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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4elk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Hy19.3 type II NKT TCR | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antigen presentation / type II NKT cells | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / FORMIC ACID / MALONATE ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Girardi, E. / Maricic, I. / Wang, J. / Mac, T.T. / Iyer, P. / Kumar, V. / Zajonc, D.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Type II natural killer T cells use features of both innate-like and conventional T cells to recognize sulfatide self antigens. 著者: Girardi, E. / Maricic, I. / Wang, J. / Mac, T.T. / Iyer, P. / Kumar, V. / Zajonc, D.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 502.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 422.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | non-covalent dimer of TCR alpha and beta chains |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 23209.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Valpha1 (mouse variable domain, human constant domain) プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27993.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Vbeta16 (mouse variable domain, human constant domain) プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 422分子 






#3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 化合物 | ChemComp-MLI / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 18% PEG 4000, 0.2M ammonium citrate dibasic, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月16日 |
放射 | モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→49 Å / Num. all: 59820 / Num. obs: 59222 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2Q86 解像度: 2.1→38.233 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.882 Å2 / ksol: 0.412 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.233 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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