PDB-4ekx: Crystal Structure of YLDV 14L IL-18 Binding Protein in Complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ekx

タイトル

Crystal Structure of YLDV 14L IL-18 Binding Protein in Complex with Human IL-18

要素

14L protein
Interleukin-18

キーワード

CYTOKINE/Viral protein / Binding Protein / beta trefoil / Immunoglobulin fold / YLDV / Yaba / yatapoxvirus / 14L / Cytokine Signaling / CYTOKINE-Viral protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation / negative regulation of myoblast differentiation ...interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation / negative regulation of myoblast differentiation / Interleukin-1 processing / sleep / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / natural killer cell activation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / type 2 immune response / triglyceride homeostasis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / T-helper 1 type immune response / natural killer cell mediated cytotoxicity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / Pyroptosis / establishment of skin barrier / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cholesterol homeostasis / cytokine activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / cell-cell signaling / peptidase activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yaba-like disease virus (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Krumm, B.E. / Xiang, Y. / Deng, J.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: A unique bivalent binding and inhibition mechanism by the yatapoxvirus interleukin 18 binding protein.
著者: Krumm, B. / Meng, X. / Wang, Z. / Xiang, Y. / Deng, J.

履歴

登録	2012年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Data collection
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4ekx.ent.gz	183.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ekx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ekx_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ekx_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	4ekx_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	4ekx_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/4ekx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/4ekx	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)

登録構造単位

C: 14L protein

B: Interleukin-18

D: Interleukin-18

A: 14L protein

63.4 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
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2

C: 14L protein

D: Interleukin-18

ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Interleukin-18

A: 14L protein

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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.363, 41.156, 100.843
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.900, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	14L protein 分子量: 13732.985 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-136 / 変異: C67S, C112S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yaba-like disease virus (ウイルス) 遺伝子: 14L / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami 2 / 参照: UniProt: Q9DHU8
#2: タンパク質	Interleukin-18 / IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 ...IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 gamma / IL-1 gamma 分子量: 17959.145 Da / 分子数: 2 / 変異: C38S, K67A, C68S, E69A, K70A, I71A, C76S, C127S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGIF, IL-18, IL18, IL1F4 / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14116
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 12% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 61263 / Num. obs: 61221 / B_iso Wilson estimate: 30.1 Å²

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 1.75→33.21 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	3083	5.04 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.192	61221	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.16 Å² / k_sol: 0.39 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.1612 Å²	0 Å²	-0.0894 Å²
2-	-	16.1153 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.9541 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4047	0	0	240	4287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	5641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.202	1617
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	724

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7773	0.3657	107	0.3214	2479	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7773-1.8064	0.3423	139	0.2882	2538	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8064-1.8376	0.3323	141	0.2712	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8376-1.871	0.347	131	0.2533	2588	X-RAY DIFFRACTION	96
1.871-1.907	0.2763	147	0.2317	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.907-1.9459	0.3188	130	0.215	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9459-1.9882	0.2458	139	0.2096	2606	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9882-2.0345	0.2134	131	0.1912	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0345-2.0853	0.2035	140	0.1917	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0853-2.1417	0.2624	149	0.1918	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1417-2.2047	0.2457	136	0.1985	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2047-2.2758	0.2445	143	0.1996	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2758-2.3572	0.2287	125	0.1861	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3572-2.4515	0.2445	173	0.2007	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4515-2.5631	0.2315	131	0.2012	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5631-2.6981	0.223	151	0.2048	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6981-2.8671	0.2592	163	0.2071	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8671-3.0883	0.2344	148	0.195	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0883-3.3988	0.2224	156	0.1886	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3988-3.89	0.2219	148	0.18	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.8984	0.1764	128	0.1405	2699	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8984-33.206	0.2371	127	0.1992	2559	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7194	1.4673	1.7175	2.2017	-0.355	4.9122	0.1074	-1.4034	0.6543	-0.0237	-0.2878	0.21	-0.9317	-1.6667	0.3161	0.3581	0.1296	0.0064	0.5671	-0.0919	0.3735	19.9753	-6.7013	-10.4704
2	3.3462	-0.4802	-0.8544	3.0153	1.2286	4.2336	-0.032	0.3415	-0.0469	-0.1424	0.1177	0.315	0.1913	-0.145	-0.0865	0.3258	0.0272	-0.0822	0.3664	-0.0034	0.3592	12.2758	-16.0925	-28.7503
3	3.1172	1.0144	3.224	1.3306	2.8695	7.4359	-0.0247	-0.5491	0.4802	0.1139	0.1326	-0.1025	-0.2441	-0.4936	-0.0004	0.318	0.0831	-0.0357	0.3583	-0.0818	0.3504	20.0987	-5.9507	-17.3477
4	5.5071	-3.2708	0.5141	1.9296	-0.2044	4.0115	-0.6713	0.065	2.0783	0.0393	-0.1112	-0.3281	-2.4857	-0.3786	0.7136	0.5692	0.1661	-0.1723	0.3734	-0.0495	0.682	29.2175	2.7073	-12.1814
5	2.5667	-0.827	-0.4339	4.4441	0.7662	2.2963	-0.0812	-0.1935	0.1004	-0.2377	0.1647	-0.5574	0.1056	0.1449	-0.081	0.2541	0.0818	-0.0055	0.2738	-0.0038	0.2963	28.8088	-15.0628	-19.1743
6	6.8043	-0.1131	-0.5199	4.3063	2.2649	1.9771	-0.0006	0.8315	0.4805	0.0268	0.3089	-0.0507	-0.7769	-0.2071	-0.1539	0.3166	0.0849	0.0055	0.2873	-0.0393	0.3512	33.1159	-18.9411	-27.3159
7	3.147	-0.7435	-0.2244	4.165	2.2016	3.4442	0.3812	0.7197	0.0625	-0.611	-0.3122	-0.1261	-0.2539	-0.0976	0.0074	0.3626	0.1334	-0.0239	0.3531	-0.0149	0.3038	25.8125	-12.2907	-29.8612
8	4.8416	2.5128	2.5869	6.2732	1.4892	5.773	-0.5967	0.1455	0.9531	-0.2068	0.606	-0.9636	-0.5097	0.9877	-0.5611	0.3498	0.0793	-0.089	0.2922	-0.0419	0.4835	23.0957	-0.5698	-21.2275
9	3.0612	0.3931	0.8983	2.1631	0.8493	3.4057	0.0782	0.0555	-0.3118	-0.2963	0.017	-0.2579	0.226	-0.1485	-0.0824	0.328	0.0227	-0.0357	0.2654	-0.0421	0.3404	20.9362	-20.2091	-29.8376
10	2.8109	2.1185	2.2709	3.837	3.5232	3.4114	0.0617	-0.2798	-0.253	-0.0572	0.0739	-0.0655	0.017	0.0064	-0.1066	0.3311	0.0253	-0.0418	0.2699	0.0014	0.3082	25.5925	-14.7542	-15.4694
11	9.3603	7.7684	7.1168	6.9555	6.2143	5.5092	0.3255	-1.0281	-0.0088	0.4734	-0.586	0.4514	0.4653	-0.5032	0.3515	0.3365	0.0097	0.0139	0.3262	0.0145	0.3298	20.9352	-16.9093	-14.4414
12	7.8384	-1.7412	0.1861	6.819	-1.2651	8.3828	-0.1364	-0.1999	-1.0342	0.4618	0.22	0.9322	0.6644	-0.737	-0.2941	0.3427	-0.0492	-0.0856	0.2705	0.064	0.496	10.982	-23.5274	-22.2775
13	0.7283	-0.8956	0.2235	1.6352	-0.9846	2.9155	-0.2664	-0.0583	0.0314	0.1094	0.2159	-0.2573	-0.4331	0.5068	-0.0142	0.3407	-0.0923	0.0096	0.4574	0.0162	0.3545	-5.5904	6.8284	-35.6785
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精密化 TLSグループ

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31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 70:80)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 81:85)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain D and resid 86:94)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain D and resid 95:107)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain D and resid 108:113)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain D and resid 114:127)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 128:135)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 136:146)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 147:156)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain A and resid 24:29)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain A and resid 30:42)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain A and resid 43:48)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain A and resid 49:52)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain A and resid 53:64)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain A and resid 65:72)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain A and resid 73:80)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain A and resid 89:93)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain A and resid 94:104)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain A and resid 105:117)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain A and resid 118:127)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain A and resid 128:132)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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