PDB-4elp: Ferric binding protein in apo form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4elp

タイトル

Ferric binding protein in apo form 2

要素

Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

キーワード

METAL TRANSPORT / beta sheet surrounded by alpha helices

機能・相同性

機能・相同性情報

outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Wang, Q. / Liu, X.Q. / Wang, X.Q.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ferric binding protein A
著者: Wang, Q. / Liu, X.Q. / Wang, X.Q.

履歴

登録	2012年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4elp.cif.gz	474 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4elp.ent.gz	393.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4elp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4elp_validation.pdf.gz	477.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4elp_full_validation.pdf.gz	501.9 KB	表示
XML形式データ	4elp_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	4elp_validation.cif.gz	68.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4elqC 4elrC 4elo C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4elo-2 1xc1-4 4elo-4 4elo-6 4elo-3 4rsm-3 4elo-1 5tcy-1 4elq-1 1xc1-1 3tx4-1 1r1n-1 1xc1-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

B: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

C: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

D: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.300, 139.227, 218.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein / Ferric binding protein A 分子量: 37022.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1628 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHV2
#2: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 28% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→50 Å / Num. all: 80373 / Num. obs: 75069 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_596)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→40.473 Å / FOM work R set: 0.8104 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2598	3711	5.04 %	random
R_work	0.1989	-	-	-
all	0.202	80373	-	-
obs	0.202	73688	91.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.644 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.2446 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.9239 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.0884 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.8355 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→40.473 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9552	0	16	382	9950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9763
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.042	13255
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.347	3647
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1712

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0686-2.0948	0.3381	113	0.2317	2181	2294	78
2.0948-2.1224	0.2953	110	0.2194	2362	2472	84
2.1224-2.1515	0.2789	139	0.1998	2357	2496	87
2.1515-2.1822	0.2866	129	0.206	2369	2498	86
2.1822-2.2148	0.3142	140	0.2089	2348	2488	84
2.2148-2.2494	0.3059	117	0.2111	2375	2492	86
2.2494-2.2863	0.3022	141	0.2169	2402	2543	87
2.2863-2.3257	0.3256	104	0.2123	2444	2548	86
2.3257-2.368	0.2871	126	0.2172	2399	2525	86
2.368-2.4135	0.3264	126	0.2217	2458	2584	88
2.4135-2.4628	0.2869	120	0.2085	2473	2593	87
2.4628-2.5163	0.2987	131	0.2048	2476	2607	88
2.5163-2.5748	0.3139	131	0.2131	2502	2633	90
2.5748-2.6392	0.2638	128	0.2057	2521	2649	88
2.6392-2.7105	0.2695	146	0.2057	2533	2679	92
2.7105-2.7903	0.2755	127	0.206	2631	2758	92
2.7903-2.8803	0.2938	127	0.2098	2645	2772	95
2.8803-2.9832	0.2857	165	0.224	2744	2909	97
2.9832-3.1026	0.2882	162	0.2119	2741	2903	98
3.1026-3.2438	0.2682	156	0.2125	2830	2986	99
3.2438-3.4147	0.2224	154	0.2062	2784	2938	100
3.4147-3.6285	0.2384	142	0.1959	2842	2984	100
3.6285-3.9085	0.2367	174	0.1874	2842	3016	100
3.9085-4.3014	0.2087	135	0.1682	2885	3020	100
4.3014-4.9229	0.2112	164	0.1625	2838	3002	99
4.9229-6.1988	0.2545	139	0.2002	2959	3098	100
6.1988-40.481	0.2443	165	0.1947	3036	3201	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1295	-0.0553	-0.0358	0.3723	-0.0737	0.2557	-0.1389	0.0421	-0.0178	-0.044	0.3142	0.0926	0.0078	-0.159	0.0988	0.0616	-0.0854	-0.018	0.1097	0.0569	0.1424	10.2241	-16.2381	-46.3973
2	0.0979	0.0152	-0.0421	0.0359	-0.0047	0.1861	-0.0977	0.0632	0.1047	0.315	0.1752	0.0698	-0.2698	-0.0461	-0.027	0.3257	0.0726	0.1239	0.0884	0.0315	0.1429	13.872	18.3487	-47.0293
3	0.0555	0.0103	-0.048	0.0675	-0.0142	0.0817	0.0256	-0.0086	-0.0442	0.0087	-0.0469	-0.1034	0.0349	0.0173	-0.021	-0.1633	-0.0745	-0.0807	0.1751	0.0452	0.0981	30.7005	-17.8762	8.0269
4	0.0997	0.0475	-0.0132	0.1015	-0.1138	0.3637	-0.1076	-0.0134	0.1601	-0.054	-0.0696	0.1293	-0.3821	0.0667	-0.1682	0.1913	-0.0959	0.0122	0.0767	0.1067	0.0321	28.6152	16.0876	7.5855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	23 - 330
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	23 - 330
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	23 - 330
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	23 - 330

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)