.0092-0.01640.0135-0.00830.0011-0.0417-0.00440.02140.573418.79711.9386
110.2864-0.1068-0.04850.03660.17340.00920.0010.0155-0.0089-0.00080.0019-0.0018-0.0010.0015-0.003-0.01720.03830.01680.0033-0.01140.012415.128427.58815.8637
120.0157-0.277-0.07040.05680.18390.1850.0007-0.0055-0.0016-0.00140.0037-0.0098-0.00450.0037-0.00450.00520.0455-0.0089-0.01420.01420.007516.087532.542926.4143
130.1011-0.0363-0.13270.2189-0.02730.00560.0012-0.0091-0.0020.00340.0074-0.00850.00880.0004-0.00850.01020.0327-0.0057-0.0277-0.00820.015316.506524.301122.5102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|41 - A|45 }A41 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|46 - A|54 }A46 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|55 - A|66 }A55 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|67 - A|93 }A67 - 93
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|94 - A|109 }A94 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|110 - A|123 }A110 - 123
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|124 - A|142 }A124 - 142
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|45 - B|54 }B45 - 54
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|55 - B|66 }B55 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|67 - B|93 }B67 - 93
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|94 - B|109 }B94 - 109
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|110 - B|123 }B110 - 123
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|124 - B|142 }B124 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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