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- PDB-4eq8: Crystal structure of PA1844 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eq8
タイトルCrystal structure of PA1844 from Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Effector PROTEIN / TYPE VI SECRETION / T6S / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan amidase Tse1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.392 Å
データ登録者Shang, G. / Li, N. / Zhang, J. / Lu, D. / Yu, Q. / Zhao, Y. / Liu, X. / Xu, S. / Gu, L.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Structural insight into how Pseudomonas aeruginosa peptidoglycanhydrolase Tse1 and its immunity protein Tsi1 function.
著者: Shang, G. / Liu, X. / Lu, D. / Zhang, J. / Li, N. / Zhu, C. / Liu, S. / Yu, Q. / Zhao, Y. / Zhang, H. / Hu, J. / Cang, H. / Xu, S. / Gu, L.
履歴
登録2012年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9023
ポリマ－17,7171
非ポリマー1842
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.130, 61.028, 64.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / PA1844 protein


分子量: 17717.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1844 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I2Q1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月14日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→50 Å / Num. all: 29529 / Num. obs: 29529 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2801 / Rsym value: 0.584 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.392→31.72 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 0.18 / σ(I): 0 / 位相誤差: 14.39 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1738 2007 6.9 %RANDOM
Rwork0.1611 ---
all0.1619 29529 --
obs0.1619 29080 97.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.037 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8255 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.3937 Å2-0 Å2
3----2.4318 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.392→31.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1189 0 12 203 1404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9941777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.942494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3918-1.42660.21631390.2095183393
1.4266-1.46520.18831370.19182295
1.4652-1.50830.19481370.1659184195
1.5083-1.5570.17321370.1501189495
1.557-1.61260.1821310.1492190396
1.6126-1.67720.18391430.1452187497
1.6772-1.75350.16741470.1447191597
1.7535-1.8460.16411430.1486195098
1.846-1.96160.1831410.1528195598
1.9616-2.1130.16511500.1523193599
2.113-2.32560.17721420.153199199
2.3256-2.6620.17861540.1698200399
2.662-3.35320.17981480.16162020100
3.3532-31.72870.16011580.1692137100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.2092 Å / Origin y: 30.4898 Å / Origin z: 31.4178 Å
111213212223313233
T0.0321 Å20.0004 Å20.0074 Å2-0.0331 Å20.0014 Å2--0.044 Å2
L0.9441 °20.0685 °20.1679 °2-0.9951 °20.3082 °2--1.9637 °2
S-0.0362 Å °-0.0002 Å °0.0272 Å °-0.0106 Å °0.0181 Å °0.019 Å °-0.1016 Å °-0.0379 Å °0.0151 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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