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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ejf | ||||||
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| タイトル | Allosteric peptides that bind to a caspase zymogen and mediate caspase tetramerization | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Caspase-6 / zymogen / C163A / Caspase / protease | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / cellular response to staurosporine / positive regulation of necroptotic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / hepatocyte apoptotic process / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing ...caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / cellular response to staurosporine / positive regulation of necroptotic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / hepatocyte apoptotic process / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / epithelial cell differentiation / cysteine-type peptidase activity / activation of innate immune response / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト)synthetic (人工物) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6465 Å | ||||||
データ登録者 | Murray, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012タイトル: Allosteric peptides bind a caspase zymogen and mediate caspase tetramerization. 著者: Stanger, K. / Steffek, M. / Zhou, L. / Pozniak, C.D. / Quan, C. / Franke, Y. / Tom, J. / Tam, C. / Elliott, J.M. / Lewcock, J.W. / Zhang, Y. / Murray, J. / Hannoush, R.N. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 4ejf.cif.gz | 427 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb4ejf.ent.gz | 353.3 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 4ejf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4ejf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4ejf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 3nr2S S: 精密化の開始モデル |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 単位格子 |
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 32055.627 Da / 分子数: 4 / 変異: C163A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP6, MCH2 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2232.581 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 % |
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| 結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaThiocyanate pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.15K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 80 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2.64→80.148 Å / Num. all: 34281 / Num. obs: 34281 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.28 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
| 位相決定 | 手法: 分子置換 |
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解析
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB ENTRY 3NR2 解像度: 2.6465→58.933 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.72 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.754 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 202.79 Å2 / Biso mean: 44.3314 Å2 / Biso min: 13.27 Å2
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6465→58.933 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
引用








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