PDB-4eo2: Structure of the bacteriophage C1 tail knob protein, gp12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eo2

タイトル

Structure of the bacteriophage C1 tail knob protein, gp12

要素

Major tail protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN

機能・相同性

Distal tube protein, N-terminal / Caudoviral major tail protein N-terminus / identical protein binding / Major tail protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus phage C1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.007 Å

データ登録者

Aksyuk, A.A. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structural investigations of a Podoviridae streptococcus phage C1, implications for the mechanism of viral entry.
著者: Anastasia A Aksyuk / Valorie D Bowman / Bärbel Kaufmann / Christopher Fields / Thomas Klose / Heather A Holdaway / Vincent A Fischetti / Michael G Rossmann /

要旨: The Podoviridae phage C1 was one of the earliest isolated bacteriophages and the first virus documented to be active against streptococci. The icosahedral and asymmetric reconstructions of the virus ...

履歴

登録	2012年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月29日	Group: Database references
改定 1.2	2012年9月12日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eo2.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eo2.ent.gz	999.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eo2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eo2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5445C 5446C 4ep0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ep0-2 4ep0-1 5fei-1 5w5f-d 5fb4-1 5fb5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Major tail protein

B: Major tail protein

C: Major tail protein

D: Major tail protein

E: Major tail protein

F: Major tail protein

401 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	205.614, 209.640, 102.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 3:49 or resseq 53:381 or resseq 462:573 ) and (not element H)
2	1	1	chain 'B' and (resseq 3:49 or resseq 53:381 or resseq 462:573 ) and (not element H)
3	1	1	chain 'C' and (resseq 3:49 or resseq 53:381 or resseq 462:573 ) and (not element H)
4	1	1	chain 'D' and (resseq 3:49 or resseq 53:381 or resseq 462:573 ) and (not element H)
5	1	1	chain 'E' and (resseq 3:49 or resseq 53:381 or resseq 462:573 ) and (not element H)
6	1	1	chain 'F' and (resseq 3:49 or resseq 53:381 or resseq 462:573 ) and (not element H)

#1: タンパク質	Major tail protein / tail knob protein / gp12 分子量: 66821.797 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus phage C1 (ファージ) 遺伝子: orf12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Y3F0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 詳細: 30% MPD, 0.1 M sodium citrate, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.00931, 1.00579, 1.00939

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月17日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.00931	1
2	1.00579	1
3	1.00939	1

反射

解像度: 3.007→146.794 Å / Num. all: 88860 / Num. obs: 87794 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 27.44

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
3.007-3.11	5.8	0.425	3.74	0.425	1	91
3.11-3.23					1	97.5
3.23-3.38					1	99.7
3.38-3.56					1	100
3.56-3.78					1	100
3.78-4.07					1	100
4.07-4.48					1	100
4.48-5.13					1	99.8
5.13-6.46					1	100
6.46-50					1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SHELXCD	位相決定
SHELXE	モデル構築
RESOLVE	モデル構築
PHENIX	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
RESOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.007→50.002 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 33.99 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2824	4387	5.02 %
R_work	0.2383	-	-
obs	0.2406	87392	98.04 %
all	-	88860	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 74.58 Å² / k_sol: 0.278 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	43.0455 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-30.4826 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.563 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.007→50.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23688	0	0	0	23688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	24180
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.86	32784
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.762	8826
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	3636
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4260

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.112
1	3	C	3948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.105
1	4	D	3948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.096
1	5	E	3948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.102
1	6	F	3948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.007-3.0415	0.5288	133	0.4368	2201	X-RAY DIFFRACTION	80
3.0415-3.0773	0.4943	123	0.3952	2508	X-RAY DIFFRACTION	90
3.0773-3.1148	0.4646	139	0.3644	2647	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1148-3.1543	0.4146	118	0.3294	2659	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1543-3.1957	0.4753	125	0.3361	2735	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1957-3.2395	0.4263	141	0.3282	2749	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2395-3.2858	0.3787	165	0.3222	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2858-3.3348	0.4034	176	0.3014	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3348-3.3869	0.4087	170	0.2879	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3869-3.4424	0.36	138	0.2921	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4424-3.5018	0.3833	141	0.3005	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5018-3.5654	0.3459	144	0.2826	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5654-3.634	0.3424	153	0.2879	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
3.634-3.7082	0.3147	140	0.2752	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7082-3.7888	0.31	163	0.2652	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7888-3.8769	0.3059	123	0.258	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8769-3.9738	0.3329	160	0.2555	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9738-4.0812	0.2655	114	0.2336	2802	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0812-4.2012	0.256	137	0.2276	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2012-4.3367	0.2874	158	0.2109	2785	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3367-4.4916	0.2882	133	0.2091	2833	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4916-4.6714	0.2691	148	0.2001	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6714-4.8838	0.2228	136	0.1946	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8838-5.141	0.2566	153	0.2038	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
5.141-5.4628	0.2645	154	0.2088	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4628-5.8839	0.2361	168	0.213	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8839-6.4749	0.2324	167	0.2158	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4749-7.4093	0.2215	156	0.2072	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4093-9.325	0.2092	139	0.1845	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
9.325-50.0084	0.2042	172	0.22	2995	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0011	-0.0039	-0.0036	0.0054	-0.0062	0.0253	-0.0356	0.004	0.0494	0.0045	-0.0452	-0.0235	-0.0192	0.0016	-0.0078	0.5045	0.179	-0.0018	0.3521	0.1072	0.3759	78.3081	147.3525	34.6198
2	0.0354	0.0154	-0.0088	0.0086	-0.0055	0.0054	0.0508	-0.0232	0.1861	-0.0146	0.0396	-0.0622	-0.0484	-0.032	0.0967	0.4702	0.1162	-0.1932	0.3186	0.001	0.3223	75.1315	145.4555	37.0826
3	0.0944	0.0174	-0.083	0.0784	0.0361	0.1021	-0.0561	-0.0115	-0.044	0.0031	-0.0879	0.0641	0.0426	-0.115	-0.1071	0.2104	0.0551	-0.0428	0.2073	-0.0277	0.0938	101.1888	86.6944	82.3283
4	0.1211	-0.0127	0.0654	0.0347	0.0393	0.1427	0.0885	-0.0896	-0.0246	-0.0615	-0.0496	0.0198	-0.0297	-0.1456	0.152	0.017	0.0908	-0.0934	0.1781	-0.1628	-0.0215	87.5727	112.5266	63.309
5	0.0125	-0.0219	0.0138	0.0465	-0.0063	0.028	-0.0102	0.0195	-0.0076	0.0033	0.0127	-0.0105	-0.0104	-0.014	0.0279	0.1714	0.1927	-0.2763	0.1661	-0.1266	0.2842	62.5908	160.8624	62.2357
6	0.0009	-0.005	0.0024	0.0004	-0.0048	0.0049	-0.0005	0.0051	0.0184	0.0034	0.0339	0.014	-0.0162	-0.0128	0.022	0.2533	0.2286	-0.2053	0.2994	-0.0395	0.2668	63.4493	163.0163	55.0373
7	0.2071	-0.0651	-0.0873	0.0633	0.1592	0.2328	-0.243	-1.2447	-0.1311	0.3345	-0.3288	0.1959	0.0928	-0.1946	-1.2133	-0.3692	0.2488	-0.1837	-0.2262	-0.6266	-1.1556	75.6641	116.4984	91.6676
8	0.0168	0.0019	-0.0089	0.0009	-0.0005	0.0075	0.0172	-0.0149	-0.0053	-0.0028	0.0187	0.0072	-0.0206	-0.0005	0.0348	0.6384	0.1623	-0.3757	0.5311	-0.3334	0.6434	29.8316	152.6116	69.9236
9	0.0286	-0.0074	0.0142	0.0086	-0.0034	0.0096	0.0063	-0.0284	-0.0568	-0.0099	-0.0583	0.0785	0.0235	-0.0743	0	0.7048	0.1058	-0.4503	0.671	-0.2593	1.0242	31.5451	149.2521	67.5744
10	0.0057	0.0076	0.0147	0.1489	0.0182	0.0177	0.0707	-0.3627	-0.1953	0.1783	-0.1073	0.1653	0.1943	-0.2248	-0.0724	0.5018	-0.2025	0.0871	0.9839	0.1222	0.4935	54.9262	89.694	111.3739
11	0.2343	0.238	0.2462	0.2564	0.1692	0.4149	-0.1531	-0.3126	0.2083	-0.0686	-0.333	0.3857	-0.061	-0.2501	-0.4397	0.2626	0.1069	-0.0755	0.7146	-0.1917	0.418	45.1868	114.6327	89.6634
12	0.0083	-0.0054	0.0046	0.0069	0.002	0.0064	0.0619	0.0094	-0.0652	0.0274	0.0524	-0.0251	-0.0079	-0.0152	0.0001	0.8188	0.2868	-0.2292	0.4629	-0.1028	0.8699	11.6903	133.0656	50.0404
13	0.2026	-0.0012	-0.1226	0.0306	0.0226	0.0776	-0.0522	-0.1971	-0.0582	-0.0473	-0.1807	0.1553	0.0127	-0.0763	-0.0734	0.7099	-0.0453	-0.3314	0.6029	-0.1739	1.0132	27.1372	108.5664	62.6967
14	0.0151	0.0167	-0.0016	0.0192	0.0024	0.0088	0.0825	-0.0071	0.0308	-0.021	0.0117	0.0625	0.0046	-0.0564	0.0001	0.8363	-0.2837	-0.0628	0.8031	0.2142	0.8129	48.4337	57.7987	100.3589
15	0.2916	0.0665	-0.0589	0.1327	0.0489	0.3705	0.0296	-0.2752	-0.074	0.0241	-0.3326	0.2471	-0.0565	-0.2403	-0.5174	0.4306	-0.1828	-0.2864	0.4131	0.0056	0.8745	33.3461	91.0275	74.904
16	0.0041	0.0017	0.0075	0.0031	-0.0002	0.0087	0.0943	0.0238	-0.0014	0.0434	0.0075	-0.0224	0.0304	0.0506	0	0.9096	0.1217	-0.3877	0.6152	-0.0757	0.888	24.9023	118.8866	23.2584
17	0.0134	0.0172	0.017	0.0187	0.0194	0.0233	-0.0179	-0.0119	-0.0529	0.0358	0.0019	-0.0582	-0.0121	0.0632	0	0.8795	0.2114	-0.4116	0.6908	-0.05	0.8396	34.8654	116.2121	24.7069
18	0.0674	-0.0131	-0.0455	0.0173	0.0501	0.148	-0.0022	-0.1249	-0.1371	-0.0018	-0.1426	0.1044	0.0645	-0.0996	-0.1742	0.5937	-0.1778	-0.3482	0.3647	0.0537	0.7943	57.0996	64.4805	63.67
19	0.2886	0.226	0.0504	0.276	0.128	0.0943	-0.1698	0.1541	-0.2591	-0.1329	-0.134	0.1822	0.0009	-0.0976	-0.7147	0.7356	-0.284	-0.6933	0.0052	-0.181	0.8169	50.1723	77.4613	54.5097
20	0.0007	-0.0153	0.0027	0.0646	0.0053	0.0699	0.0186	0.0479	0.0315	-0.0201	-0.1059	0.0782	-0.0378	-0.017	-0.0474	0.6646	0.383	-0.252	0.5943	-0.2179	0.2513	58.9502	126.4059	12.9866
21	0.0462	-0.0227	-0.023	0.0333	-0.0101	0.0733	0.0256	0.1061	0.048	-0.0235	-0.1007	0.0693	-0.0956	-0.1453	0.0172	0.5286	0.2091	-0.1284	0.4646	-0.1275	0.2182	67.3791	117.3844	30.2888
22	0.0389	0.024	-0.0263	0.0385	0.0044	0.0544	0.02	0.0218	-0.0956	-0.1759	-0.0863	0.0214	-0.0154	-0.007	-0.0323	0.557	0.0477	-0.2301	0.1746	-0.0421	0.5593	90.1836	59.1831	66.3759
23	0.0743	-0.0401	0.0566	0.1668	0.0941	0.0427	0.1032	0.1044	-0.3739	-0.2939	-0.0575	0.1575	0.0156	0.0041	0.0021	0.5242	0.1682	-0.257	-0.1118	-0.4325	-0.0731	75.1191	94.0083	45.0428

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 3:60)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 61:135)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 136:276)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 277:573)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 3:60)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 61:97)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 98:573)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 3:60)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 61:135)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 136:285)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 286:573)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resseq 3:88)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resseq 89:177)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 178:243)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 244:573)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resseq 3:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resseq 74:135)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resseq 136:215)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resseq 216:573)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resseq 3:88)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resseq 89:158)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resseq 159:276)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resseq 277:573)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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