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- PDB-4ejs: Structure of yeast elongator subcomplex Elp456 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ejs
タイトルStructure of yeast elongator subcomplex Elp456
要素
  • Elongator complex protein 4
  • Elongator complex protein 5
  • Elongator complex protein 6
キーワードTRANSCRIPTION / Elongator subcomplex Elp456 / RecA-ATPase-like domain fold
機能・相同性
機能・相同性情報


elongator holoenzyme complex / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / tRNA modification / peroxisome / regulation of translation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus ...elongator holoenzyme complex / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / tRNA modification / peroxisome / regulation of translation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Elongator complex protein 4 / Elongator complex protein 6 / Elongator complex protein 5 / PAXNEB protein / Elongator subunit Iki1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongator complex protein 5 / Elongator complex protein 4 / Elongator complex protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.606 Å
データ登録者Lin, Z. / Zhao, W. / Long, J. / Shen, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of elongator subcomplex Elp4-6
著者: Lin, Z. / Zhao, W. / Diao, W. / Xie, X. / Wang, Z. / Zhang, J. / Shen, Y. / Long, J.
履歴
登録2012年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongator complex protein 4
B: Elongator complex protein 5
C: Elongator complex protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7543
ポリマ－100,7543
非ポリマー00
水34219
1
A: Elongator complex protein 4
B: Elongator complex protein 5
C: Elongator complex protein 6

A: Elongator complex protein 4
B: Elongator complex protein 5
C: Elongator complex protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,5096
ポリマ－201,5096
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area12160 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area55470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.513, 186.513, 186.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Elongator complex protein 4 / Gamma-toxin target 7 / HAT-associated protein 1


分子量: 42230.098 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-438 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: ELP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02884
#2: タンパク質 Elongator complex protein 5 / Gamma-toxin target 5 / HAT-associated protein 2 / Protein IKI1


分子量: 27623.412 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: ELP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38874
#3: タンパク質 Elongator complex protein 6 / Gamma-toxin target 6 / HAT-associated protein 3


分子量: 30900.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: ELP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04868
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-tris propane, 0.8M DL-Malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.8 Å / Num. all: 32981 / Num. obs: 32701 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 51.22 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.606→39.765 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8415 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 1661 5.08 %RANDOM
Rwork0.1737 ---
obs0.1762 32701 99.1 %-
all-32981 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.804 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 164.03 Å2 / Biso mean: 62.0096 Å2 / Biso min: 18.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.606→39.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5483 0 0 19 5502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1457619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2341991
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6056-2.69870.28831530.21752963311697
2.6987-2.80670.28581680.20633040320898
2.8067-2.93440.3021550.20673093324899
2.9344-3.08910.28461650.201430983263100
3.0891-3.28250.25341780.19283081325999
3.2825-3.53580.22311670.171731053272100
3.5358-3.89140.23051580.161531303288100
3.8914-4.45380.20111570.140631623319100
4.4538-5.60880.18691930.145431453338100
5.6088-39.76930.20231670.19653223339099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 86.2584 Å / Origin y: -23.2347 Å / Origin z: -22.7508 Å
111213212223313233
T0.2302 Å2-0.0298 Å20.0029 Å2-0.1032 Å20.0533 Å2--0.1997 Å2
L1.3436 °2-0.1694 °20.0498 °2-0.582 °2-0.2168 °2--1.0505 °2
S0.0072 Å °0.0396 Å °0.2359 Å °-0.1508 Å °-0.0238 Å °0.0089 Å °0.1413 Å °-0.0723 Å °0.0021 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 67:367 OR RESID 501:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:272 OR RESID 301:313 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 7:234 OR RESID 301:304 ) )A67 - 367
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 67:367 OR RESID 501:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:272 OR RESID 301:313 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 7:234 OR RESID 301:304 ) )A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 67:367 OR RESID 501:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:272 OR RESID 301:313 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 7:234 OR RESID 301:304 ) )C2 - 272
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 67:367 OR RESID 501:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:272 OR RESID 301:313 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 7:234 OR RESID 301:304 ) )C301 - 313
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 67:367 OR RESID 501:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:272 OR RESID 301:313 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 7:234 OR RESID 301:304 ) )B7 - 234
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 67:367 OR RESID 501:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:272 OR RESID 301:313 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 7:234 OR RESID 301:304 ) )B301 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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