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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eq8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PA1844 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Effector PROTEIN / TYPE VI SECRETION / T6S / TOXIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shang, G. / Li, N. / Zhang, J. / Lu, D. / Yu, Q. / Zhao, Y. / Liu, X. / Xu, S. / Gu, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into how Pseudomonas aeruginosa peptidoglycanhydrolase Tse1 and its immunity protein Tsi1 function. 著者: Shang, G. / Liu, X. / Lu, D. / Zhang, J. / Li, N. / Zhu, C. / Liu, S. / Yu, Q. / Zhao, Y. / Zhang, H. / Hu, J. / Cang, H. / Xu, S. / Gu, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17717.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月14日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→50 Å / Num. all: 29529 / Num. obs: 29529 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 31.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2801 / Rsym value: 0.584 / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.037 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.392→31.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 24.2092 Å / Origin y: 30.4898 Å / Origin z: 31.4178 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |