PDB-4eq3: Crystal Structure Analysis of Selenomethionine (Se-Met) Substitut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eq3

タイトル

Crystal Structure Analysis of Selenomethionine (Se-Met) Substituted Chicken Interferon Gamma Receptor Alpha Chain

要素

Interferon gamma receptor 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / INTERFERON GAMMA / BETA CHAIN / IG-LIKE STRUCTURE / LIGAND-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

cytokine receptor activity / cytokine binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Ping, Z. / Qi, J. / Lu, G. / Shi, Y. / Wang, X. / Gao, G.F. / Wang, M.

引用

ジャーナル: J.Interferon Cytokine Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the interferon gamma receptor alpha chain from chicken reveals an undetected extra helix compared with the human counterparts.
著者: Ping, Z. / Qi, J. / Sun, Y. / Lu, G. / Shi, Y. / Wang, X. / Gao, G.F. / Wang, M.

履歴

登録	2012年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月21日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eq3.cif.gz	97 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eq3.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eq3_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eq3_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	4eq3_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	4eq3_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eq2C 1fg9 1j7v 3dlq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eq2-d 3l1g-1 1tfh-1 5xaj-4 1bzq-3 5tck-d 5awu-d 5c9e-1 1tfh-2 4myp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Interferon gamma receptor 1

24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.608, 63.608, 215.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Interferon gamma receptor 1 分子量: 24833.285 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 25-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4XN22
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% (v/v) polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, 0.1M HEPES, 0.5M sodium carbonate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923, 0.9789, 0.9791, 0.9000

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月12日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97923	1
2	0.9789	1
3	0.9791	1
4	0.9	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 17153 / Num. obs: 17153 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 32.6 % / R_merge(I) obs: 0.067 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 59.328

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 35.8 % / R_merge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 18.095 / Num. unique all: 875 / R_sym value: 0.302 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.001→38.539 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.22 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2602	875	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2334	-	-	-
all	0.2347	17153	-	-
obs	0.2347	16638	93.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.155 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.4852 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.4852 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.9705 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→38.539 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1643	0	0	221	1864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1692
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.288	2299
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.332	603
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	295

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0012-2.1266	0.2741	132	0.2421	2548	90
2.1266-2.2907	0.2836	131	0.2609	2467	88
2.2907-2.5212	0.238	144	0.2559	2672	94
2.5212-2.8859	0.2909	154	0.2574	2761	96
2.8859-3.6355	0.2884	146	0.2228	2847	97
3.6355-38.5464	0.2275	168	0.2118	2983	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7216	-0.1725	0.1516	1.0024	-0.2499	1.541	-0.0081	-0.0036	0.0932	-0.139	-0.0864	0.0758	-0.218	-0.1245	0.0885	0.233	0.0791	-0.0664	0.1985	-0.0422	0.2039	-34.4519	22.1199	7.0915
2	0.8087	0.1063	0.9323	1.3465	-0.6869	1.5076	0.0508	-0.0563	-0.0933	-0.0213	-0.1275	-0.1599	0.1452	-0.1007	0.0633	0.2225	-0.0123	0.0027	0.1844	0.0221	0.1985	-23.5404	-7.412	20.7416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resseq 2:101)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resseq 102:207)

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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