PDB-4emu: Crystal structure of ligand free human STING

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4emu

タイトル

Crystal structure of ligand free human STING

要素

Transmembrane protein 173

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / alpha/beta fold / innate immune sensor / c-di-GMP

機能・相同性

機能・相同性情報

STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / proton channel activity ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / proton channel activity / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / cytoplasmic vesicle membrane / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / autophagosome / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / secretory granule membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Li, P.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of STING bound to cyclic di-GMP reveals the mechanism of cyclic dinucleotide recognition by the immune system.
著者: Shu, C. / Yi, G. / Watts, T. / Kao, C.C. / Li, P.

履歴

登録	2012年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4emu.cif.gz	158.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4emu.ent.gz	127.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4emu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4emu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4emu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4emtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4emt-d 3fuq-d 6oak-d 5hfj-2 6vih-d 3dge-3 1t6n-d 6cdf-d 6mx3-d 2pvc-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transmembrane protein 173

B: Transmembrane protein 173

ヘテロ分子

43.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Transmembrane protein 173

B: Transmembrane protein 173

ヘテロ分子

A: Transmembrane protein 173

B: Transmembrane protein 173

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
86.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.931, 78.108, 127.768
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-556- HOH
2	1	B-572- HOH

#1: タンパク質	Transmembrane protein 173 / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Stimulator of interferon genes protein / hSTING 分子量: 21524.158 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 155 - 341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM173, ERIS, MITA, STING / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M HEPES, pH 8.5, 28% PEG400, 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月15日 / 詳細: Si Crystal
放射	モノクロメーター: Si Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→39 Å / Num. all: 27829 / Num. obs: 27829 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.674 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.9→37.348 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 28.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2476	2000	7.2 %	Random
R_work	0.2106	-	-	-
obs	0.2133	27787	99.4 %	-
all	-	27787	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.256 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	19.5924 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-9.155 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.4374 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.348 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2830	0	1	146	2977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	3910
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.916	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	428
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	518

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9475	0.4024	144	0.3237	1842	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9475-2.0002	0.3093	140	0.2912	1818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.059	0.3373	140	0.2655	1812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.059-2.1255	0.3307	141	0.2499	1812	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1255-2.2014	0.291	142	0.2227	1837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2014-2.2896	0.2726	141	0.2082	1809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3938	0.2842	142	0.218	1842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.5199	0.2409	143	0.2112	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5199-2.6778	0.2575	143	0.2196	1841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6778-2.8845	0.3101	142	0.2295	1844	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8845-3.1746	0.2378	143	0.2125	1838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1746-3.6336	0.25	145	0.2037	1869	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6336-4.5767	0.2069	145	0.1733	1857	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5767-37.3554	0.2105	149	0.2075	1935	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3451	0.436	-0.1691	0.446	-0.3332	0.2224	0.1154	0.1006	-0.3264	-0.135	-0.2974	0.1642	0.3777	0.9426	-0.0435	0.4053	0.3895	-0.1289	0.5723	0.0189	0.2474	58.4077	19.8622	60.1062
2	0.0072	0.0609	0.0024	0.191	-0.1459	0.0916	0.0828	-0.0717	-0.0424	0.3429	-0.3303	0.1131	0.7731	-0.1373	-0.0429	0.6644	0.1157	-0.0539	0.3685	-0.0232	0.4226	46.7467	18.0341	59.3732
3	1.0835	-0.1782	0.6795	0.4254	-0.8605	0.9779	0.1951	-0.024	-0.1687	0.0544	-0.0387	0.115	0.0302	0.2888	0.0955	0.2354	0.0296	-0.0411	0.2936	0.0618	0.2531	49.3926	27.8996	66.2946
4	0.0269	0.0074	0.0961	0.0182	0.0178	0.1862	0.1759	0.3139	0.2043	-0.1031	-0.1983	-0.0568	-0.2426	-0.0637	0.0001	0.4532	0.0743	0.0015	0.3747	0.0167	0.2542	46.1567	33.9087	54.6062
5	0.7847	-0.0094	-0.3905	0.1879	0.1721	2.031	0.2196	-0.1402	-0.171	0.0235	0.3831	0.3469	-0.7606	-0.9155	0.5982	-0.2248	-0.1324	-0.2758	0.4149	0.2395	0.468	44.1571	9.7496	84.1215
6	-0.0325	0.0798	0.1121	0.1383	0.1133	0.4195	-0.1881	0.1362	-0.1091	-0.19	0.3629	0.1831	0.2948	0.0608	0.0383	0.3304	-0.0244	-0.0263	0.2104	0.0632	0.34	54.99	1.6241	90.1311
7	0.3042	0.0159	-0.1872	0.1093	0.1129	0.1947	0.0753	0.0387	-0.1664	-0.184	0.0782	0.1226	0.4914	0.1321	0.0004	0.4216	-0.0601	-0.1132	0.2222	0.0488	0.4409	52.9584	-0.7769	88.0365
8	0.5719	-0.4629	0.5508	0.4987	-0.4222	0.3993	-0.1441	-0.0237	0.216	0.1945	0.0824	0.133	-0.406	0.0303	-0	0.282	0.0126	-0.024	0.2302	0.045	0.2494	55.3849	20.3906	88.704
9	0.0659	-0.0764	0.0532	0.1111	0.0042	0.1747	0.0674	-0.1193	0.0237	-0.0481	0.0897	0.1476	0.1668	-0.0135	-0.0012	0.3398	0.0205	0.0061	0.3067	0.0859	0.308	58.226	7.0688	100.7765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 154:203)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 204:241)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 242:314)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 315:337)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 154:185)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 186:218)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 219:262)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 263:314)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 315:337)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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