PDB-4emh: Crystal structure of SpLsm4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4emh

タイトル

Crystal structure of SpLsm4

要素

Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Sm fold / mRNA decay / pre-mRNA splicing / Lsm proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / spliceosomal tri-snRNP complex / telomerase holoenzyme complex / U2 snRNP / P-body assembly / telomerase holoenzyme complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Jiang, S.M. / Wu, D.H. / Song, H.W.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Lsm3, Lsm4 and Lsm5/6/7 from Schizosaccharomyces pombe.
著者: Wu, D.H. / Jiang, S.M. / Bowler, M.W. / Song, H.W.

履歴

登録	2012年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4emh.cif.gz	339.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4emh.ent.gz	272.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4emh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4emh_validation.pdf.gz	650.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4emh_full_validation.pdf.gz	717.4 KB	表示
XML形式データ	4emh_validation.xml.gz	77 KB	表示
CIF形式データ	4emh_validation.cif.gz	104.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4emh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4emh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4emgC 4emkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1cph-2 6he6-1 2cro-1 4cxl-2 5hn2-d 1b17-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

B: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

C: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

D: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

E: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

F: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

G: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

H: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

I: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

J: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

K: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

L: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

M: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

N: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

O: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

P: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

Q: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

R: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

T: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

U: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

V: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

W: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

X: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

Y: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

298 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

B: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

C: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

E: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

F: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

H: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

I: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

J: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

K: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

L: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

M: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

N: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

O: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

P: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

Q: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

R: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

T: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

U: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

V: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

W: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

X: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

Y: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.121, 124.470, 131.567
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 135.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

#1: タンパク質	... Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 分子量: 12412.400 Da / 分子数: 24 / 断片: UNP RESIDUES 1-91 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: lsm4, SPBC30D10.06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14352
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1063 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, pH6.5, 0.1M NaCl, 12% polyethylene glycol (PEG) 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→92.91 Å / Num. all: 105873 / Num. obs: 105873 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→92.559 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1 / 位相誤差: 26.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2527	2034	1.93 %	Random
R_work	0.2373	-	-	-
all	0.2376	105147	-	-
obs	0.2376	105147	98.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.536 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.4326 Å²	0 Å²	0.8498 Å²
2-	-	1.721 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→92.559 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11928	0	0	1063	12991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	12143
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.308	16319
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.902	4775
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.116	1728
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2160

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.092
1	3	C	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
1	4	D	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.074
1	5	E	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073
1	6	F	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082
1	7	G	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.084
1	8	H	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.103
1	9	I	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
1	10	J	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082
1	11	K	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	12	L	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
1	13	M	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
1	14	N	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.088
1	15	O	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
1	16	P	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.098
1	17	Q	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	18	R	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
1	19	T	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	20	U	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
1	21	V	492	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	22	W	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	23	X	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
1	24	Y	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.106

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2-2.2787	0.3429	201	0.2798	9584	92
2.2787-2.3699	0.3049	199	0.2572	10282	98
2.3699-2.4778	0.2957	209	0.2521	10283	99
2.4778-2.6084	0.2665	195	0.2529	10330	99
2.6084-2.7718	0.2777	197	0.2408	10376	99
2.7718-2.9859	0.2606	206	0.2456	10373	100
2.9859-3.2864	0.2361	204	0.2354	10485	100
3.2864-3.7619	0.2452	207	0.2213	10423	100
3.7619-4.7396	0.2455	206	0.2037	10455	100
4.7396-92.6406	0.1953	210	0.2414	10522	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)