PDB-4enn: Crystal structure of S. pombe Atl1 in complex with damaged DNA co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4enn

タイトル

Crystal structure of S. pombe Atl1 in complex with damaged DNA containing O6-carboxymethylguanine

要素

Alkyltransferase-like protein 1
RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(C6G)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Alkyltransferase / DNA repair / nucleotide excision repair / NER / base repair / DNA / DNA Damage / Guanine / Alkylation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

O6-alkylguanine-DNA binding / global genome nucleotide-excision repair / catalytic activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / damaged DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8448 Å

データ登録者

Tubbs, J.L. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Atl1 Regulates Choice between Global Genome and Transcription-Coupled Repair of O(6)-Alkylguanines.
著者: Latypov, V.F. / Tubbs, J.L. / Watson, A.J. / Marriott, A.S. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Wilkinson, O.J. / Senthong, P. / Butt, A. / Arvai, A.S. / Millington, C.L. / Povey, A.C. / ...

履歴

登録	2012年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月29日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Alkyltransferase-like protein 1

B: Alkyltransferase-like protein 1

C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(C6G)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')

D: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(C6G)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')

E: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(C6G)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')

F: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(C6G)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')

43.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkyltransferase-like protein 1

C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(C6G)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')

D: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(C6G)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alkyltransferase-like protein 1

E: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(C6G)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')

F: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(C6G)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.154, 85.154, 150.715
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain C and (resseq 201:213)
2	1	1	chain E and (resseq 201:213)
1	1	2	chain D and (resseq 201:213)
2	1	2	chain F and (resseq 201:213)
1	1	3	chain A and (resseq 1:108 )
2	1	3	chain B and (resseq 1:108 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Alkyltransferase-like protein 1 分子量: 13662.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: atl1, SPAC1250.04c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTN9
#2: DNA鎖	RNA (5'-R(GPCPCPAPTPGP(C6G)PCPTPAPGPTPA)-3') 分子量: 4049.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 20% mPEG 2000, 5% sodium formate, 25% sodium chloride, 0.2M imidazole-malate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月28日
放射	モノクロメーター: ML crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8448→50 Å / Num. all: 13069 / Num. obs: 13069 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.8448→2.95 Å / % possible all: 77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GVA

3gva

解像度: 2.8448→43.269 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 36.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2783	1186	10.11 %
R_work	0.2175	-	-
obs	0.2238	11727	86.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60 Å² / k_sol: 0.266 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	22.0975 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	22.0975 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-56.7917 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8448→43.269 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1780	1076	0	0	2856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3032
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.802	4316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	30.846	1276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	376

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	C	269	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	E	269	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.111
2	1	D	269	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	269	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.162
3	1	A	891	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	891	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8448-2.9743	0.4766	98	0.3924	844	X-RAY DIFFRACTION	57
2.9743-3.1311	0.437	118	0.3674	1063	X-RAY DIFFRACTION	71
3.1311-3.3272	0.2964	148	0.2408	1271	X-RAY DIFFRACTION	85
3.3272-3.5839	0.2816	151	0.2392	1360	X-RAY DIFFRACTION	90
3.5839-3.9444	0.2863	156	0.229	1388	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9444-4.5146	0.2446	165	0.2019	1485	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5146-5.6859	0.2981	169	0.1972	1521	X-RAY DIFFRACTION	97
5.6859-43.2743	0.2285	181	0.1719	1609	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2052	-0.0106	0.0768	0.0169	-0.0519	0.0292	0.7084	1.7963	0.4588	0.2857	-0.3387	-0.868	0.5047	-0.6491	-0.0022	1.0098	-0.1889	0.263	1.1503	0.0705	1.0506	5.0361	31.3459	-39.2282
2	0.0706	0.0234	-0.0441	0.0424	-0.0812	0.2475	-0.6661	2.1327	0.0542	1.2592	-1.9281	-0.7013	0.5793	-0.2654	-0.0021	0.7609	-0.1861	-0.0432	0.8959	0.3865	1.0346	6.8351	32.8806	-32.8402
3	0.3655	0.202	0.1628	0.2851	0.3033	0.2382	-1.3573	1.3116	-0.327	-1.3826	0.7679	0.5992	-2.3301	-2.2014	-0.0076	1.0171	-0.1767	0.2511	0.6076	-0.0618	0.9613	8.483	37.9332	-26.4053
4	0.0274	0.0452	-0.0738	0.3063	-0.149	0.1319	0.6321	1.8905	-0.009	1.2618	0.4375	0.1615	1.0426	2.5107	0.0043	1.2729	0.1472	0.0935	1.2776	0.0058	0.9635	8.8815	38.8225	-14.6811
5	0.17	0.3387	-0.0435	0.5052	-0.0318	0.2821	-0.0397	1.1221	-0.5559	0.5235	-1.2092	0.2426	-0.078	-1.7744	0.0056	0.8396	0.0688	0.3009	0.9924	-0.044	0.9428	3.325	29.3528	-21.6462
6	0.2847	-0.0477	0.1582	0.2355	0.1664	0.2363	0.9956	-2.7696	-0.5066	0.7488	-1.4954	1.3848	0.3748	-1.7242	0.0032	1.122	-0.092	0.0745	0.9874	-0.0249	0.9903	-1.3777	32.0295	-27.4731
7	0.4731	0.1392	-0.6401	0.2767	-0.1298	0.569	-1.7638	2.1893	0.3033	-2.5332	1.5084	0.4168	1.8889	-0.6343	-0.0254	1.2129	-0.1331	0.2459	0.4322	0.0697	0.8735	1.6688	23.2966	-28.6327
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49	0.8917	-0.3316	-0.0423	0.4771	0.2494	0.2292	0.2398	0.9257	0.7034	0.0866	0.1469	-0.2519	-2.0608	2.0002	0.0063	1.2261	-0.3985	-0.1972	1.4739	0.5464	1.0502	29.0456	42.3647	-44.0228
50	0.4475	0.0463	-0.2359	0.4481	0.4252	0.6034	-0.0711	0.4856	-0.5021	1.0937	0.585	-0.1751	0.9628	1.0446	0.0044	1.3138	0.0338	-0.4428	1.1378	0.2892	1.2771	32.8893	28.5519	-35.0441
51	0.1132	0.2072	-0.1811	0.2444	0.1183	0.7362	-0.3175	3.8514	1.3245	1.9905	0.3841	-0.6847	-1.2542	-2.0338	0.0185	1.4151	0.0458	-0.2558	1.3982	0.0204	1.1099	43.0655	32.6213	-21.5919

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:5)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 6:10)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 11:16)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 17:22)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 23:29)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 30:34)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 35:39)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 40:45)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 46:50)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 51:55)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 56:59)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 60:65)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 66:70)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 71:76)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 77:81)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 82:87)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 88:92)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 93:98)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 99:103)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 104:108)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 1:4)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 5:9)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 10:13)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 1:5)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 6:10)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 11:16)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 17:21)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 22:27)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 28:32)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 33:39)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 40:45)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 46:50)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 51:55)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 56:59)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 60:67)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 68:73)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 74:78)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 79:83)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 84:89)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 90:94)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain B and resid 95:99)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain B and resid 100:108)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain E and resid 1:4)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain E and resid 5:9)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain E and resid 10:13)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 1:4)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 5:9)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 10:13)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain F and resid 1:4)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain F and resid 5:9)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain F and resid 10:13)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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