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- PDB-3m0k: Structure of oxaloacetate acetylhydrolase in complex with the pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m0k
タイトルStructure of oxaloacetate acetylhydrolase in complex with the product oxalate
要素Oxaloacetate acetylhydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta barrel
機能・相同性Phosphoenolpyruvate-binding domains / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / : / OXALATE ION
機能・相同性情報
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Herzberg, O. / Chen, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of oxalacetate acetylhydrolase, a virulence factor of the chestnut blight fungus.
著者: Chen, C. / Sun, Q. / Narayanan, B. / Nuss, D.L. / Herzberg, O.
履歴
登録2010年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxaloacetate acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2874
ポリマ－33,1041
非ポリマー1833
水5,513306
1
A: Oxaloacetate acetylhydrolase
ヘテロ分子

A: Oxaloacetate acetylhydrolase
ヘテロ分子

A: Oxaloacetate acetylhydrolase
ヘテロ分子

A: Oxaloacetate acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,14716
ポリマ－132,4154
非ポリマー73212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
Buried area21230 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area36700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.131, 82.131, 72.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-900-

HOH

21A-901-

HOH

31A-902-

HOH

41A-903-

HOH

51A-904-

HOH

61A-905-

HOH

71A-906-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oxaloacetate acetylhydrolase


分子量: 33103.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryphonectria parasitica (菌類) / 遺伝子: OAH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: oxaloacetase
#2: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: LIGAND-FREE PROTEIN CRYSTAL GROWN IN SOLUTION CONTAINING 30% PEG 400, 0.1 M HEPES pH7.5, 0.2 M CaCl2, THEN SOAKED IN MOTHER LIQUOR CONTAINING 0.2M MNCL2 AND 50 mM OXALOACETATE (the substrate) ...詳細: LIGAND-FREE PROTEIN CRYSTAL GROWN IN SOLUTION CONTAINING 30% PEG 400, 0.1 M HEPES pH7.5, 0.2 M CaCl2, THEN SOAKED IN MOTHER LIQUOR CONTAINING 0.2M MNCL2 AND 50 mM OXALOACETATE (the substrate) FOR 15 min, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Xenocs optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 30531 / Num. obs: 30472 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LYE

3lye


解像度: 1.65→19.92 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 17.8 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ANISOTROPIC B VALUES DERIVED FROM FROM TLS REFINEMENT, HYDROGENS ARE INCLUDED AS RIDING MODEL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 1552 5.09 %
Rwork0.172 --
obs0.174 30472 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.99 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.327 Å2-0 Å20 Å2
2---0.327 Å2-0 Å2
3---0.465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2179 0 8 306 2493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8627937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d161110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.7030.3061410.2952565X-RAY DIFFRACTION100
1.703-1.7640.3381320.2632592X-RAY DIFFRACTION100
1.764-1.8350.2841430.2352580X-RAY DIFFRACTION100
1.835-1.9180.2631430.212589X-RAY DIFFRACTION100
1.918-2.0190.2011260.1692603X-RAY DIFFRACTION100
2.019-2.1460.1781310.1462622X-RAY DIFFRACTION100
2.146-2.3110.2041440.1522592X-RAY DIFFRACTION100
2.311-2.5430.1751480.1422633X-RAY DIFFRACTION100
2.543-2.910.1431470.1392647X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.6630.1861340.1432693X-RAY DIFFRACTION100
3.663-19.9210.1811630.1752804X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33310.0420.06620.7102-0.36010.4552-0.01680.0156-0.01170.1053-0.0127-0.0959-0.03820.044300.0687-0.0024-0.0240.0530.010.066918.50042.1706-25.8393
20.1134-0.13280.0220.2482-0.03350.0976-0.02790.02740.04160.05910.0271-0.1095-0.02260.01680.06230.0276-0.0071-0.02640.0019-0.00910.022119.31071.1533-25.8754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESIDUE 68-361
2X-RAY DIFFRACTION2NOT (CHAIN A AND RESIDUE 68-361)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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