PDB-4eld: Crystal Structure of an Activated Variant of Small Heat Shock Pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eld

タイトル

Crystal Structure of an Activated Variant of Small Heat Shock Protein Hsp16.5

要素

Small heat shock protein HSP16.5

キーワード

CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

protein complex oligomerization / response to salt stress / protein folding chaperone / response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / protein stabilization / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.701 Å

データ登録者

Spiller, B.W. / Mchaourab, H.S. / Lin, Y.-L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of an activated variant of small heat shock protein hsp16.5.
著者: McHaourab, H.S. / Lin, Y.L. / Spiller, B.W.

履歴

登録	2012年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月11日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eld.cif.gz	107.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eld.ent.gz	84.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eld_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eld_full_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示
XML形式データ	4eld_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	4eld_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4eld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4eld	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1shsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ipo-1 5cw0-1 10097 6jja-1 5042 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (4) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Small heat shock protein HSP16.5

B: Small heat shock protein HSP16.5

35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Small heat shock protein HSP16.5

B: Small heat shock protein HSP16.5

x 24

ソフトウェアが定義した集合体
852 kDa, 48 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.583, 184.583, 184.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 48:149 ) and (not element H) and (not element D)	A	0
2	1	1	chain 'B' and (resseq 48:149 ) and (not element H) and (not element D)	B	0

#1: タンパク質	Small heat shock protein HSP16.5 / MJ16.5-P1 分子量: 17755.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ0285 / プラスミド: pET20b-derived / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57733
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Small heat shock protein HSP16.5 / MJ16.5-P1

分子量: 17755.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ0285 / プラスミド: pET20b-derived / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57733

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 20 mM Tris, pH 8.0, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月30日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 15068 / Num. obs: 14902 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 80 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 2.7→2.9 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SERGUI	データ収集
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SHS

1shs

解像度: 2.701→49.332 Å / SU ML: 0.75 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2367	1491	10.01 %	RANDOM, THROUGHOUT
R_work	0.2138	-	-	-
obs	0.2161	14902	98.92 %	-
all	-	15068	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 67.621 Å² / k_sol: 0.362 e/Å³

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.75 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.701→49.332 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1791	0	0	10	1801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1815
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	2450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.865	708
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	313

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	797	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.1
1	2	B	797	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.701-2.7882	0.3734	134	0.3556	1204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7882-2.8879	0.347	135	0.3331	1216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8879-3.0035	0.3395	133	0.3031	1198	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0035-3.1402	0.3475	134	0.2708	1209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1402-3.3057	0.2583	135	0.2607	1206	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3057-3.5127	0.2781	134	0.2367	1209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5127-3.7839	0.253	135	0.2222	1218	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7839-4.1645	0.2172	136	0.2113	1219	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1645-4.7667	0.1769	135	0.162	1223	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7667-6.0038	0.22	139	0.1758	1244	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0038-49.3401	0.2229	141	0.2124	1265	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1395	-0.0361	0.0772	1.5882	1.4442	1.3222	-0.7819	1.9296	-1.0988	-4.6219	0.7176	-1.1305	-0.9588	0.3698	0.042	0.9873	0.0249	0.1092	1.1325	-0.4164	1.1492	-35.3334	14.5398	49.9878
2	4.1516	0.972	-0.9788	1.8209	-0.6548	3.8365	0.0211	-0.2672	-0.3309	-0.3499	-0.0191	0.1685	0.1721	-0.28	-0.0016	0.5574	0.0246	-0.0123	0.4952	-0.0515	0.7179	-38.3256	17.5651	59.5583
3	0.414	4.0068	0.2017	2.3614	-0.8924	1.6047	-0.7107	1.1282	0.2852	-0.6046	0.7505	0.6377	-0.0216	-0.4177	-0.003	0.7778	-0.0697	-0.05	0.8735	0.0433	1.0256	-32.3138	34.8373	50.8022
4	2.2721	-2.3172	-0.2225	2.0175	0.2681	6.6366	0.1623	-0.3163	-0.5904	0.1658	-0.4986	-0.3217	0.6811	-0.3308	-0.0016	0.7035	-0.0121	-0.0022	0.5461	-0.0455	0.6966	-40.1386	11.8179	64.4365
5	0.7415	-0.2956	0.3934	0.5017	0.097	0.4044	-0.1912	-0.4024	-0.5601	2.086	0.3219	-1.8056	0.0747	-0.45	0.001	0.8088	0.1635	-0.0837	0.7995	0.0169	0.8854	-39.1679	-13.0901	67.6174
6	0.1828	-0.134	-0.6104	0.0254	0.0344	0.5221	0.4869	-0.6362	0.2867	-0.5984	-0.4494	-0.1419	-0.3029	1.3752	0.0004	0.77	0.0274	0.2461	0.9247	-0.1638	1.3755	-15.1426	31.232	50.6955
7	1.173	0.5338	1.3405	1.3737	1.3134	2.0607	-0.0222	0.0214	-0.1677	-0.8269	-0.0534	-0.4617	0.2179	-0.0886	-0	0.5529	0.0826	-0.0934	0.6574	-0.0305	0.7079	-22.1225	39.0132	56.5058
8	0.7951	-0.7447	0.5317	1.3644	1.3711	2.7468	-0.3739	-0.1982	-0.0095	0.3755	-0.3186	-2.1484	1.0099	1.2091	-0.062	0.6188	0.0883	-0.1401	0.9525	0.1021	1.4992	-13.1748	33.4405	62.5892
9	0.1263	0.1467	-0.3637	0.3353	-0.3917	1.432	1.8449	-1.6454	-0.1926	2.0123	-1.6039	-0.482	-0.0721	2.6233	0.0512	0.7244	0.0269	-0.151	0.7696	0.2716	1.3013	-24.6094	10.2272	65.1234
10	1.9494	-0.4002	0.0723	0.2541	-0.1154	1.8686	-0.9088	0.7873	-1.9561	-0.1731	-0.1419	-2.5759	0.3053	0.2084	0.0004	1.0244	0.0197	0.0851	0.7477	-0.0218	1.412	-25.1199	12.3781	55.884
11	0.6263	0.9594	1.0381	1.4274	1.2746	1.4144	-0.178	-1.0488	-1.2251	-2.2988	0.1958	-3.4579	0.4715	0.6393	0.0706	0.6482	0.2355	0.4168	0.8885	0.1194	1.9121	-12.3177	30.5169	55.0393
12	0.6726	0.4251	-0.0135	0.8968	-0.7064	0.6165	-0.3019	1.2106	0.2726	0.7213	-0.5303	0.1988	-1.6313	-1.6815	-0.0135	0.6229	-0.1375	-0.1355	0.8794	0.0688	0.8832	-12.1839	47.165	60.2129
13	2.492	-1.884	-0.2514	2.2824	1.9118	3.6951	0.2211	-0.7741	0.023	0.4753	-0.9303	0.4009	-0.201	0.4857	-0.0026	0.4668	-0.0278	-0.0889	0.7174	-0.073	0.8381	-20.5718	42.2136	61.2903
14	1.1526	1.0053	-0.4009	0.4795	-0.4482	0.3116	-0.6767	0.0381	0.5722	1.6047	-0.0687	-1.135	-2.1393	0.1473	0.0041	0.7632	0.1149	-0.0405	0.8417	0.068	0.8195	-18.4196	64.058	46.4702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 45:58)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 59:96)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 97:124)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 125:153)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 154:161)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 48:58)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 59:78)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 79:96)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 97:106)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 107:117)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 118:124)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 125:134)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 135:153)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 154:161)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)