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- PDB-4eml: Synechocystis sp. PCC 6803 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A s... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eml

タイトル

Synechocystis sp. PCC 6803 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A synthase (MenB) in complex with bicarbonate

要素

Naphthoate synthase

キーワード

LYASE / 1 / 4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A / synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / phylloquinone biosynthetic process / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.043 Å

データ登録者

Song, H.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Active site binding and catalytic role of bicarbonate in 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthases from vitamin K biosynthetic pathways
著者: Sun, Y.R. / Song, H.G. / Li, J. / Jiang, M. / Li, Y. / Zhou, J.H. / Guo, Z.H.

履歴

登録	2012年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eml.cif.gz	633.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eml.ent.gz	531 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4eml_validation.pdf.gz	513 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eml_full_validation.pdf.gz	521 KB	表示
XML形式データ	4eml_validation.xml.gz	64.1 KB	表示
CIF形式データ	4eml_validation.cif.gz	89.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4eml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4eml	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4elsC 4elwC 4elxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ojm-2 1uiy-1 6ojm-1 2qq3-1 2pbp-2 4jyl-d 1q52-1 6ojm-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Naphthoate synthase

B: Naphthoate synthase

C: Naphthoate synthase

D: Naphthoate synthase

E: Naphthoate synthase

F: Naphthoate synthase

ヘテロ分子

184 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	244.623, 140.063, 73.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.63, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Naphthoate synthase / 1 / 4-dihydroxy-2-naphthoyl-coA synthase 分子量: 30343.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: menB, sll1127, SYNGTS_0961 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P73495, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 6種, 958分子

#2: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 938 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 0.15M ammonium acetate, 0.02M L-proline, 0.1M bis-tris buffer (pH 6.1), 45% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月10日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→48.62 Å / Num. obs: 155103 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 27.98 Å²

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.043→48.619 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1963	7658	5.03 %
R_work	0.1654	-	-
obs	0.1669	152173	97.92 %
all	-	155103	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.2836 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3963 Å²	-0 Å²	7.0251 Å²
2-	-	2.0651 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.6687 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.043→48.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12108	0	98	938	13144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12505
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	16896
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.539	4585
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1785
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2203

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0431-2.0663	0.2267	252	0.1836	4500	94
2.0663-2.0906	0.2001	260	0.1661	4942	100
2.0906-2.1161	0.2181	246	0.1617	4880	100
2.1161-2.1429	0.2051	257	0.1577	4925	100
2.1429-2.1711	0.1787	266	0.145	4896	100
2.1711-2.2008	0.2045	250	0.1456	4898	100
2.2008-2.2322	0.1653	246	0.1419	4954	100
2.2322-2.2656	0.1882	271	0.15	4832	100
2.2656-2.301	0.1998	269	0.157	4928	100
2.301-2.3387	0.1895	239	0.1483	4900	100
2.3387-2.379	0.1965	243	0.1453	4951	100
2.379-2.4223	0.1716	252	0.143	4874	100
2.4223-2.4689	0.1804	285	0.1461	4916	100
2.4689-2.5193	0.1721	272	0.1423	4907	100
2.5193-2.574	0.1791	266	0.1407	4851	100
2.574-2.6339	0.1762	258	0.142	4948	100
2.6339-2.6998	0.1798	257	0.146	4922	100
2.6998-2.7728	0.1794	264	0.1454	4870	100
2.7728-2.8543	0.2023	245	0.1445	4928	100
2.8543-2.9465	0.1572	260	0.1381	4949	100
2.9465-3.0518	0.1953	242	0.1471	4912	100
3.0518-3.1739	0.1899	252	0.1492	4896	100
3.1739-3.3183	0.1747	278	0.1547	4843	99
3.3183-3.4932	0.1937	246	0.1568	4908	99
3.4932-3.712	0.1923	242	0.1533	4718	96
3.712-3.9985	0.1822	252	0.1614	4648	94
3.9985-4.4007	0.1849	248	0.1631	4349	88
4.4007-5.0369	0.2058	233	0.1825	4276	87
5.0369-6.3437	0.2206	272	0.217	4707	95
6.3437-48.6328	0.2765	235	0.2588	4487	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.128	-0.7226	2.6361	8.2925	2.2093	4.8385	-0.1182	-0.8048	-0.1095	0.6367	-0.4143	-1.8747	-0.4947	1.1696	0.1376	0.4825	-0.0986	-0.0294	0.4166	0.0501	0.3847	66.5409	31.8699	55.1777
2	3.377	-1.5179	-0.3312	3.7418	0.1574	1.653	-0.1999	-0.06	0.3494	0.2648	0.0427	-0.1539	-0.5336	0.1861	-0.0006	0.4316	-0.0336	-0.0382	0.1504	-0.0024	0.2377	57.7911	35.7505	49.5256
3	3.7171	-1.0131	1.0501	4.7986	0.1112	6.551	-0.2951	-0.3635	0.564	0.3439	-0.093	0.1122	-0.9587	-0.486	0.0311	0.4676	0.1303	-0.0263	0.2792	-0.0206	0.3754	43.7126	40.0573	52.3106
4	4.2026	-0.486	-2.1303	4.2223	1.8219	4.0457	0.2678	0.4182	0.4112	-0.2606	-0.2087	-0.1571	-0.5226	-0.2711	0.0267	0.5076	-0.0292	-0.0344	0.1912	0.0294	0.2343	51.9536	34.0044	41.9974
5	5.2529	-1.3413	-1.6808	4.5315	0.8185	6.6791	0.1111	0.4065	0.4226	-0.3337	0.03	-0.3281	-0.7861	-0.0288	0.0275	0.3875	-0.0488	-0.0192	0.188	0.0176	0.2513	61.6457	26.0343	43.0316
6	3.8134	-0.3905	-0.2027	3.6435	4.2326	5.3113	-0.1735	-0.5486	0.291	0.6088	-0.1305	0.2768	-1.132	-0.3374	0.2905	0.7499	0.0998	0.0148	0.2794	-0.042	0.2941	48.5042	36.341	61.2058
7	5.1881	-0.4597	0.3756	4.5547	0.3698	5.3457	-0.4083	-0.2965	0.664	-0.0612	-0.0595	0.5997	-1.0238	-0.8172	0.3905	0.6085	0.1411	0.0055	0.2956	-0.0514	0.4109	41.6717	35.6108	56.7339
8	3.7114	-0.6237	-1.4135	3.1431	-0.7998	2.9178	-0.5736	0.333	1.4613	-0.2032	0.005	0.1453	-1.3938	0.0491	0.3867	0.5716	0.0259	-0.1556	0.2494	0.0658	0.4429	42.0383	32.828	38.2703
9	1.4511	-0.1353	0.4848	0.7557	-0.188	1.4325	-0.2081	-0.0666	-0.0501	0.1405	0.0413	0.1059	-0.0494	-0.2027	0.0428	0.2756	0.0196	-0.0092	0.1499	0.0097	0.1714	47.434	24.8069	47.8522
10	2.6421	0.111	0.3231	1.7106	1.2138	1.5443	-0.0243	-0.0025	0.0547	0.075	0.0401	0.0444	-0.0725	-0.023	0.0339	0.2602	0.0391	0.0058	0.1413	-0.0079	0.1552	47.2257	21.8291	53.8679
11	5.3056	-0.6768	3.7672	0.7482	-1.1012	3.3359	-0.1054	-0.5821	0.2937	0.1254	0.057	0.0738	-0.3401	-0.5226	0.1598	0.3345	0.1186	0.0178	0.3002	-0.0438	0.2736	35.302	27.4722	57.2256
12	1.5927	0.2994	0.5357	0.8332	-0.274	0.9502	-0.002	-0.1778	0.1909	0.135	-0.0116	0.095	-0.2028	-0.3476	0.0115	0.2592	0.0726	0.0176	0.2895	0.0113	0.2458	33.7664	19.0203	52.1157
13	6.5552	-3.174	0.3676	3.0717	3.4061	8.7036	-0.2813	-0.9477	-0.3053	1.0579	0.1229	0.3102	-0.2089	0.0052	-0.0279	0.5269	0.083	0.0666	0.3507	0.113	0.3008	41.6217	15.6789	64.0057
14	2.2133	0.4988	-0.8079	1.7909	0.2374	2.7346	0.0696	0.0031	-0.0933	0.0194	0.0071	-0.1122	-0.2844	0.1007	-0.0949	0.3356	0.0367	-0.0125	0.1915	0.0196	0.1939	48.4871	19.3148	61.9938
15	7.7826	-3.8516	-6.0216	3.4001	5.6301	9.4116	0.0915	-0.8869	-0.0316	0.7336	0.1029	-0.5351	0.1216	0.7488	-0.2985	0.369	-0.0303	-0.0604	0.2393	0.0208	0.2387	59.6594	21.7242	59.9161
16	1.2116	0.4547	0.1738	0.8309	0.3897	0.881	-0.0047	-0.0876	0.0276	0.1376	-0.0075	0.0148	0.013	-0.0082	0.0294	0.2454	0.0102	0.0004	0.1743	0.0144	0.2334	53.9659	13.2576	40.7562
17	3.2868	-0.0363	-0.8031	2.1064	0.7159	2.6435	0.0586	-0.1495	0.1748	0.0662	0.0158	-0.0637	-0.3181	0.2524	-0.0627	0.2357	-0.0343	-0.0037	0.1738	-0.0019	0.2361	59.8846	11.8671	29.8608
18	8.6548	4.4388	-3.3321	3.3208	-3.0215	3.1955	0.0935	0.1572	0.0465	0.1205	-0.534	-1.2334	-0.4217	0.8237	0.0179	0.3227	-0.0679	-0.0042	0.3302	0.0521	0.4536	69.7059	9.3929	20.9596
19	3.1869	3.2031	-2.058	3.7322	-1.8193	3.1282	0.4471	0.2963	0.9236	-0.8756	0.1271	-0.8671	-1.5999	0.6918	-0.0715	0.5933	-0.0474	0.1196	0.505	0.0624	0.6299	70.945	12.1721	12.7737
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108	7.2671	0.5239	-1.4624	2.2646	0.8673	3.4014	-0.1191	-0.2406	-0.1148	0.52	-0.0093	-0.1616	-0.3988	0.0717	0.0483	0.381	0.0072	-0.0148	0.2289	0.0425	0.2438	47.5219	23.9262	27.2245
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:4)	A	1 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 5:26)	A	5 - 26
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4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 38:49)	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 50:59)	A	50 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 60:68)	A	60 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 69:80)	A	69 - 80
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 95:100)	A	95 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 101:125)	A	101 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 126:138)	A	126 - 138
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 139:149)	A	139 - 149
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 150:182)	A	150 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 183:187)	A	183 - 187
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 188:198)	A	188 - 198
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 199:209)	A	199 - 209
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 210:237)	A	210 - 237
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 238:250)	A	238 - 250
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 251:258)	A	251 - 258
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 259:267)	A	259 - 267
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 268:275)	A	268 - 275
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 1:7)	B	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 8:28)	B	8 - 28
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 29:34)	B	29 - 34
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 35:40)	B	35 - 40
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 41:49)	B	41 - 49
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 50:54)	B	50 - 54
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 55:66)	B	55 - 66
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 67:78)	B	67 - 78
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 95:102)	B	95 - 102
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 103:121)	B	103 - 121
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 122:140)	B	122 - 140
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 141:149)	B	141 - 149
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 150:182)	B	150 - 182
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 183:188)	B	183 - 188
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 189:197)	B	189 - 197
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 198:209)	B	198 - 209
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 210:237)	B	210 - 237
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 238:250)	B	238 - 250
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 251:258)	B	251 - 258
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 259:275)	B	259 - 275
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 1:7)	C	1 - 7
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 8:28)	C	8 - 28
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 29:34)	C	29 - 34
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain C and resid 35:41)	C	35 - 41
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain C and resid 42:53)	C	42 - 53
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain C and resid 54:66)	C	54 - 66
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain C and resid 67:78)	C	67 - 78
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain C and resid 95:103)	C	95 - 103
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain C and resid 104:126)	C	104 - 126
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain C and resid 127:142)	C	127 - 142
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain C and resid 143:148)	C	143 - 148
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain C and resid 149:182)	C	149 - 182
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain C and resid 183:188)	C	183 - 188
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain C and resid 189:197)	C	189 - 197
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain C and resid 198:203)	C	198 - 203
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain C and resid 204:227)	C	204 - 227
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain C and resid 228:250)	C	228 - 250
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain C and resid 251:258)	C	251 - 258
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain C and resid 259:268)	C	259 - 268
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain C and resid 269:275)	C	269 - 275
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain D and resid 1:4)	D	1 - 4
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain D and resid 5:27)	D	5 - 27
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain D and resid 28:32)	D	28 - 32
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain D and resid 33:49)	D	33 - 49
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(chain D and resid 50:54)	D	50 - 54
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(chain D and resid 55:64)	D	55 - 64
67	X-RAY DIFFRACTION	67	(chain D and resid 65:70)	D	65 - 70
68	X-RAY DIFFRACTION	68	(chain D and resid 71:96)	D	71 - 96
69	X-RAY DIFFRACTION	69	(chain D and resid 97:102)	D	97 - 102
70	X-RAY DIFFRACTION	70	(chain D and resid 103:126)	D	103 - 126
71	X-RAY DIFFRACTION	71	(chain D and resid 127:147)	D	127 - 147
72	X-RAY DIFFRACTION	72	(chain D and resid 148:156)	D	148 - 156
73	X-RAY DIFFRACTION	73	(chain D and resid 157:182)	D	157 - 182
74	X-RAY DIFFRACTION	74	(chain D and resid 183:188)	D	183 - 188
75	X-RAY DIFFRACTION	75	(chain D and resid 189:197)	D	189 - 197
76	X-RAY DIFFRACTION	76	(chain D and resid 198:202)	D	198 - 202
77	X-RAY DIFFRACTION	77	(chain D and resid 203:248)	D	203 - 248
78	X-RAY DIFFRACTION	78	(chain D and resid 249:258)	D	249 - 258
79	X-RAY DIFFRACTION	79	(chain D and resid 259:264)	D	259 - 264
80	X-RAY DIFFRACTION	80	(chain D and resid 265:275)	D	265 - 275
81	X-RAY DIFFRACTION	81	(chain E and resid 1:4)	E	1 - 4
82	X-RAY DIFFRACTION	82	(chain E and resid 5:27)	E	5 - 27
83	X-RAY DIFFRACTION	83	(chain E and resid 28:34)	E	28 - 34
84	X-RAY DIFFRACTION	84	(chain E and resid 35:40)	E	35 - 40
85	X-RAY DIFFRACTION	85	(chain E and resid 41:50)	E	41 - 50
86	X-RAY DIFFRACTION	86	(chain E and resid 51:59)	E	51 - 59
87	X-RAY DIFFRACTION	87	(chain E and resid 60:69)	E	60 - 69
88	X-RAY DIFFRACTION	88	(chain E and resid 70:78)	E	70 - 78
89	X-RAY DIFFRACTION	89	(chain E and resid 79:99)	E	79 - 99
90	X-RAY DIFFRACTION	90	(chain E and resid 100:120)	E	100 - 120
91	X-RAY DIFFRACTION	91	(chain E and resid 121:127)	E	121 - 127
92	X-RAY DIFFRACTION	92	(chain E and resid 128:143)	E	128 - 143
93	X-RAY DIFFRACTION	93	(chain E and resid 144:149)	E	144 - 149
94	X-RAY DIFFRACTION	94	(chain E and resid 150:182)	E	150 - 182
95	X-RAY DIFFRACTION	95	(chain E and resid 183:187)	E	183 - 187
96	X-RAY DIFFRACTION	96	(chain E and resid 188:199)	E	188 - 199
97	X-RAY DIFFRACTION	97	(chain E and resid 200:214)	E	200 - 214
98	X-RAY DIFFRACTION	98	(chain E and resid 215:248)	E	215 - 248
99	X-RAY DIFFRACTION	99	(chain E and resid 249:258)	E	249 - 258
100	X-RAY DIFFRACTION	100	(chain E and resid 259:275)	E	259 - 275
101	X-RAY DIFFRACTION	101	(chain F and resid 1:7)	F	1 - 7
102	X-RAY DIFFRACTION	102	(chain F and resid 8:28)	F	8 - 28
103	X-RAY DIFFRACTION	103	(chain F and resid 29:34)	F	29 - 34
104	X-RAY DIFFRACTION	104	(chain F and resid 35:50)	F	35 - 50
105	X-RAY DIFFRACTION	105	(chain F and resid 51:55)	F	51 - 55
106	X-RAY DIFFRACTION	106	(chain F and resid 56:64)	F	56 - 64
107	X-RAY DIFFRACTION	107	(chain F and resid 65:96)	F	65 - 96
108	X-RAY DIFFRACTION	108	(chain F and resid 97:108)	F	97 - 108
109	X-RAY DIFFRACTION	109	(chain F and resid 109:126)	F	109 - 126
110	X-RAY DIFFRACTION	110	(chain F and resid 127:143)	F	127 - 143
111	X-RAY DIFFRACTION	111	(chain F and resid 144:149)	F	144 - 149
112	X-RAY DIFFRACTION	112	(chain F and resid 150:182)	F	150 - 182
113	X-RAY DIFFRACTION	113	(chain F and resid 183:188)	F	183 - 188
114	X-RAY DIFFRACTION	114	(chain F and resid 189:197)	F	189 - 197
115	X-RAY DIFFRACTION	115	(chain F and resid 198:206)	F	198 - 206
116	X-RAY DIFFRACTION	116	(chain F and resid 207:216)	F	207 - 216
117	X-RAY DIFFRACTION	117	(chain F and resid 217:248)	F	217 - 248
118	X-RAY DIFFRACTION	118	(chain F and resid 249:255)	F	249 - 255
119	X-RAY DIFFRACTION	119	(chain F and resid 256:264)	F	256 - 264
120	X-RAY DIFFRACTION	120	(chain F and resid 265:275)	F	265 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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