PDB-4emq: Crystal structure of a single mutant of Dronpa, the green-on-stat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4emq

タイトル

Crystal structure of a single mutant of Dronpa, the green-on-state PDM1-4

要素

Fluorescent protein Dronpa

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / DRONPA / GFP-LIKE PROTEIN / REVERSIBLE PHOTOSWITCHABLE FLUORESCENT PROTEIN / BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Ngan, N.B. / Van Hecke, K. / Van Meervelt, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the influence of a single mutation K145N on the oligomerization and photoswitching rate of Dronpa.
著者: Nguyen Bich, N. / Moeyaert, B. / Van Hecke, K. / Dedecker, P. / Mizuno, H. / Hofkens, J. / Van Meervelt, L.

履歴

登録	2012年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4emq.cif.gz	290.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4emq.ent.gz	233.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4emq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4emq_validation.pdf.gz	522.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4emq_full_validation.pdf.gz	540.3 KB	表示
XML形式データ	4emq_validation.xml.gz	60 KB	表示
CIF形式データ	4emq_validation.cif.gz	82.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4emq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4emq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z1oS 2z6y 2z6z S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ppk-1 6myc-8 6myc-7 3bxc-5 4ppj-1 3zuj-3 5hzs-1 3vk1-d 4tza-3 3ir8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

178 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.539, 103.804, 177.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-514- HOH

#1: タンパク質	Fluorescent protein Dronpa 分子量: 29231.885 Da / 分子数: 6 / 変異: K145N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物) 遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月7日
放射	モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→54.93 Å / Num. all: 75756 / Num. obs: 75756 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.95→2.21 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / R_sym value: 0.518 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2z1o

2z1o

解像度: 1.95→54.709 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	4728	5.02 %
R_work	0.1835	-	-
obs	0.186	94192	99.95 %
all	-	75756	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.569 Å² / k_sol: 0.365 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.4672 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.0512 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.5184 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→54.709 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10337	0	125	884	11346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10808
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.303	14605
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.38	4034
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.3662	167	0.2775	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9722-1.9954	0.3144	166	0.257	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9954-2.0197	0.2899	161	0.2442	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0453	0.3001	149	0.2325	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0453-2.0722	0.3044	156	0.2378	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1006	0.2786	148	0.2294	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1306	0.2968	150	0.2226	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1306-2.1624	0.2754	172	0.2144	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1624-2.1962	0.2903	147	0.2177	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1962-2.2322	0.2812	168	0.21	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2322-2.2707	0.2754	152	0.1992	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2707-2.312	0.2325	148	0.1902	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.312-2.3564	0.2552	162	0.1897	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3564-2.4045	0.2656	153	0.1954	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4045-2.4568	0.2605	163	0.1866	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.514	0.2259	142	0.1934	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.514-2.5768	0.2931	137	0.187	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5768-2.6465	0.2339	152	0.1869	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6465-2.7244	0.2314	158	0.1894	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7244-2.8123	0.2799	159	0.1829	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8123-2.9128	0.2401	154	0.1961	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9128-3.0294	0.2633	153	0.1809	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0294-3.1673	0.2268	151	0.1743	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1673-3.3343	0.1984	155	0.1665	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3343-3.5431	0.23	145	0.1636	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5431-3.8166	0.2161	154	0.1614	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8166-4.2006	0.2036	171	0.1559	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2006-4.8081	0.1614	198	0.1501	2996	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8081-6.0565	0.2068	175	0.1645	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0565-54.7304	0.2148	162	0.1947	3244	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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