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- PDB-4ep1: Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ep1
タイトルCrystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from Bacillus anthracis
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / trimer / ornithine carbamoyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Mikolajczak, K. / Stam, J. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of anabolic ornithine carbamoyltransferase from Bacillus anthracis
著者: Shabalin, I.G. / Mikolajczak, K. / Stam, J. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Minor, W.
履歴
登録2012年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase
B: Ornithine carbamoyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2412
ポリマ－76,2412
非ポリマー00
水00
1
A: Ornithine carbamoyltransferase

A: Ornithine carbamoyltransferase

A: Ornithine carbamoyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3613
ポリマ－114,3613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area4250 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area34320 Å2
手法PISA
2
B: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3613
ポリマ－114,3613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area4770 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area34220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.438, 182.438, 182.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 312 / Label seq-ID: 28 - 336

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Ornithine carbamoyltransferase / OTCase


分子量: 38120.352 Da / 分子数: 2 / 変異: K191R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: argF, BAS4036, BA_4351, GBAA_4351 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81M99, ornithine carbamoyltransferase

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Precipitant: 0.2M potassium sodium tartrate, 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 16913 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 87.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 3.25→3.31 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 793 / Rsym value: 0.931 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SwissModel-generated model

解像度: 3.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 36.408 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2091 856 5.1 %RANDOM
Rwork0.1704 ---
all0.1724 16102 --
obs0.1724 16002 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 186.26 Å2 / Biso mean: 84.0478 Å2 / Biso min: 48.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4591 0 0 0 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.024677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.9586344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12737453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9875588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.4625.459207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.53515799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.3491512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02866
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10485 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.07 / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 54 -
Rwork0.249 955 -
all-1009 -
obs-955 92.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2239-0.3615-0.36313.6439-1.14311.77220.15760.09410.14510.19-0.17930.1368-0.03610.09710.02170.1740.12930.00090.1317-0.0130.03544.843-21.81112.405
22.83441.10550.9974.46751.34081.71370.23630.1803-0.20840.2101-0.1743-0.23260.0161-0.0752-0.0620.20030.1456-0.060.1332-0.03390.02991.204-66.34210.249
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 312
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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