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- PDB-4elk: Crystal structure of the Hy19.3 type II NKT TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4elk
タイトルCrystal structure of the Hy19.3 type II NKT TCR
要素
  • Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
  • Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen presentation / type II NKT cells
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / FORMIC ACID / MALONATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Girardi, E. / Maricic, I. / Wang, J. / Mac, T.T. / Iyer, P. / Kumar, V. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / : 2012
タイトル: Type II natural killer T cells use features of both innate-like and conventional T cells to recognize sulfatide self antigens.
著者: Girardi, E. / Maricic, I. / Wang, J. / Mac, T.T. / Iyer, P. / Kumar, V. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2012年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
B: Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
C: Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
D: Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,12617
ポリマ-102,4064
非ポリマー71913
7,368409
1
A: Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
B: Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,78512
ポリマ-51,2032
非ポリマー58110
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
2
C: Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
D: Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3415
ポリマ-51,2032
非ポリマー1383
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.220, 101.530, 134.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細non-covalent dimer of TCR alpha and beta chains

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 23209.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Valpha1 (mouse variable domain, human constant domain)
プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質 Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 27993.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Vbeta16 (mouse variable domain, human constant domain)
プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 4種, 422分子

#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 18% PEG 4000, 0.2M ammonium citrate dibasic, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月16日
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49 Å / Num. all: 59820 / Num. obs: 59222 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2Q86
解像度: 2.1→38.233 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 2857 5.05 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1904 56586 95.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.882 Å2 / ksol: 0.412 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0702 Å20 Å2-0 Å2
2--2.9957 Å20 Å2
3----4.066 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.233 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6761 0 48 409 7218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0379666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4142427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13620.29431390.24392514X-RAY DIFFRACTION91
2.1362-2.17510.31161220.23512467X-RAY DIFFRACTION90
2.1751-2.21690.26931370.22932574X-RAY DIFFRACTION91
2.2169-2.26210.26351220.22622541X-RAY DIFFRACTION92
2.2621-2.31130.28161470.22242557X-RAY DIFFRACTION92
2.3113-2.36510.27291230.21242654X-RAY DIFFRACTION94
2.3651-2.42420.27741370.22032617X-RAY DIFFRACTION95
2.4242-2.48980.28571540.21972622X-RAY DIFFRACTION95
2.4898-2.5630.25291400.21872650X-RAY DIFFRACTION95
2.563-2.64570.28461470.20912688X-RAY DIFFRACTION97
2.6457-2.74020.25831490.21392704X-RAY DIFFRACTION97
2.7402-2.84990.24791420.20122729X-RAY DIFFRACTION97
2.8499-2.97960.25181340.18892722X-RAY DIFFRACTION97
2.9796-3.13660.2131620.17662741X-RAY DIFFRACTION98
3.1366-3.3330.23761410.18292808X-RAY DIFFRACTION99
3.333-3.59020.21141300.18182794X-RAY DIFFRACTION99
3.5902-3.95120.18771650.16722787X-RAY DIFFRACTION99
3.9512-4.52210.16191560.1342802X-RAY DIFFRACTION98
4.5221-5.69440.18041580.15142832X-RAY DIFFRACTION98
5.6944-38.23930.25661520.23332926X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09590.0470.1250.2842-0.06430.2180.10870.05340.0241-0.0167-0.1278-0.05730.07570.13630.0250.14390.02990.04580.11140.0360.1109-1.2871-9.2272-19.7664
20.36420.14140.310.05480.11950.26570.05670.0230.0369-0.0488-0.1184-0.23160.2844-0.21220.01080.3450.02540.07810.14080.00660.2153-7.843-12.1503-13.6494
30.24080.06970.24480.22920.26810.4388-0.0025-0.04850.0835-0.064-0.1032-0.01230.48630.0575-0.03580.35930.03180.04660.17190.05610.2315-3.8201-17.2161-22.9877
40.31360.10430.13540.2372-0.03610.44730.1470.03870.1287-0.0595-0.1835-0.0060.34930.02530.02690.23350.01470.04580.19750.02410.1616-4.9989-8.5097-15.1742
51.23520.4145-0.1950.1413-0.06340.03160.0061-0.0736-0.1394-0.4050.06930.0356-0.2311-0.13590.03940.45140.0446-0.01090.1349-0.02680.1405-15.91964.9309-30.1452
60.68320.2176-0.42510.9105-0.31891.23710.0896-0.04330.0209-0.4062-0.1047-0.2443-0.6190.0647-0.02570.37420.03010.0680.19330.02280.2761-16.139521.27-24.4727
70.99390.1948-0.40141.27910.08421.0086-0.10970.23060.003-0.2353-0.12520.029-0.0357-0.28850.05970.26340.0544-0.01490.2264-0.0390.1499-24.07378.6777-25.0348
80.37480.0320.0380.7207-0.6150.53630.01380.05880.1682-0.20920.1144-0.133-0.67710.1211-0.08160.6062-0.08220.11390.26090.07690.4241-12.250730.6114-22.8026
90.6408-0.4682-0.31191.21070.21790.85210.49220.20730.0609-0.6633-0.3593-0.162-0.33490.0963-0.03530.60290.10520.12410.26320.0390.3483-14.834222.8942-34.1652
100.7104-0.56130.22890.52890.01150.819-0.1535-0.34430.20070.16180.0475-0.0670.0180.0880.07990.2071-0.0607-0.01630.2458-0.03320.2505-8.81414.76465.2638
110.9558-0.51210.25430.90670.59031.0248-0.0187-0.20570.09240.08550.1117-0.20520.16710.18550.01320.22860.02670.01070.28240.03860.2072-1.4359-6.77813.3595
120.8536-0.63380.45131.0560.41661.1916-0.0586-0.418-0.04750.1129-0.1293-0.24560.14750.0667-0.07440.1393-0.042-0.01560.30490.05470.177-4.2354-1.32585.9763
130.8514-0.28780.34960.3567-0.36540.3804-0.0904-0.1271-0.03580.20330.0760.00730.31450.0052-0.04880.30690.00480.06860.26950.030.1103-7.3045-14.426-3.5517
140.2687-0.2319-0.34741.1604-0.48161.0851-0.0461-0.03240.2851-0.206-0.128-0.0054-0.15710.1955-0.40650.2162-0.0901-0.05090.163-0.01940.2461-6.701917.40422.3172
150.6862-0.111-0.19710.8466-0.22070.82780.1198-0.01560.1648-0.076-0.0993-0.0747-0.2694-0.27050.04290.2470.067-0.05440.1914-0.02480.2149-23.567618.6259-16.3026
160.19660.4160.19260.90940.14811.697-0.0077-0.1844-0.0294-0.0333-0.0326-0.3265-0.00890.1734-0.00520.17890.0239-0.04260.2404-0.01750.3417-15.715.144-12.0764
170.58680.3242-0.5490.7957-0.23770.58020.277-0.0064-0.07440.1426-0.2551-0.007-0.2064-0.22960.12490.22590.0194-0.04580.2208-0.07350.2087-24.624819.302-6.9069
180.40210.23660.12860.3586-0.06571.674-0.0865-0.0394-0.0323-0.12550.0466-0.04550.3138-0.22520.03250.2935-0.01720.03470.2009-0.02170.1833-8.6093-7.9104-41.4222
190.63240.1610.07281.6087-0.14440.0549-0.18590.0426-0.0769-0.16110.16080.210.0387-0.0225-0.96110.22760.0020.08480.1160.03640.0993-6.9193-5.6998-46.4487
201.82850.90790.94390.79520.35311.3374-0.2617-0.1147-0.2246-0.1897-0.0421-0.184-0.21920.38450.0160.23480.02930.03710.36750.05560.176812.0864-4.2757-28.7383
211.2424-0.2734-0.14661.4514-0.29150.2887-0.324-0.4088-0.10430.39630.11080.0006-0.13790.1521-0.08270.27440.0897-0.05260.4865-0.03630.169722.35587.279-28.7595
220.24350.24710.20690.92220.25840.1858-0.17190.1895-0.0871-0.32680.1227-0.1541-0.02590.19-0.02150.1509-0.07340.06990.1637-0.03310.18782.80564.0058-64.1947
230.8862-0.549-0.14750.6035-0.24210.4438-0.04780.13530.08630.0967-0.03490.032-0.0392-0.14660.05660.1567-0.0568-0.00260.1682-0.01340.1493-9.06324.5647-59.2944
241.39220.30930.44870.883-0.15380.9466-0.14210.24060.05760.11730.10780.07350.14780.04170.0410.2024-0.05350.04170.1871-0.02490.1925-3.94212.6141-62.7423
250.65610.4030.07650.66370.31010.6403-0.24040.1257-0.0659-0.13540.09760.0641-0.26390.10070.02260.2075-0.0889-0.06080.22280.01340.252210.365918.1843-55.6854
260.2422-0.01030.18940.59350.280.4219-0.1537-0.1413-0.01380.04010.1384-0.0380.05940.29260.05150.12410.0524-0.00770.3974-0.00950.173425.23745.4748-40.7806
270.4020.3224-0.36181.02310.44231.1288-0.163-0.1022-0.0461-0.08550.00510.4551-0.02760.23870.09680.22540.00740.00160.272-0.02630.312416.21899.1761-43.6225
280.39610.138-0.16110.34670.35520.6427-0.1592-0.10180.0421-0.05060.0147-0.1050.03840.6068-0.11240.145-0.01520.02980.44820.03860.240326.11587.5354-49.2268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:39)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 40:54)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 55:77)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 78:107)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 108:121)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 122:161)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 162:178)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 179:188)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 189:204)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 3:19)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 20:69)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 70:96)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 97:109)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 110:124)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 125:162)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 163:188)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 189:244)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 3:77)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 78:107)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 108:121)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resseq 122:207)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 2:31)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 32:65)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resseq 66:109)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 110:124)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 125:162)
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 163:188)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 189:244)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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