PDB-4eoy: Plasmodium falciparum Atg8 in complex with Plasmodium falciparum ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eoy

タイトル

Plasmodium falciparum Atg8 in complex with Plasmodium falciparum Atg3 peptide

要素

Autophagy-related protein 3
Microtubule-associated protein 1 light chain 3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Ubiquitin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

Macroautophagy / Atg8-family conjugating enzyme activity / apicoplast / glycophagy / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / phosphatidylethanolamine binding / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / autophagosome membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Hain, A.U.P. / Bosch, J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization and inhibition of the Plasmodium Atg8-Atg3 interaction.
著者: Hain, A.U. / Weltzer, R.R. / Hammond, H. / Jayabalasingham, B. / Dinglasan, R.R. / Graham, D.R. / Colquhoun, D.R. / Coppens, I. / Bosch, J.

履歴

登録	2012年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eoy.cif.gz	176.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eoy.ent.gz	142.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eoy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4eoy_validation.pdf.gz	479.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eoy_full_validation.pdf.gz	485.5 KB	表示
XML形式データ	4eoy_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	4eoy_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eoy	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3p3v-1 1ohu-1 3pfs-1 4bnc-d 4uon-2 1yzt-1 1elk-2 5ft2-d 1w94-2 5nff-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Microtubule-associated protein 1 light chain 3

B: Microtubule-associated protein 1 light chain 3

C: Microtubule-associated protein 1 light chain 3

D: Autophagy-related protein 3

E: Autophagy-related protein 3

F: Autophagy-related protein 3

ヘテロ分子

48.4 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Microtubule-associated protein 1 light chain 3

D: Autophagy-related protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Microtubule-associated protein 1 light chain 3

E: Autophagy-related protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Microtubule-associated protein 1 light chain 3

F: Autophagy-related protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	33.300, 111.080, 57.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999985, 0.002748, 0.004684), (0.002841, -0.47031, 0.882497), (0.004628, 0.882497, 0.470296)	8.62898, -41.51017, 25.63575
3	given	(-0.9999, -0.010841, -0.009058), (0.013418, -0.528177, -0.849028), (0.00442, -0.849065, 0.528269)	18.1398, 28.33306, 23.36422

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Microtubule-associated protein 1 light chain 3 分子量: 14964.341 Da / 分子数: 3 / 変異: C32I, C119S, C122S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PF10_0193 / プラスミド: MBP-pRSF-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q8IJK2
#2: タンパク質・ペプチド	Autophagy-related protein 3 分子量: 1007.098 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 103-110 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide 由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: C0H519

#1: タンパク質

Microtubule-associated protein 1 light chain 3

分子量: 14964.341 Da / 分子数: 3 / 変異: C32I, C119S, C122S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF10_0193 / プラスミド: MBP-pRSF-5 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q8IJK2

#2: タンパク質・ペプチド

Autophagy-related protein 3

分子量: 1007.098 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 103-110 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide
由来: (合成)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H519

-
非ポリマー , 5種, 342分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M Ca(OAc)2, 20% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL12-2	1	1.0332
シンクロトロン	ALS	5.0.1	2	0.9774

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
PSI PILATUS 6M	1	PIXEL	2012年2月20日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2012年2月26日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Liquid nitrogen-cooled double crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Asymmetric curved crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0332	1
2	0.9774	1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.904
1	1	-h,-k,l	2	0.096

反射

解像度: 2.22→31.06 Å / Num. all: 21538 / Num. obs: 17965 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(F): 20402 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.07 % / B_iso Wilson estimate: 29.081 Å² / R_merge(I) obs: 0.215 / Net I/σ(I): 7.28

反射シェル

解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 2.18 % / R_merge(I) obs: 0.918 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1605 / % possible all: 45

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	Phaser	モデル構築
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	Phaser	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 20 models (15 PDB 5 predicted) as ensemble using phenix.automr

解像度: 2.22→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 20.949 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27965	801	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20463	-	-	-
obs	0.20839	14961	77.37 %	-
all	-	21538	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.8 Å²	0 Å²	-8.64 Å²
2-	-	-9.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	19.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3289	0	23	331	3643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	1.981	4562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.141	3	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.771	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.72	24	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.544	15	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.175	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.22→2.341 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.427	30	-
R_work	0.255	509	-
obs	-	-	18.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6085	-0.4529	-0.3653	0.0795	0.0605	0.0645	-0.0206	0.1256	-0.1552	0.0032	-0.0181	0.0194	0.0224	-0.0383	0.0387	0.0989	-0.0265	-0.0205	0.0385	-0.038	0.0936	2.9804	-26.6683	25.6401
2	0.1894	0.0877	0.0604	0.2096	-0.1722	0.2574	0.0017	-0.0333	0.0248	-0.0491	-0.0283	0.0053	0.053	0.0072	0.0265	0.0728	0.004	-0.0271	0.0092	0.0104	0.1109	9.2597	-25.9538	41.778
3	3.0873	0.1929	0.8584	8.1489	2.4842	1.7348	-0.2964	0.1519	0.1305	0.1865	0.2105	-0.2941	0.1432	-0.0991	0.0859	0.0929	-0.0366	0.0115	0.0961	-0.0042	0.0904	16.5375	-27.3365	50.8152
4	0.5469	-0.1641	0.1822	0.1611	-0.2457	0.3954	-0.066	-0.0401	0.0946	-0.0042	0.0118	-0.0291	0.0028	-0.0079	0.0542	0.0698	-0.0051	-0.0181	0.0058	0.0047	0.1143	1.7463	-16.8174	36.6756
5	14.9516	4.288	-8.1425	1.8816	1.7135	29.6095	0.3156	0.3956	-0.0809	0.0131	-0.027	-0.087	-0.6546	-1.0981	-0.2886	0.0797	0.0227	-0.0011	0.0431	-0.0052	0.1505	12.4823	-8.4494	42.4588
6	0.666	-0.1421	-0.0159	0.2263	-0.031	0.0161	-0.0375	0.001	-0.0146	-0.0551	0.0075	0.0007	-0.0021	0.0028	0.03	0.0875	0.0035	-0.0309	0.005	0.014	0.0849	1.9655	1.3963	18.0692
7	5.7456	2.8382	-4.9517	2.5916	-3.7186	5.6295	-0.0702	0.0677	0.1279	-0.092	0.1986	0.0903	0.1259	-0.2333	-0.1284	0.143	-0.0037	-0.0334	0.0349	-0.0315	0.1146	-7.7587	15.5729	24.4125
8	0.9977	0.0008	-0.2595	0.8918	0.3371	0.196	0.0088	-0.0639	-0.0358	-0.0051	0.0134	-0.0766	0.0038	0.0203	-0.0222	0.0813	0.0013	-0.0333	0.0126	0.0171	0.0881	7.011	-1.8917	26.9553
9	8.984	6.8023	7.8472	5.166	5.944	6.8555	0.0617	-0.2988	0.0326	0.0293	-0.137	0.0015	0.022	-0.249	0.0754	0.0699	0.0196	-0.0116	0.1995	-0.0185	0.1735	-3.5853	-0.5399	37.2527
10	0.7158	-0.1609	-0.7503	0.5775	0.0743	0.806	-0.0231	0.0057	0.0068	0.0063	0.0232	-0.0042	0.0062	-0.0078	-0	0.0733	-0.0151	-0.0371	0.0049	0.0018	0.1216	14.4551	27.3713	48.0243
11	0.9048	0.1926	-0.1285	0.2237	-0.2485	0.295	0.0084	-0.0127	0.0279	-0.0153	0.0097	0.0223	0.0201	0.0061	-0.0181	0.0746	0.0015	-0.0184	0.0319	-0.0039	0.0889	8.239	13.117	55.9169
12	5.5227	-0.8291	0.76	4.6545	6.3616	9.362	-0.2366	0.2384	0.0427	-0.0946	0.0317	0.1317	-0.2246	0.1281	0.2049	0.1354	-0.0138	-0.0317	0.0329	0.0406	0.0715	0.9754	6.0974	61.777
13	0.8286	0.3934	0.0788	0.3798	0.172	0.1029	0.0097	0.0256	0.0241	0.0023	-0.0046	0.021	0.0005	-0.0054	-0.0051	0.0803	-0.0114	-0.0236	0.0297	0.0064	0.0914	15.8527	12.7216	45.5118
14	5.8206	-9.7135	3.096	16.2176	-5.4052	9.1348	-0.1572	0.253	0.0062	0.2361	-0.4232	-0.0305	0.3363	-0.0817	0.5804	0.0826	-0.0132	-0.0154	0.0491	-0.0225	0.0868	5.0175	3.4542	41.5344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	84 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	121 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	31 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	78 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	8	B	84 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	9	B	121 - 124
11	X-RAY DIFFRACTION	10	C	2 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	11	C	31 - 77
13	X-RAY DIFFRACTION	12	C	78 - 83
14	X-RAY DIFFRACTION	13	C	84 - 120
15	X-RAY DIFFRACTION	14	C	121 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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