PDB-4eo4: Crystal structure of the yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eo4

タイトル

Crystal structure of the yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthetase (MST1) in complex with seryl sulfamoyl adenylate

要素

Threonine--tRNA ligase, mitochondrial

キーワード

LIGASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE CLASS II / THREONYL-TRNA SYNTHETASE / THREONINE TRNA / MITOCHONDRIA

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase / threonine-tRNA ligase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Peterson, K.M. / Ling, J. / Simonovic, I. / Soll, D. / Simonovic, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The mechanism of pre-transfer editing in yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthetase.
著者: Ling, J. / Peterson, K.M. / Simonovic, I. / Soll, D. / Simonovic, M.

履歴

登録	2012年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eo4.cif.gz	360.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eo4.ent.gz	291 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eo4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eo4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ugq 3ugt 3uh0
類似構造データ	6okg-1 5kof-d 3x0u-d 1lk7-d 4nu7-d 6olt-1 3m0j-1 3m0k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial

B: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial

C: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial

D: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial

ヘテロ分子

218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial

C: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial

D: Threonine--tRNA ligase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	213.233, 107.498, 153.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Threonine--tRNA ligase, mitochondrial / Threonyl-tRNA synthetase / ThrRS 分子量: 53473.891 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 26-462 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288C / 遺伝子: MST1, YKL194C / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P07236, threonine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-SSA / 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(L-セリルスルファモイル)アデノシン分子量: 433.397 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₇O₈S
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.1M di-sodium phosphate / mono-potassium phosphate, 0.2M NaCl, 10 % (w/v) PEG 8,000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 76 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日 / 詳細: SI(111)
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→50 Å / Num. all: 60275 / Num. obs: 60275 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_sym value: 0.137 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.87→2.93 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2915 / R_sym value: 0.732 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.87→49.722 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2288	3052	5.07 %	thin shells
R_work	0.1749	-	-	-
all	0.1777	60253	-	-
obs	0.1777	60253	98.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.559 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.075 Å²	-0 Å²	8.284 Å²
2-	-	-0.2092 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.8658 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→49.722 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13509	0	236	341	14086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.75	19178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.309	5214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2035
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8688-2.9136	0.3296	117	0.2943	2106	X-RAY DIFFRACTION	81
2.9136-2.9614	0.3772	118	0.2906	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9614-3.0125	0.3892	134	0.2802	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0125-3.0672	0.3036	112	0.2432	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0672-3.1262	0.2893	144	0.2254	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1262-3.19	0.3111	146	0.2332	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.2594	0.3275	135	0.227	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2594-3.3352	0.2908	114	0.2037	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3352-3.4186	0.2115	133	0.1835	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4186-3.511	0.2512	138	0.1779	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.511-3.6142	0.2626	164	0.1801	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6142-3.7309	0.2589	140	0.1737	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7309-3.8642	0.2324	139	0.1692	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8642-4.0188	0.2212	145	0.1592	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0188-4.2016	0.1836	148	0.135	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2016-4.423	0.1669	150	0.1271	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.423-4.6999	0.1836	155	0.1264	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6999-5.0625	0.1577	166	0.1258	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0625-5.5713	0.221	153	0.1432	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5713-6.3761	0.2039	116	0.1799	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3761-8.0278	0.2397	143	0.1853	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0278-49.7292	0.1938	142	0.1758	2701	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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