PDB-4eod: Crystal structure of H74E synechocystis sp. pcya sp. PCYA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eod

タイトル

Crystal structure of H74E synechocystis sp. pcya sp. PCYA

要素

Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH / RADICAL CHEMISTRY

機能・相同性

機能・相同性情報

phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Gae, D.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of H74E synechocystis sp. pcya sp. PCYA
著者: Kabasakal, B.V. / Gae, D.D. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2012年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eod.cif.gz	120.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eod.ent.gz	93.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eoe
類似構造データ	4eoc-d 4mll-4 3bfv-2 2gzs-d 3adr-2 4fd7-2 5b4h-d 5b4i-d 2g18-10 3nb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.638, 95.530, 42.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase 分子量: 28147.123 Da / 分子数: 1 / 変異: H74E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) 株: PCC6803 / 遺伝子: pcyA, slr0116 / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q55891, phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略) 分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 1-1.25 M sodium citrate, 0.1-0.4 M NaCl in 0.1 M Tris HCl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.09717 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月7日 / 詳細: Si(111)
放射	モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.09717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→46 Å / Num. all: 70757 / Num. obs: 70757 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.55 % / B_iso Wilson estimate: 12.56 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15.73
反射シェル	解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique all: 4572 / R_sym value: 0.434 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→39.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.377 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18828	3505	5 %	RANDOM
R_work	0.16518	-	-	-
obs	0.16632	67204	98.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.045 Å / Luzzati sigma a obs: 0.028 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→39.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1937	0	45	311	2293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	2.003	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.075	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.03	24.722	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.018	15	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.296	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.786	1.5	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.453	2	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.198	3	888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.445	4.5	862
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	243	-
R_work	0.215	4868	-
obs	-	-	97.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	18.5574	0.0447	-8.5004	5.7194	-1.9011	6.4003	0.2637	1.1295	0.8271	-0.0134	0.1554	0.4295	-0.3982	-0.6678	-0.4191	0.0875	0.0266	-0.0346	0.1946	0.1044	0.1352	-15.794	37.272	-32.102
2	1.1587	0.1545	-0.0244	0.3708	0.1027	0.2374	-0.0026	0.0219	0.1147	-0.0336	0.0106	0.0069	-0.0055	-0.0138	-0.008	0.0033	-0.0009	0.0009	0.0154	-0.0059	0.0318	-11.082	33.202	-22.568
3	1.5958	-0.0836	-0.5236	0.2518	0.1759	0.7756	-0.0063	0.0222	-0.197	0.0228	-0.0155	-0.0083	0.0988	-0.0603	0.0218	0.0173	-0.0066	-0.0015	0.0103	0.0008	0.0466	-9.189	15.531	-18.825
4	0.9102	0.4356	-0.5076	0.5236	-0.5022	1.2341	-0.0079	-0.1219	0.0884	0.0276	-0.0006	-0.0431	-0.0072	-0.1012	0.0085	0.0179	-0.0046	-0.0102	0.0726	-0.0189	0.0423	-4.913	32.316	-9.48

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	113 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	194 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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