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- PDB-4ejf: Allosteric peptides that bind to a caspase zymogen and mediate ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ejf
タイトルAllosteric peptides that bind to a caspase zymogen and mediate caspase tetramerization
要素
  • Caspase-6
  • phage-derived peptide 419
キーワードHYDROLASE / Caspase-6 / zymogen / C163A / Caspase / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / cellular response to staurosporine / positive regulation of necroptotic process / hepatocyte apoptotic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing ...caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / cellular response to staurosporine / positive regulation of necroptotic process / hepatocyte apoptotic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / epithelial cell differentiation / cysteine-type peptidase activity / activation of innate immune response / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues ...Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Caspase-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6465 Å
データ登録者Murray, J.M.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / : 2012
タイトル: Allosteric peptides bind a caspase zymogen and mediate caspase tetramerization.
著者: Stanger, K. / Steffek, M. / Zhou, L. / Pozniak, C.D. / Quan, C. / Franke, Y. / Tom, J. / Tam, C. / Elliott, J.M. / Lewcock, J.W. / Zhang, Y. / Murray, J. / Hannoush, R.N.
履歴
登録2012年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Derived calculations
改定 1.22012年9月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-6
B: Caspase-6
C: Caspase-6
D: Caspase-6
E: phage-derived peptide 419
F: phage-derived peptide 419
G: phage-derived peptide 419
H: phage-derived peptide 419
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,34310
ポリマ-137,1538
非ポリマー1902
5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14220 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area39330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.299, 105.692, 91.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.181619, -0.007389, 0.983341), (-0.005804, -0.999946, -0.008586), (0.983352, -0.007267, 0.181566)7.62406, -73.454498, -8.27234
2given(-0.999997, 0.0012, 0.001894), (0.001271, 0.999279, 0.037935), (-0.001847, 0.037937, -0.999278)51.153, -1.91358, 45.631199
3given(-0.956126, -0.292951, 0.001682), (-0.2929, 0.955817, -0.024969), (0.005707, -0.024366, -0.999687)46.112301, 7.81898, 44.403198
4given(-0.190634, 0.069836, 0.979174), (-0.000554, -0.997474, 0.071033), (0.981661, 0.012999, 0.190191)13.9373, -75.587097, -5.83303
5given(0.122646, 0.218388, -0.968124), (-0.005248, -0.975332, -0.220679), (-0.992437, 0.032146, -0.118475)56.855099, -68.173103, 52.1763

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要素

#1: タンパク質
Caspase-6 / CASP-6 / Apoptotic protease Mch-2 / Caspase-6 subunit p18 / Caspase-6 subunit p11


分子量: 32055.627 Da / 分子数: 4 / 変異: C163A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP6, MCH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P55212, caspase-6
#2: タンパク質・ペプチド
phage-derived peptide 419


分子量: 2232.581 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaThiocyanate pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→80.148 Å / Num. all: 34281 / Num. obs: 34281 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.28 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.64-2.793.80.4561.71878549930.45699.8
2.79-2.963.80.2982.61779347320.29899.8
2.96-3.163.70.23.91651044100.299.8
3.16-3.423.70.1246.21555341550.12499.8
3.42-3.743.70.07510.11408537800.07599.8
3.74-4.183.70.05713.21285334690.05799.9
4.18-4.833.70.04317.31116830470.04399.6
4.83-5.923.60.04516.4930225720.04599.5
5.92-8.373.70.03918.6752120060.03999.8
8.37-80.1483.60.02126.6405211170.02199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_713精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NR2
解像度: 2.6465→58.933 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.72 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 1718 5.02 %
Rwork0.1882 --
obs0.1907 34192 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.754 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 202.79 Å2 / Biso mean: 44.3314 Å2 / Biso min: 13.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.5681 Å2-0 Å26.5607 Å2
2---2.8825 Å2-0 Å2
3---12.4506 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6465→58.933 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8196 0 10 279 8485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038359
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72611259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3433044
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6465-2.72440.31041530.256426752828100
2.7244-2.81230.33881320.251127342866100
2.8123-2.91280.31510.234126662817100
2.9128-3.02950.28771450.22262689283499
3.0295-3.16730.26451280.210327152843100
3.1673-3.33430.26341300.200427172847100
3.3343-3.54320.26441520.1926992851100
3.5432-3.81670.23441620.170726882850100
3.8167-4.20070.2191420.151627272869100
4.2007-4.80830.16691330.13862712284599
4.8083-6.0570.18931330.17852735286899
6.057-58.94710.23111570.20252717287498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52920.4548-0.08182.91080.05332.13690.3052-0.14280.26480.03410.07180.0539-0.3748-0.037-0.22330.15980.01310.03720.35360.0180.29895.2128-21.24836.9841
23.1286-0.9833-1.48451.39220.88954.43740.72750.40061.5457-0.03820.25111.624-0.8935-0.0888-0.08570.09870.089-0.45160.58080.3042-0.3623-1.7404-19.532124.8695
31.91220.1129-0.39721.562-0.44031.79720.0979-0.11640.4807-0.1069-0.0557-0.0785-0.4219-0.0372-0.0290.20390.02040.01980.336-0.00720.28288.68-15.486134.6382
41.6863-0.4444-1.04731.6777-0.05523.9248-0.03710.0470.0058-0.1024-0.1293-0.44150.33370.54690.18850.2315-00.07980.3707-0.00030.348815.5191-23.080333.8508
53.34990.28470.5562.32711.07212.58950.07840.53980.1098-0.47250.04730.16440.11030.010.04760.2687-0.0015-0.02680.34330.01340.32875.9253-29.710925.3829
62.38660.62880.61171.9356-0.12372.39620.10150.2069-0.1502-0.10480.19360.28020.1846-0.3104-0.23750.1934-0.0039-0.03160.38190.05180.272-3.3835-31.439730.5529
71.82990.3443-1.70354.63940.78182.58840.27261.2101-0.6215-1.0244-0.02930.80731.0224-0.9722-0.13670.5162-0.1896-0.21070.8157-0.11130.3697-4.789-37.668719.4716
85.05040.25040.99172.6034-1.54563.6344-0.0791-0.6931-0.0979-0.17820.41140.15370.0924-0.7672-0.06220.3371-0.05980.08320.3371-0.07480.159-0.8892-27.285247.8214
93.4411-3.0372-0.60257.0307-1.1311.93970.02550.4316-0.5866-0.33940.23230.6797-0.0794-0.4032-0.13140.2398-0.00130.03070.49370.04940.4206-10.4011-49.339438.7954
108.1010.7033-1.20941.66850.06862.2717-0.0940.5009-0.5964-0.43270.4479-0.8399-0.06390.7392-0.06230.18270.1422-0.01230.29880.20920.527722.6584-58.20737.7347
116.87471.2583-0.25082.0763-0.24461.7168-0.06-0.6622-0.45790.41580.0839-0.30150.02840.2321-0.01670.3482-0.0054-0.07810.3690.08190.282117.0131-55.865247.769
121.8332-1.0184-0.82031.1530.60541.2741-0.0141-0.1893-0.3131-0.22340.0059-0.02460.0937-0.0558-0.05410.2295-0.0458-0.0480.25220.0960.27212.4646-58.351534.7917
132.04811.495-0.88843.1211-0.49391.6803-0.28811.32930.5189-0.86480.47620.39680.2441-0.0162-0.11390.36480.0137-0.0330.44880.09790.29927.7006-53.185926.8241
142.54150.69680.31331.73850.35181.5228-0.17990.0540.3528-0.0028-0.0002-0.41050.12620.28080.14750.21140.0173-0.01480.30160.11250.324615.6814-46.373939.1345
152.0347-0.12650.29631.14620.37071.4286-0.0719-0.30430.17650.06480.1130.0718-0.06480.1106-0.01130.2745-0.0521-0.03590.42070.09190.211.3502-43.745448.3052
163.46180.2486-0.70723.95370.21962.08650.1801-0.81540.33470.46680.0378-0.1689-0.12560.7311-0.12740.2267-0.0767-0.03990.6596-0.00490.061712.049-41.136847.375
172.7329-1.2439-0.93857.91322.6963.57680.13220.538-0.0231-0.7386-0.1115-0.1721-0.1236-0.0248-0.15080.363-0.02890.0860.3212-0.04960.260149.4655-24.401-9.2901
183.66930.3609-3.04782.4494-2.32758.19680.7393-0.23790.77011.15650.3637-0.119-0.0994-0.2854-0.1720.192-0.07170.11460.3532-0.22430.457842.365-15.680922.8073
192.60880.5839-1.81391.3716-0.4855.6210.4101-0.17340.87860.69290.6082-0.8025-0.89970.4707-0.24690.29880.0148-0.11630.4837-0.25890.550153.077-17.830519.3567
200.9013-0.3493-0.05241.08531.5271.7290.1613-0.17470.3730.0798-0.0827-0.1047-0.25560.0923-0.07360.2798-0.0097-0.00290.2399-0.0690.383641.2906-15.513112.4642
212.54981.1361-2.02683.1615-1.03154.7182-0.33220.3270.1612-0.35990.42650.2780.6009-1.20820.03750.2553-0.02910.0030.2614-0.04210.283734.3805-20.79036.3408
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256.1810.21470.06542.20681.2183.23660.21710.1081-0.0072-1.0515-0.2401-0.616-0.34280.5273-0.08010.31970.03370.06120.3133-0.02450.325251.9907-25.4679-3.672
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322.9209-0.4839-0.68693.82330.63772.26990.06630.32310.491-0.397-0.06830.31910.0073-0.6932-0.05050.2636-0.02070.02670.34620.06270.180638.9281-39.1743-3.3458
333.13330.7809-0.8193.75241.11625.17170.108-0.00930.56240.31410.06480.16420.13150.046-0.00640.28220.03840.01910.4785-0.04750.279724.8824-15.535524.5506
342.9587-0.3286-0.30523.07360.27154.1886-0.0860.00240.3303-0.0926-0.4271-0.6095-0.12380.00680.06420.34060.0238-0.03010.38010.02120.226427.1961-15.148422.3052
351.63150.8029-0.87483.68140.34322.75110.5819-0.54680.20190.1802-0.331-0.5308-0.04070.4226-0.12720.30290.01410.02640.4917-0.03690.450528.8115-58.896822.2528
363.4789-1.1478-0.85364.89960.05373.397-0.0412-0.31350.18110.38280.0944-0.6030.388-0.5811-0.09240.2963-0.06670.00950.33810.030.172822.9922-58.944422.3789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 31:59)A31 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 60:80)A60 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 81:121)A81 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 122:155)A122 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 156:205)A156 - 205
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 206:257)A206 - 257
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 258:280)A258 - 280
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 281:292)A281 - 292
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 30:44)B30 - 44
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 45:59)B45 - 59
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 60:80)B60 - 80
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 81:132)B81 - 132
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 133:151)B133 - 151
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 152:205)B152 - 205
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 206:258)B206 - 258
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 259:291)B259 - 291
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 30:44)C30 - 44
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 45:59)C45 - 59
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 60:80)C60 - 80
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 81:132)C81 - 132
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resseq 133:151)C133 - 151
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resseq 152:205)C152 - 205
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resseq 206:257)C206 - 257
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resseq 258:280)C258 - 280
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resseq 281:292)C281 - 292
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 30:44)D30 - 44
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 45:80)D45 - 80
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 81:132)D81 - 132
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resseq 133:151)D133 - 151
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resseq 152:205)D152 - 205
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resseq 206:258)D206 - 258
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resseq 259:291)D259 - 291
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E'E39 - 50
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F'F39 - 49
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G'G39 - 50
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H'H39 - 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る