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- PDB-4ej4: Structure of the delta opioid receptor bound to naltrindole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ej4
タイトルStructure of the delta opioid receptor bound to naltrindole
要素Delta-type opioid receptor, Lysozyme chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN / Hydrolase/Antagonist / G-protein coupled receptor / 7 transmembrane receptor / opioid receptor / Hydrolase-Antagonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled enkephalin receptor activity / spine apparatus / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled opioid receptor activity / G alpha (i) signalling events / cellular response to toxic substance / receptor serine/threonine kinase binding / eating behavior / neuronal dense core vesicle / regulation of calcium ion transport ...G protein-coupled enkephalin receptor activity / spine apparatus / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled opioid receptor activity / G alpha (i) signalling events / cellular response to toxic substance / receptor serine/threonine kinase binding / eating behavior / neuronal dense core vesicle / regulation of calcium ion transport / neuropeptide signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / viral release from host cell by cytolysis / axon terminus / dendrite membrane / peptidoglycan catabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / adult locomotory behavior / response to nicotine / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / postsynaptic density membrane / cellular response to growth factor stimulus / synaptic vesicle membrane / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to hypoxia / response to ethanol / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / negative regulation of gene expression / membrane
類似検索 - 分子機能
Delta opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Delta opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EJ4 / Endolysin / Delta-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Granier, S. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the delta opioid receptor bound to naltrindole
著者: Granier, S. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2012年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-type opioid receptor, Lysozyme chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0482
ポリマ－51,6341
非ポリマー4141
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.278, 73.278, 266.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Delta-type opioid receptor, Lysozyme chimera / D-OR-1 / DOR-1 / K56 / MSL-2 / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 51633.738 Da / 分子数: 1 / 断片: P32300 residues 36-244, 251-342 / 変異: D1020N, C1054T, C1097A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: Oprd1, E / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P32300, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-EJ4 / (4bS,8R,8aS,14bR)-7-(cyclopropylmethyl)-5,6,7,8,14,14b-hexahydro-4,8-methano[1]benzofuro[2,3-a]pyrido[4,3-b]carbazole-1,8a(9H)-diol / Naltrindole / ナルトリンド-ル


分子量: 414.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H26N2O3 / コメント: アンタゴニスト*YM
Has protein modificationY
配列の詳細CHAIN A IS AN INTERNAL FUSION OF LYSOZYME (RESIDUES 2-161 OF UNP P00720) BETWEEN RESIDUES 36-244 ...CHAIN A IS AN INTERNAL FUSION OF LYSOZYME (RESIDUES 2-161 OF UNP P00720) BETWEEN RESIDUES 36-244 AND RESIDUES 251-342 OF DELTA-TYPE OPIOID RECEPTOR (UNP P32300). AN OFFSET OF 1000 HAS BEEN ADDED TO LYSOZYME RESIDUE NUMBERS WITHIN THE COORDINATES TO DISTINGUISH THAT PORTION OF CHAIN A. LYSOZYME RESIDUES ARE THEREFORE NUMBERED 1002-1161.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 20

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.27 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 29-33% PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.5, 120-180 mM sodium citrate, 350 mM Magnesium chloride. Protein was mixed 1:1.5 (w:w) with 91% monoolein 9% cholesterol mixture by weight, Lipidic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1781
2781
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2012年3月16日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年4月1日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→40 Å / Num. obs: 12144 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 961 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4DKL

4dkl


解像度: 3.4→36.403 Å / SU ML: 1.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 28.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2818 1186 9.95 %Random
Rwork0.2522 ---
obs0.2552 11916 98.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.535 Å2 / ksol: 0.282 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.6317 Å2-0 Å2-0 Å2
2--12.6317 Å20 Å2
3----25.2634 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→36.403 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3351 0 31 0 3382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0964751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2981187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.55490.39741400.37591263X-RAY DIFFRACTION96
3.5549-3.74220.35121450.32721295X-RAY DIFFRACTION96
3.7422-3.97640.31911460.28621307X-RAY DIFFRACTION98
3.9764-4.28290.26391500.24391334X-RAY DIFFRACTION99
4.2829-4.71310.23971440.21951335X-RAY DIFFRACTION99
4.7131-5.39320.28621460.20831349X-RAY DIFFRACTION99
5.3932-6.78770.32651490.2731371X-RAY DIFFRACTION99
6.7877-36.4030.23541660.22361476X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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